本周最新文獻(xiàn)速遞20220423

一鸣峭、精細(xì)解讀文獻(xiàn) 一

文獻(xiàn)題目： Nonlinear control of transcription through enhancer–promoter interactions

不想看英文題目： 增強(qiáng)子-啟動(dòng)子相互作用的非線性轉(zhuǎn)錄調(diào)控

雜志和影響因子： Nature (IF: 42.778; Q1)

研究意義： 哺乳動(dòng)物的轉(zhuǎn)錄過程依賴于增強(qiáng)子和啟動(dòng)子之間的三維相互作用搂妻，尤其是拓?fù)潢P(guān)聯(lián)結(jié)構(gòu)域（TAD）和 CTCF 介導(dǎo)的染色質(zhì)環(huán)（chromatin loop） 钧椰。 然而要销，這種相互作用的調(diào)節(jié)機(jī)制仍不清楚停做。為此翅敌，作者通過實(shí)驗(yàn)分析對(duì)這一過程進(jìn)行了描述音诈；

結(jié)論：

• 作者的設(shè)計(jì)思路如下：
• 先挑選 15 號(hào)染色體上的一個(gè) TAD 作為研究對(duì)象，該區(qū)域調(diào)控復(fù)雜程度低（易于研究答渔、無(wú)太多混淆因素）关带，無(wú)表達(dá)基因和活性增強(qiáng)子；
• 隨后在該區(qū)域刪除了兩個(gè) CTCF 位點(diǎn)沼撕；
• 最后在該模型的基礎(chǔ)上插入轉(zhuǎn)基因等進(jìn)行后續(xù)的實(shí)驗(yàn)分析宋雏；

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• 隨著增強(qiáng)子和啟動(dòng)子距離的增加，轉(zhuǎn)錄水平下降务豺，說明轉(zhuǎn)錄水平受增強(qiáng)子-啟動(dòng)子距離的影響磨总；

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• 但增強(qiáng)子活性不受基因組方向的影響，不管正向還是反向插入笼沥，其轉(zhuǎn)錄水平接近蚪燕；

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• 隨著增強(qiáng)子與啟動(dòng)子的距離增加娶牌，（增強(qiáng)子-啟動(dòng)子）相互接觸概率急劇下降。尤其在 TAD 邊界馆纳，相互接觸概率下降 3 倍诗良，說明轉(zhuǎn)錄水平與增強(qiáng)子-啟動(dòng)子距離關(guān)系可能受相互接觸概率影響；

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• 在相互接觸概率與轉(zhuǎn)錄水平之間可觀察到相關(guān)性鲁驶，比較有意思的是鉴裹，他們之間并不是線性相關(guān)，而是呈 S 型钥弯。相互接觸概率增加到一定水平后径荔，轉(zhuǎn)錄水平趨于飽和；

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• 相互接觸概率與轉(zhuǎn)錄水平之間的關(guān)系可以用以下公式表示：

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• 對(duì)于這種 S 型關(guān)系可能的解釋是脆霎，相互接觸概率與轉(zhuǎn)錄水平之間是雙向（正向和反向）多步驟的总处；

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• 具體來說，當(dāng)增強(qiáng)子靠近啟動(dòng)子時(shí)睛蛛，它會(huì)觸發(fā)一個(gè)或多個(gè) ( n ) 調(diào)節(jié)步驟辨泳，將信息以正向和反向速率（k_forward 和 k_back）傳輸給啟動(dòng)子；

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• 當(dāng)增強(qiáng)子遠(yuǎn)離啟動(dòng)子時(shí)玖院，沒有信息傳輸?shù)絾?dòng)子，此時(shí)以速率 k_back 恢復(fù)調(diào)節(jié)步驟第岖；

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• 接下來作者設(shè)計(jì)了兩組實(shí)驗(yàn)檢驗(yàn) CTCF 是否影響轉(zhuǎn)錄水平和相互接觸概率之間的非線性相關(guān)难菌。一組實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)缺失兩個(gè) CTCF 位點(diǎn)（左圖），另一組只缺失一個(gè) CTCF 位點(diǎn)（中間圖）蔑滓；

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• 結(jié)果發(fā)現(xiàn) CTCF 通過增強(qiáng)子活性影響轉(zhuǎn)錄水平和相互接觸概率之間的非線性相關(guān)郊酒；

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文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41586-022-04570-y

公開的資料：

• capture-C, RNA-seq, Oxford Nanopore, tagmentation and population-based splinkerette PCR sequencing fastq files：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE172257
• 代碼：
  https://github.com/zhanyinx/Zuin_Roth_2021
  https://github.com/vansteensellab/tagmap_hopping/tree/giorgetti

