一呐籽、用deeptools從bam轉(zhuǎn)換為bw（接續(xù)day23）
1. 安裝
pip install deeptools
曾用pip這個命令安裝過cupadapt颁独，multiqc园爷。但MACS2沒成功抗俄，最后本地安裝成的裹刮。今天這是第四個python程序，理論上也可以用pip安裝蔚鸥。
image.png
這次安裝成功，我注意到了命令執(zhí)行的第一行许赃，默認(rèn)為用戶安裝止喷。也許是MACS2沒有默認(rèn)是用戶安裝，結(jié)果給弄到root下面混聊，就沒有權(quán)限安裝啦弹谁。
- 用deeeptools里的bamCoverage把bam轉(zhuǎn)成bw格式。bam文件需要先做好index，就是有bai文件预愤。轉(zhuǎn)換也挺耗時的沟于。
project=/data/zds209/ChIP-seqtest
ls $project | if [ ! -d bw ]; then
mkdir -p $project/bw; # if no bw dir,then make the dir
fi
ls $project/bam/*.bam | while read id
do
file=$(basename $id)
sample=${file%%.*}
bamCoverage -b $id -o $project/bw/$sample.bw
done
二、選擇查看目錄下文件的小技巧
ls -lh | cut -d " " -f 5-100
該目錄下文件只查看詳細(xì)列表里第五列后面的內(nèi)容植康。
ls -lh | grep "pile"
該目錄下文件旷太，只查看文件名里有pile的。
三销睁、IGV進(jìn)行可視化
1.bam文件導(dǎo)入IGV（必須有index）供璧，可以看到track里面每個read的大小，位置冻记，甚至突變睡毒。
bw（bigwig）文件是從bam轉(zhuǎn)來的也可以∪呃酰看不到每個read獨(dú)立的信息了演顾。只能看到某個位置有沒有read，以及深度隅居。
上面bam或者bw都是從測序fastq钠至，轉(zhuǎn)成sam，再轉(zhuǎn)成bam和bw的军浆。
2. bed和bedgraph（bdg）文件是通過call peak來的棕洋。
IGV也可以看bed——這是和control進(jìn)行對照以后，算出來的peak的位置乒融。
而bdg文件很難用IGV打開掰盘，需要用IGVtools轉(zhuǎn)成tdf格式。
