方式1：SwissDock?
www.swissdock.ch/docking/view/swissdockd_X0ivbA_MD94LBUQL0XHMQPD2ZX9
根據(jù)提示上傳大分子和小分子即可（有時(shí)網(wǎng)站不穩(wěn)定倾芝，上傳不了或者搜索不了都為正常情況）
1.????? 分析結(jié)果全部下載
2.????? Open（用 chimerae打開(kāi)即可）
方式2：autodock（該軟件在python語(yǔ)言中運(yùn)行）
準(zhǔn)備工作：將文件
粘貼至新的文件夾中县爬，雙擊adt.bat即可打開(kāi)改路徑下的文件。
1.??? 蛋白質(zhì)的處理：（也可以用pymol處理）
①加H
②計(jì)算電荷
③蛋白質(zhì)類(lèi)型（atoms assign AD4）
Save文件為.pdbqt
2.???? 小分子處理：
①Ligant（注意更改識(shí)別文件）
②ligant-input-open（Mol2文件苇羡，該文件可直接從ZINC database中下載Mol2格式姐直，也可以自己畫(huà)圖再用openbabel進(jìn)行轉(zhuǎn)換）
③Torsion Tree：detect-choose Torsions
Ligant-save
3.????? Grid-macmolecule-open
Grid-set map type-open ligant
4.????? 設(shè)置對(duì)接范圍?grid-grid box
根據(jù)文獻(xiàn)確定活性位點(diǎn)婿牍，若沒(méi)有參考資料則可將大分子都選中（切記不能框住小分子）
File-saving current
Grid-output（.gpf file）切記文件名加后綴.gpf
5.????? Run autogrid（自動(dòng)識(shí)別.gpf）
設(shè)置：輸出文件在同一路徑下的文件夾哥牍，后綴改名為.glg（該過(guò)程運(yùn)行時(shí)會(huì)產(chǎn)生多個(gè)map文件，運(yùn)行時(shí)間約10min）
Edit-delete（刪除軟件中顯示的現(xiàn)有文件）
6.???? 分子對(duì)接
Docking- macmolecule-rigid（根據(jù)自己的需要選擇）
Docking-ligant
運(yùn)行算法：Docking-search parameters-genetic（默認(rèn)环鲤，根據(jù)需求進(jìn)行選擇纯趋，其中l(wèi)ocal是最快的計(jì)算方式，但是需要重復(fù)多次進(jìn)行運(yùn)算，平均一次5min左右）吵冒；
Output（什么算法導(dǎo)出什么文件）纯命，加后綴.dpf
運(yùn)行run autodock-accept（該步驟生成.dlg的文件）
7.????? 查看對(duì)接結(jié)果：
Analyze-docking-open（打開(kāi).dlg文件）
加protein：Analyze-macmolecule
分析：Analyze-conformations-play，rankand energy
Show information / build H-binds
導(dǎo)出：write complex（加后綴.pdbqt）
用openbabel將格式轉(zhuǎn)換為.pdb文件痹栖。
8.?????? Pymol軟件可視化
打開(kāi)上述.pdb文件
顯示氫鍵：[S]顯示sequence亿汞，選中小分子和蛋白位點(diǎn)（上述預(yù)測(cè)的結(jié)果）
Show sticks
Action-find-excluding main chain（顯示氫鍵）
顯示距離：atoms（and joints）/工具欄中wizard可計(jì)算與顯示距離
更改背景為白色：工具欄中background-white
顯示殘基：selection resides條件下操作-label
and joints條件下control+殘基可改變標(biāo)記位置
右鍵Ray1200更改分辨率
Export
最終顯示如下：
圖片參考來(lái)源: https://www.wecomput.com/wp-content/uploads/2015/10/Docking.png