二、精細(xì)解讀文獻(xiàn) 二

文獻(xiàn)題目： Genetic analysis of over half a million people characterises C-reactive protein loci

不想看英文題目： 超過 50 萬(wàn)人的遺傳分析表征 C 反應(yīng)蛋白基因座

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

研究意義： C 反應(yīng)蛋白 (CRP)键袱，由肝臟產(chǎn)生的急性期蛋白燎窘，被廣泛作為全身炎癥的標(biāo)志物。之前的遺傳關(guān)聯(lián)研究發(fā)現(xiàn)了 58 個(gè)基因座蹄咖，但只解釋了約 7% 的 CRP 水平變化褐健。因此，需要更多的樣本對(duì) CRP 的遺傳結(jié)構(gòu)進(jìn)行表征澜汤。

結(jié)論：

• 總共有 427,367 名 UKB 參與者被納入全基因組關(guān)聯(lián)分析 (GWAS)蚜迅，發(fā)現(xiàn)了 49,164 個(gè)與 CRP 水平相關(guān)的 SNP（p ?< 5 × 10 ^-8 ）；

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• FUMA 鑒定了 293 個(gè)獨(dú)立的基因座俊抵，之前發(fā)現(xiàn)的基因座在本次研究中均被重復(fù)出來谁不；
• CRP 的遺傳解釋度為 16.3%；
• 對(duì)已發(fā)表的 CHARGE 隊(duì)列和 UKB 隊(duì)列進(jìn)行薈萃分析徽诲，發(fā)現(xiàn)了 48,912 個(gè)與 CRP 相關(guān)的 SNP刹帕、266 個(gè)獨(dú)立的基因座吵血。其中 55 個(gè)基因座之前被報(bào)道過；

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• 使用 FUMA-MAGMA 和 DEPICT 對(duì) GWAS 結(jié)果進(jìn)行注釋偷溺，82.5% 的顯著 SNP 位于內(nèi)含子和基因間區(qū)域內(nèi)蹋辅；

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• 基因關(guān)聯(lián)分析鑒定了 1475 個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因與 CRP 相關(guān) (p ≤ 2.61 × 10^-6 )，最顯著的五個(gè)基因分別是 NECTIN2（p?= 8.40 × 10 ^-162 )亡蓉、PDE4B ( p ?= 3.90 × 10 ^-159 )晕翠、OASL ( p ?= 1.49 × 10 ^-154 )、IL6R ( p ?= 1.16 × 10 ^-148 ) 和 APOE ( p ?= 5.32 × 10 ^-147 ）砍濒；
• 通路分析表明 CRP 相關(guān)的信號(hào)主要富集在代謝淋肾、炎癥反應(yīng)、DNA 調(diào)控通路上爸邢；

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• 遺傳相關(guān)性分析發(fā)現(xiàn)了 85 個(gè)性狀與 CRP 顯著相關(guān)（p ?≤ 0.05/192 = 2.6 × 10^-4）樊卓，包括瘦素、苯丙氨酸杠河、糖蛋白等碌尔；

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• 在 PheWAS 分析中，12 種臨床結(jié)果與 CRP 的加權(quán)遺傳風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分 (GRS) 顯著相關(guān)券敌；

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• 對(duì) CRP 進(jìn)行雙樣本 MR 分析唾戚，發(fā)現(xiàn) CRP 水平與精神分裂癥、慢性氣道阻塞和前列腺癌具有因果關(guān)系待诅；

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局限： 什么樣的審稿人會(huì)同意這么灌水的文章發(fā)在 NC 上哦

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文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-022-29650-5

公開的資料：

https://gwas.mrcieu.ac.uk/datasets/ieu-b-35/
https://www.ebi.ac.uk/gwas/ 登記號(hào)：GCST00186

三叹坦、其他文獻(xiàn)推薦

下面的文獻(xiàn)也挺精彩的，但由于下不到原文卑雁，或博主時(shí)間有限募书，沒法精細(xì)解讀，故列出來供各位參閱测蹲；
當(dāng)然莹捡，你們有精彩的文獻(xiàn)想讓我解讀的（前提是一周內(nèi)剛出爐的文獻(xiàn)），可給我發(fā)pdf（然而可能種種原因扣甲，我不一定有時(shí)間解讀篮赢，不要對(duì)我抱太高期待）；

文獻(xiàn)題目： Cell transcriptomic atlas of the non-human primate Macaca fascicularis

