作者贪磺，Evil Genius
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知識積累
乳腺癌（BC）由不同的分子亞型和不同的細胞起源來定義硫兰。
BC是女性中最常見的癌癥，2018年確診的新病例為210萬例寒锚。
乳腺癌的臨床特征和基因組特征
57個組織樣本進行了scRNA-seq和/或snRNA-seq劫映。其中，6例刹前、16例泳赋、4例和11例腫瘤分別被臨床標記為ER+ PR?HER2?、ER+ PR+ HER2?喇喉、HER2+和TNBC祖今。生成的數(shù)據(jù)包括scRNA-seq、snRNA-seq、snATAC-seq千诬、空間轉(zhuǎn)錄組學（ST）耍目、全外顯子組測序（WES）和bulk RNA測序（bulk- rna -seq）。
腫瘤亞型徐绑、內(nèi)在特征和外在特征
基底樣乳腺腫瘤中免疫抑制和T細胞耗竭增加
研究腫瘤譜系的細胞起源和規(guī)律
識別和了解產(chǎn)生BC的細胞對于比較腫瘤細胞和正常細胞以及最終了解腫瘤的進展和進化至關(guān)重要邪驮。雖然在BC中哪些細胞類型導致腫瘤細胞尚無共識，但普遍的模型是LP細胞傾向于導致TNBC癌癥泵三，而LM細胞則發(fā)展為ER+或ER+ PR+腫瘤耕捞。
單細胞分辨率下的染色質(zhì)圖譜是唯一適合重建腫瘤中祖細胞群和惡性細胞之間的譜系。
重建這些不同譜系特有的轉(zhuǎn)錄網(wǎng)絡(luò)（SCENIC）烫幕。
染色質(zhì)可及性和基因調(diào)控的整合可以區(qū)分祖細胞群體和不同腫瘤細胞亞型之間的關(guān)系俺抽，并突出了定義這種關(guān)系的特定TF調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
從祖細胞到腫瘤細胞的譜系特異性變化
基底樣和腔內(nèi)腫瘤細胞表面標記物
為了確定潛在的治療靶點较曼，我們在基底和腔內(nèi)亞型樣本中尋找細胞表面腫瘤特異性標記物磷斧。
在腫瘤發(fā)生過程中驅(qū)動祖細胞向管腔和基底樣BC腫瘤亞型發(fā)展的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，重點關(guān)注表達改變捷犹、基序富集和染色質(zhì)可及性弛饭。
方法需要注意的地方
tumor-only的突變檢測
配對樣本檢測
Germline變異的檢測和注釋
單細胞突變檢測
