本周最新文獻速遞20220327

一、精細解讀文獻 一

文獻題目： Genetic regulation of post-translational modification of two distinct proteins

不想看英文題目： 兩種不同蛋白質(zhì)翻譯后修飾的遺傳調(diào)控模式

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

研究意義： 翻譯后修飾 (PTM) 使得蛋白質(zhì)產(chǎn)生多樣性并影響大部分細胞的生理狀態(tài)。N-糖基化屬于常見的 PTM ，然而，其遺傳調(diào)控機制仍不清楚。為此则酝，作者以轉(zhuǎn)鐵蛋白和免疫球蛋白 G (IgG) 糖基化為例探究 PTM 的遺傳調(diào)控機制；

結(jié)論：

• 總共有兩個研究隊列（CROATIA-Korcula 和 VIKING）的 35 個轉(zhuǎn)鐵蛋白 N-糖基化表型 (N =?1890)闰集、24 個 IgG N-糖基化表型(N =?2020) 被納入研究中堤魁；
• 在 CROATIA-Korcula 隊列中，鑒定了 8 個與轉(zhuǎn)鐵蛋白 N-糖基表型顯著相關(guān)（ p ≤ 1.43 × 10 ^-9）返十，其中 6 個在 VIKING 隊列中成功復制 (p ?≤?0.00625)妥泉。6 個基因座上的基因包括： (MGAT5, ST3GAL4, B3GAT1, FUT8 and FUT6 和 TF)；
• 轉(zhuǎn)鐵蛋白 N-糖基化表型的遺傳度在 0-67% 之間洞坑；
• 條件分析鑒定了 15 個獨立的信號盲链、10 個獨立的基因座；

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• 對 10 個基因座上的基因進行注釋迟杂，發(fā)現(xiàn)大多數(shù)基因與 N-糖基化有明顯的生物學關(guān)系刽沾，比如 MGAT5、ST3GAL4排拷、B3GAT1侧漓、FUT8 和 FUT6 基因，是蛋白質(zhì)糖基化中的關(guān)鍵酶监氢，與 IgG 或總血漿蛋白糖基化相關(guān)布蔗；
• eQTL 分析顯示轉(zhuǎn)鐵蛋白 N-糖基化相關(guān) SNP 影響 ST3GAL4藤违、B3GAT1、TF纵揍、HNF1A, FUT8 和 MGAT5 表達顿乒；
• 對轉(zhuǎn)鐵蛋白 N-糖基化表型和復雜性狀進行雙向孟德爾隨機化 (MR)和共定位分析，發(fā)現(xiàn) TfGP14 水平和潰瘍性結(jié)腸炎泽谨、TfGP28 水平和 C 反應蛋白水平璧榄、低密度脂蛋白（ LDL）和總膽固醇呈正相關(guān)。此外吧雹，共定位分析證實 TfGP28 和 C 反應蛋白水平骨杂、LDL 和總膽固醇之間的關(guān)聯(lián)是由 HNF1A 基因上的共同變異驅(qū)動的；
• 使用相同的策略對 24 個 IgG N-糖基化表型進行研究雄卷，總共鑒定了 13 個基因座與 IgG N-糖基化顯著相關(guān)搓蚪；
• 對轉(zhuǎn)鐵蛋白 N-糖基化表型和 IgG N-糖基化表型鑒定的基因座進行共定位，發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)鐵蛋白和 IgG 糖基化表型在 FUT8 和 FUT6 基因座上存在共定位龙亲，說明 FUT8 和 FUT6 基因座上可能存在變異位點影響轉(zhuǎn)鐵蛋白和 IgG 糖基化陕凹；

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• 為了探究這些關(guān)聯(lián)背后潛在的調(diào)控模式悍抑，作者使用 RSAT 工具探究糖基化相關(guān)變異位點是否與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點重合鳄炉。RSAT 分析表明在 FUT8 基因座上，轉(zhuǎn)鐵蛋白糖基化 SNP 可能影響 HNF1A 轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合搜骡，而 IgG 糖基化 SNP 可能影響 IKZF1 轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合；
• 與此同時 HNF1A 在肝細胞高表達而 IKZF1 在漿細胞高表達。這些結(jié)果說明調(diào)節(jié)轉(zhuǎn)鐵蛋白和 IgG 糖基化的變異位點可能具有組織特異性歉备，其通過影響不同組織轉(zhuǎn)錄因子的表達水平影響蛋白質(zhì)的糖基化瓦戚；

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文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-022-29189-5

公開的資料：

• GWAS summary 數(shù)據(jù)：https://datashare.ed.ac.uk/handle/10283/4088

二、精細解讀文獻 二

文獻題目： A genome-wide meta-analysis identifies 50 genetic loci associated with carpal tunnel syndrome

不想看英文題目： 全基因組薈萃分析確定了 50 個與腕管綜合征相關(guān)的基因位點

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

研究意義： 腕管綜合征 (CTS) 是最常見的卡壓性神經(jīng)病變摸吠，家族發(fā)生率在 17-39%空凸，但其潛在的生物學機制仍是未知的。

結(jié)論：

• 對來自冰島寸痢、英國呀洲、丹麥和芬蘭的 48,843 個 CTS 病例和 1,190,837 個對照進行全基因組關(guān)聯(lián)分析（ GWAS ），總共發(fā)現(xiàn)了 50 個相關(guān)的基因座啼止；
• 條件分析鑒定了額外的 3 個基因座道逗；

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• 對 53 個基因座上的變異位點 (r²?≥?0.8，?±?1MB)進行功能注釋献烦，發(fā)現(xiàn) 35 個位點影響蛋白質(zhì)水平或 mRNA 表達水平等滓窍；

