論文發(fā)表之前我們常常會有遞交測序數(shù)據(jù)到NCBI的需求逃糟，這些數(shù)據(jù)例如：基因組，轉(zhuǎn)錄組篇裁，ChIP-seq，ATAC-seq，基因組注釋文件品擎，三代測序原始數(shù)據(jù)等都有不同的NCBI子...
發(fā)簡信
IP屬地：貴州
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NCBI組學(xué)數(shù)據(jù)上傳流程 -
比較基因組學(xué)分析3：特異節(jié)點基因家族富集分析（非模式物種GO/KEEG富集分析）比較基因組學(xué)分析目錄 1：單拷貝基因構(gòu)建物種樹以及計算分化時間[http://www.reibang.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴張分析[ht...
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轉(zhuǎn)座子（TE,散在重復(fù)）特征及其對基因組影響基因組中重復(fù)序列大體分為兩類：串聯(lián)重復(fù)（Tandem repeats，Tandem Duplication） （TRF可預(yù)測）散在重復(fù)（Dispersed repeats）揍异，...
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這個流程適用于HIFI測序嗎
利用PacBio數(shù)據(jù)檢測DNA修飾
以PacBio為代表的三代測序公司開發(fā)的第三代測序技術(shù)既可以直接測得DNA堿基序列全陨，又可以測得其堿基上的修飾。 SMRT(Single-Molecule Real-Time)...
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Ks值用TBtools計算不出來衷掷？講一個故事Ka辱姨，Ks（或Dn，Ds）戚嗅，這兩個值以及他們的比值分別被賦予了一定的生物學(xué)意義雨涛。其中最為常用的是兩者的比值枢舶，存在這么一種常見認知： ka/ks>>1 正選擇 ka/ks~1 ...
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那解決如何解決呢？我現(xiàn)在也出現(xiàn)了很多NaN替久，并且是KaKs凉泄。
Solved! | 為什么我 Ka/Ks 計算出來的總是 NaN？
寫在前面 很久以前蚯根，參考NG86計算邏輯提出的文章后众，我在TBtools中寫了Simple Ka/Ks Calculator，旨在理解算法颅拦，具體可見 《批量計算dn/ds蒂誉，粗略...
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主要分享一些自己的學(xué)習(xí)過程右锨，以菜鳥干貨為主，大家有問題可以在我的博客交流(打賞也是)<br><br>
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比較基因組學(xué)分析2：基因家族收縮與擴張分析比較基因組學(xué)分析目錄 1：單拷貝基因構(gòu)建物種樹以及計算分化時間[http://www.reibang.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴張分析[ht...
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還是無法運行碌秸，報錯绍移。
DBI connect('database-;host=localhost','root',...) failed: Can't connect to local Mys0l server through socket/var/run/mysgld/mysgld.sock' (2) at /usr/local/src/PASAppeline/PerlLib/DB connect.pm line 72.
Cannot connectto Can't connect local Mysql server through socketvar/run/mysgld/mysgld .sockdb.dbi line 57.Error, cnd: /usr/local/src/PAApipeline/scripts/create mysl cdnassembly dbdbi - /home/w/work/sample data/alianAssenbly,config -5 "/usr/ocalcdna alignment mysglschema' died with ret 65280 No such file or directory at /usr/local/src/PASApipeline/Perlib/pipeliner.pn line 187給裝不上PASA的人的一劑良藥
筆者試了幾天，死活裝不上PASA哮肚，幾乎絕望了登夫，幸好在PASA的官網(wǎng)上發(fā)現(xiàn)可以用docker來安裝，太高興了允趟。貌似國內(nèi)沒有教程恼策，寫一下吧。官方鏈接在此[https://gith...
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基因組文章 | 杜鵑《Nature Communications》2020前言 這篇文章是2020年10月19發(fā)表在Nature Communications雜志上潮剪。文章研究的是杜鵑花涣楷，主要做了三部分內(nèi)容：（1）基因組組裝注釋（2）基因組進化分析（...
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你好，有個問題是抗碰，這種mcscan的方法是基于蛋白的BLAST狮斗。但是JCVI那種是不是只能輸入CDS？我想做JCVI那種圖弧蝇，又用蛋白BLAST方法為基礎(chǔ)碳褒，如何辦呢？
基因組共線性工具MCScanX使用說明
MCScanX是檢測基因共線性和進化分析的常用工具之一看疗，2012發(fā)表至今引用數(shù)200+沙峻，作者之一的唐海寶老師是國內(nèi)植物基因組學(xué)生信分析、軟件開發(fā)領(lǐng)域的大拿两芳，在學(xué)習(xí)使用MCSc...
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大神你好摔寨，已經(jīng)付費，但是腳本get_the_longest_transcripts.py還是不能復(fù)制呢怖辆？
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https://weibo.com/2215415680/Lp043sOxg
LTR-RTs的鑒定,LAI值的計算
LAI是一種新的評估基因組組裝質(zhì)量的評價標準是复。LTR講解[http://www.reibang.com/p/a93cdbc36339]部分轉(zhuǎn)載自https://www.ji...
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您好删顶，用LTR-Retriever運行生成的個別物種LAI值大部分都聚在了0，請問是什么問題淑廊？是只有極少的轉(zhuǎn)座子逗余，還是測序的問題，或是其他蒋纬？ @wo_monic
https://wx1.sinaimg.cn/bmiddle/840c8f80gy1h1drt65k7vj20ig0iggm3.jpg
https://wx2.sinaimg.cn/mw2000/840c8f80gy1h1drtaafy8j20ig0igq3f.jpgLTR-RTs的鑒定,LAI值的計算
LAI是一種新的評估基因組組裝質(zhì)量的評價標準猎荠。LTR講解[http://www.reibang.com/p/a93cdbc36339]部分轉(zhuǎn)載自https://www.ji...
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我也想問呢。做數(shù)據(jù)庫分析好多芯片數(shù)據(jù)涉及基因有限蜀备？是不是分析的意義也有限呢关摇？
基因芯片 尋找探針所對應(yīng)的基因ID
最近在學(xué)習(xí)處理芯片數(shù)據(jù)，遇到一個問題就是芯片數(shù)據(jù)和基因ID之間的對應(yīng)問題碾阁。不然感覺自己做出的東西沒有辦法分析输虱。 先來看一下芯片探針與基因直接的關(guān)系： ·探針組與基因關(guān)系：...
