論文發(fā)表之前我們常常會有遞交測序數(shù)據(jù)到NCBI的需求刨摩，這些數(shù)據(jù)例如：基因組，轉(zhuǎn)錄組，ChIP-seq致稀，ATAC-seq岩馍，基因組注釋文件鳖目，三代測序原始數(shù)據(jù)等都有不同的NCBI子...
發(fā)簡信
IP屬地：貴州
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NCBI組學(xué)數(shù)據(jù)上傳流程 -
比較基因組學(xué)分析3：特異節(jié)點基因家族富集分析（非模式物種GO/KEEG富集分析）比較基因組學(xué)分析目錄 1：單拷貝基因構(gòu)建物種樹以及計算分化時間[http://www.reibang.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析[ht...
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轉(zhuǎn)座子（TE,散在重復(fù)）特征及其對基因組影響基因組中重復(fù)序列大體分為兩類：串聯(lián)重復(fù)（Tandem repeats仪媒，Tandem Duplication） （TRF可預(yù)測）散在重復(fù)（Dispersed repeats），...
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這個流程適用于HIFI測序嗎
利用PacBio數(shù)據(jù)檢測DNA修飾
以PacBio為代表的三代測序公司開發(fā)的第三代測序技術(shù)既可以直接測得DNA堿基序列藤树，又可以測得其堿基上的修飾浴滴。 SMRT(Single-Molecule Real-Time)...
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Ks值用TBtools計算不出來？講一個故事Ka岁钓，Ks（或Dn升略，Ds），這兩個值以及他們的比值分別被賦予了一定的生物學(xué)意義屡限。其中最為常用的是兩者的比值降宅，存在這么一種常見認(rèn)知： ka/ks>>1 正選擇 ka/ks~1 ...
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那解決如何解決呢？我現(xiàn)在也出現(xiàn)了很多NaN囚霸，并且是KaKs腰根。
Solved! | 為什么我 Ka/Ks 計算出來的總是 NaN？
寫在前面 很久以前拓型，參考NG86計算邏輯提出的文章额嘿，我在TBtools中寫了Simple Ka/Ks Calculator瘸恼，旨在理解算法，具體可見 《批量計算dn/ds册养，粗略...
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主要分享一些自己的學(xué)習(xí)過程球拦，以菜鳥干貨為主靠闭，大家有問題可以在我的博客交流(打賞也是)<br><br>
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比較基因組學(xué)分析2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析比較基因組學(xué)分析目錄 1：單拷貝基因構(gòu)建物種樹以及計算分化時間[http://www.reibang.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析[ht...
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還是無法運行，報錯坎炼。
DBI connect('database-;host=localhost','root',...) failed: Can't connect to local Mys0l server through socket/var/run/mysgld/mysgld.sock' (2) at /usr/local/src/PASAppeline/PerlLib/DB connect.pm line 72.
Cannot connectto Can't connect local Mysql server through socketvar/run/mysgld/mysgld .sockdb.dbi line 57.Error, cnd: /usr/local/src/PAApipeline/scripts/create mysl cdnassembly dbdbi - /home/w/work/sample data/alianAssenbly,config -5 "/usr/ocalcdna alignment mysglschema' died with ret 65280 No such file or directory at /usr/local/src/PASApipeline/Perlib/pipeliner.pn line 187給裝不上PASA的人的一劑良藥
筆者試了幾天愧膀，死活裝不上PASA，幾乎絕望了谣光，幸好在PASA的官網(wǎng)上發(fā)現(xiàn)可以用docker來安裝檩淋，太高興了。貌似國內(nèi)沒有教程萄金，寫一下吧蟀悦。官方鏈接在此[https://gith...
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基因組文章 | 杜鵑《Nature Communications》2020前言 這篇文章是2020年10月19發(fā)表在Nature Communications雜志上。文章研究的是杜鵑花氧敢，主要做了三部分內(nèi)容：（1）基因組組裝注釋（2）基因組進(jìn)化分析（...
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你好日戈，有個問題是，這種mcscan的方法是基于蛋白的BLAST孙乖。但是JCVI那種是不是只能輸入CDS涎拉？我想做JCVI那種圖，又用蛋白BLAST方法為基礎(chǔ)的圆，如何辦呢？
基因組共線性工具M(jìn)CScanX使用說明
MCScanX是檢測基因共線性和進(jìn)化分析的常用工具之一半火，2012發(fā)表至今引用數(shù)200+越妈，作者之一的唐海寶老師是國內(nèi)植物基因組學(xué)生信分析、軟件開發(fā)領(lǐng)域的大拿钮糖，在學(xué)習(xí)使用MCSc...
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大神你好梅掠，已經(jīng)付費，但是腳本get_the_longest_transcripts.py還是不能復(fù)制呢店归？
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https://weibo.com/2215415680/Lp043sOxg
LTR-RTs的鑒定,LAI值的計算
LAI是一種新的評估基因組組裝質(zhì)量的評價標(biāo)準(zhǔn)阎抒。LTR講解[http://www.reibang.com/p/a93cdbc36339]部分轉(zhuǎn)載自https://www.ji...
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您好，用LTR-Retriever運行生成的個別物種LAI值大部分都聚在了0消痛，請問是什么問題且叁？是只有極少的轉(zhuǎn)座子，還是測序的問題秩伞，或是其他逞带？ @wo_monic
https://wx1.sinaimg.cn/bmiddle/840c8f80gy1h1drt65k7vj20ig0iggm3.jpg
https://wx2.sinaimg.cn/mw2000/840c8f80gy1h1drtaafy8j20ig0igq3f.jpgLTR-RTs的鑒定,LAI值的計算
LAI是一種新的評估基因組組裝質(zhì)量的評價標(biāo)準(zhǔn)欺矫。LTR講解[http://www.reibang.com/p/a93cdbc36339]部分轉(zhuǎn)載自https://www.ji...
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我也想問呢。做數(shù)據(jù)庫分析好多芯片數(shù)據(jù)涉及基因有限展氓？是不是分析的意義也有限呢穆趴？
基因芯片 尋找探針?biāo)鶎?yīng)的基因ID
最近在學(xué)習(xí)處理芯片數(shù)據(jù)，遇到一個問題就是芯片數(shù)據(jù)和基因ID之間的對應(yīng)問題遇汞。不然感覺自己做出的東西沒有辦法分析未妹。 先來看一下芯片探針與基因直接的關(guān)系： ·探針組與基因關(guān)系：...