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• 對 CTS 進行分組：1）所有 CTS 病例 ( N = 37,635)；2) 非復發(fā)性或非持續(xù)性 CTS 病例 ( N = 28,200)巩那，3) 雙側(cè)吏夯、復發(fā)性或持續(xù)性 CTS 病例 ( N = 9,435)此蜈，4) 接受過手術(shù)的 CTS 病例 ( N = 18,281)，5) 手術(shù)后診斷為 CTS 的 CTS 病例 ( N = 2,843)锦亦；
• 同時使用 LDpred 對五組 CTS 構(gòu)建基因分險評分（PRS）舶替。PRS 顯示雙側(cè)、復發(fā)性或持續(xù)性 CTS 病例（第三組）的 PRS 得分顯著高于非復發(fā)性或非持續(xù)性病例（第二組）（P -het = 1.5 × 10^-22）杠园；

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• 對 CTS 和 1319 個 GWAS 匯總數(shù)據(jù)進行了遺傳相關(guān)分析顾瞪，發(fā)現(xiàn) CTS 與腕部原發(fā)性骨關(guān)節(jié)炎和多種人體測量特征遺傳相關(guān)；

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-022-29133-7

公開的資料：

• CTS meta-analysis 數(shù)據(jù)：https://www.decode.com/summarydata/

三抛蚁、其他文獻推薦

下面的文獻也挺精彩的陈醒，但由于下不到原文，或博主時間有限瞧甩，沒法精細解讀钉跷，故列出來供各位參閱；
當然肚逸，你們有精彩的文獻想讓我解讀的（前提是一周內(nèi)剛出爐的文獻）爷辙，可給我發(fā)pdf（然而可能種種原因，我不一定有時間解讀朦促，不要對我抱太高期待）膝晾；

文獻題目： Reduced reproductive success is associated with selective constraint on human genes

不想看英文題目： 繁殖成功率降低與人類基因的選擇約束相關(guān)

雜志和影響因子： Nature (IF: 42.778; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41586-022-04549-9

文獻題目： Eicosanoid signaling blockade protects middle-aged mice from severe COVID-19

不想看英文題目： 類花生酸信號傳導阻滯可保護中年小鼠免受嚴重 COVID-19 侵害

雜志和影響因子： Nature (IF: 42.778; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41586-022-04630-3

文獻題目： Convergent selection of a WD40 protein that enhances grain yield in maize and rice

不想看英文題目： WD40 蛋白趨同選擇與玉米和水稻產(chǎn)量提高有關(guān)

雜志和影響因子： Science (IF: 41.845; Q1)

文章鏈接：

https://www.science.org/doi/10.1126/science.abg7985

文獻題目： HLA autoimmune risk alleles restrict the hypervariable region of T cell receptors

不想看英文題目： HLA 自身免疫風險等位基因限制 T 細胞受體的高變區(qū)

雜志和影響因子： Nat Genet (IF: 38.33; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41588-022-01032-z

文獻題目： Comprehensive characterization of PTEN mutational profile in a series of 34,129 colorectal cancers

不想看英文題目： 34,129 例結(jié)直腸癌的 PTEN 突變譜

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-022-29227-2

文獻題目： Integrating deep learning and unbiased automated high-content screening to identify complex disease signatures in human fibroblasts

不想看英文題目： 整合深度學習和無偏見自動化高內(nèi)涵篩選鑒定人類成纖維細胞中的復雜疾病特征

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-022-28423-4

文獻題目： Assessment of global health risk of antibiotic resistance genes

不想看英文題目： 抗生素耐藥基因的全球健康風險評估

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-022-29283-8

文獻題目： Single-cell transcriptomics identifies potential cells of origin of MYC rhabdoid tumors

不想看英文題目： 單細胞轉(zhuǎn)錄組學鑒定 MYC 橫紋肌樣腫瘤的潛在起源細胞

雜志和影響因子： Nat Commun (IF: 14.92; Q1)

文章鏈接：

https://www.nature.com/articles/s41467-022-29152-4

四、工具或資源類介紹

文獻題目： SimSCSnTree: a simulator of single-cell DNA sequencing data

不想看英文題目： SimSCSnTree：單細胞 DNA 測序數(shù)據(jù)模擬器

雜志和影響因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)

文章鏈接：

https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article-abstract/doi/10.1093/bioinformatics/btac169/6551250?redirectedFrom=fulltext

文獻題目： rbioapi: User-Friendly R Interface to Biologic Web Services' API

不想看英文題目： rbioapi：用于 R 語言的 API 接口

雜志和影響因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)

文章鏈接：

https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article-abstract/doi/10.1093/bioinformatics/btac172/6551987?redirectedFrom=fulltext

文獻題目： EDClust: An EM-MM hybrid method for cell clustering in multiple-subject single-cell RNA sequencing

不想看英文題目： EDClust：一種用于單細胞 RNA 測序細胞聚類的 EM-MM 混合方法

雜志和影響因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)

文章鏈接：

https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article-abstract/doi/10.1093/bioinformatics/btac168/6551990?redirectedFrom=fulltext

文獻題目： Fast and accurate inference of Gene Regulatory Networks through robust precision matrix estimation

不想看英文題目： 通過穩(wěn)健的矩陣評估快速準確推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡

雜志和影響因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)

文章鏈接：

https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btac178/6553011

文獻題目： CBNplot: Bayesian network plots for enrichment analysis

不想看英文題目： CBNplot：用于富集分析的貝葉斯網(wǎng)絡圖

雜志和影響因子： Bioinformatics (IF: 5.61; Q1)

文章鏈接：

https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btac175/6554190

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致謝橙子牛奶糖（陳文燕）务冕，請用參考模版：We thank the blogger (orange_milk_sugar, Wenyan Chen) for XXX

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