不想看英文題目： 非人類靈長(zhǎng)類食蟹獼猴的細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜

雜志和影響因子： Nature (IF: 42.778; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41586-022-04587-3

文獻(xiàn)題目： Somatic mosaicism reveals clonal distributions of neocortical development

不想看英文題目： 體細(xì)胞嵌合體揭示了新皮質(zhì)發(fā)育的克隆分布

雜志和影響因子： Nature (IF: 42.778; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41586-022-04602-7

文獻(xiàn)題目： Somatic genomic changes in single Alzheimer’s disease neurons

不想看英文題目： 體細(xì)胞基因組在單個(gè)阿爾茨海默病神經(jīng)元的變化

雜志和影響因子： Nature (IF: 42.778; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41586-022-04640-1

文獻(xiàn)題目： Substitution mutational signatures in whole-genome–sequenced cancers in the UK population

不想看英文題目： 英國(guó)癌癥患者的突變特征

雜志和影響因子： Science (IF: 41.845; Q1)

文章鏈接：

https://www.science.org/doi/10.1126/science.abl9283

文獻(xiàn)題目： Incomplete lineage sorting and phenotypic evolution in marsupials

不想看英文題目： 有袋類動(dòng)物的不完全譜系分選和表型進(jìn)化

雜志和影響因子： Cell (IF: 38.637; Q1)

文章鏈接：

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(22)00344-0

文獻(xiàn)題目： Breast tumor microenvironment structures are associated with genomic features and clinical outcome

不想看英文題目： 乳腺腫瘤微環(huán)境結(jié)構(gòu)與基因組特征和臨床結(jié)局相關(guān)

雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41588-022-01041-y

文獻(xiàn)題目： Connecting high-resolution 3D chromatin organization with epigenomics

不想看英文題目： 構(gòu)建高分辨率 3D 染色質(zhì)與表觀基因組學(xué)的連接

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-022-29695-6

文獻(xiàn)題目： High-quality genome and methylomes illustrate features underlying evolutionary success of oaks

不想看英文題目： 高質(zhì)量基因組和甲基化組揭示橡樹進(jìn)化成功的特征

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-022-29584-y

文獻(xiàn)題目： Single cell transcriptomic analysis reveals cellular diversity of murine esophageal epithelium

不想看英文題目： 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析揭示小鼠食管上皮細(xì)胞的多樣性

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-022-29747-x

文獻(xiàn)題目： Single-cell transcriptomics identifies Mcl-1 as a target for senolytic therapy in cancer

不想看英文題目： 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)鑒定 Mcl-1 為清除癌癥衰老細(xì)胞的靶點(diǎn)

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-022-29824-1

文獻(xiàn)題目： Chromatin profiling in human neurons reveals aberrant roles for histone acetylation and BET family proteins in schizophrenia

不想看英文題目： 人類神經(jīng)元染色質(zhì)分析揭示了組蛋白乙趿鹜冢化和 BET 家族蛋白在精神分裂癥中的作用

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-022-29922-0

四荷逞、工具或資源類介紹

文獻(xiàn)題目： ANANASTRA: annotation and enrichment analysis of allele-specific transcription factor binding at SNPs

不想看英文題目： ANANASTRA：SNP 等位基因特異性結(jié)合的注釋和富集分析

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雜志和影響因子： Nucleic Acids Res (IF: 11.501; Q1)

文章鏈接：

https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac262/6572000

文獻(xiàn)題目： iSFun: an R package for integrative dimension reduction analysis

不想看英文題目： iSFun：集成降維分析的 R 包

雜志和影響因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)

文章鏈接：

https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article-abstract/doi/10.1093/bioinformatics/btac281/6571144?redirectedFrom=fulltext

文獻(xiàn)題目： STAAR Workflow: A cloud-based workflow for scalable and reproducible rare variant analysis

不想看英文題目： STAAR 工作流程：基于云平臺(tái)的罕見變異分析

雜志和影響因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)

文章鏈接：

https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article-abstract/doi/10.1093/bioinformatics/btac272/6571143?redirectedFrom=fulltext

文獻(xiàn)題目： MDICC: novel method for multi-omics data integration and cancer subtype identification

不想看英文題目： MDICC：基于多組學(xué)數(shù)據(jù)識(shí)別癌癥亞型的新方法

雜志和影響因子： Brief Bioinform (IF: 11.62; Q1)

文章鏈接：

https://academic.oup.com/bib/advance-article-abstract/doi/10.1093/bib/bbac132/6569541?redirectedFrom=fulltext

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