論文發(fā)表之前我們常常會(huì)有遞交測(cè)序數(shù)據(jù)到NCBI的需求，這些數(shù)據(jù)例如：基因組，轉(zhuǎn)錄組叙凡，ChIP-seq驳庭，ATAC-seq活尊，基因組注釋文件撼玄，三代測(cè)序原始數(shù)據(jù)等都有不同的NCBI子...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：貴州
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NCBI組學(xué)數(shù)據(jù)上傳流程 -
比較基因組學(xué)分析3：特異節(jié)點(diǎn)基因家族富集分析（非模式物種GO/KEEG富集分析）比較基因組學(xué)分析目錄 1：?jiǎn)慰截惢驑?gòu)建物種樹(shù)以及計(jì)算分化時(shí)間[http://www.reibang.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析[ht...
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轉(zhuǎn)座子（TE,散在重復(fù)）特征及其對(duì)基因組影響基因組中重復(fù)序列大體分為兩類：串聯(lián)重復(fù)（Tandem repeats炬搭，Tandem Duplication） （TRF可預(yù)測(cè)）散在重復(fù)（Dispersed repeats）蜈漓，...
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這個(gè)流程適用于HIFI測(cè)序嗎
利用PacBio數(shù)據(jù)檢測(cè)DNA修飾
以PacBio為代表的三代測(cè)序公司開(kāi)發(fā)的第三代測(cè)序技術(shù)既可以直接測(cè)得DNA堿基序列，又可以測(cè)得其堿基上的修飾宫盔。 SMRT(Single-Molecule Real-Time)...
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Ks值用TBtools計(jì)算不出來(lái)融虽？講一個(gè)故事Ka，Ks（或Dn灼芭，Ds）有额，這兩個(gè)值以及他們的比值分別被賦予了一定的生物學(xué)意義。其中最為常用的是兩者的比值彼绷，存在這么一種常見(jiàn)認(rèn)知： ka/ks>>1 正選擇 ka/ks~1 ...
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那解決如何解決呢巍佑？我現(xiàn)在也出現(xiàn)了很多NaN，并且是KaKs苛预。
Solved! | 為什么我 Ka/Ks 計(jì)算出來(lái)的總是 NaN句狼？
寫在前面 很久以前，參考NG86計(jì)算邏輯提出的文章热某，我在TBtools中寫了Simple Ka/Ks Calculator腻菇，旨在理解算法胳螟，具體可見(jiàn) 《批量計(jì)算dn/ds，粗略...
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主要分享一些自己的學(xué)習(xí)過(guò)程，以菜鳥(niǎo)干貨為主丘薛，大家有問(wèn)題可以在我的博客交流(打賞也是)<br><br>
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比較基因組學(xué)分析2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析比較基因組學(xué)分析目錄 1：?jiǎn)慰截惢驑?gòu)建物種樹(shù)以及計(jì)算分化時(shí)間[http://www.reibang.com/p/10bb4410ae3d]2：基因家族收縮與擴(kuò)張分析[ht...
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還是無(wú)法運(yùn)行熙含，報(bào)錯(cuò)挎峦。
DBI connect('database-;host=localhost','root',...) failed: Can't connect to local Mys0l server through socket/var/run/mysgld/mysgld.sock' (2) at /usr/local/src/PASAppeline/PerlLib/DB connect.pm line 72.
Cannot connectto Can't connect local Mysql server through socketvar/run/mysgld/mysgld .sockdb.dbi line 57.Error, cnd: /usr/local/src/PAApipeline/scripts/create mysl cdnassembly dbdbi - /home/w/work/sample data/alianAssenbly,config -5 "/usr/ocalcdna alignment mysglschema' died with ret 65280 No such file or directory at /usr/local/src/PASApipeline/Perlib/pipeliner.pn line 187給裝不上PASA的人的一劑良藥
筆者試了幾天，死活裝不上PASA，幾乎絕望了与纽，幸好在PASA的官網(wǎng)上發(fā)現(xiàn)可以用docker來(lái)安裝侈离，太高興了殴穴。貌似國(guó)內(nèi)沒(méi)有教程狱窘，寫一下吧。官方鏈接在此[https://gith...
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基因組文章 | 杜鵑《Nature Communications》2020前言 這篇文章是2020年10月19發(fā)表在Nature Communications雜志上裁僧。文章研究的是杜鵑花个束，主要做了三部分內(nèi)容：（1）基因組組裝注釋（2）基因組進(jìn)化分析（...
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你好，有個(gè)問(wèn)題是聊疲，這種mcscan的方法是基于蛋白的BLAST茬底。但是JCVI那種是不是只能輸入CDS？我想做JCVI那種圖获洲，又用蛋白BLAST方法為基礎(chǔ)阱表，如何辦呢？
基因組共線性工具M(jìn)CScanX使用說(shuō)明
MCScanX是檢測(cè)基因共線性和進(jìn)化分析的常用工具之一贡珊，2012發(fā)表至今引用數(shù)200+捶枢，作者之一的唐海寶老師是國(guó)內(nèi)植物基因組學(xué)生信分析、軟件開(kāi)發(fā)領(lǐng)域的大拿飞崖，在學(xué)習(xí)使用MCSc...
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大神你好，已經(jīng)付費(fèi)谨胞，但是腳本get_the_longest_transcripts.py還是不能復(fù)制呢固歪？
Wundy 評(píng)論自基因組共線性工具M(jìn)CScanX使用說(shuō)明 -
https://weibo.com/2215415680/Lp043sOxg
LTR-RTs的鑒定,LAI值的計(jì)算
LAI是一種新的評(píng)估基因組組裝質(zhì)量的評(píng)價(jià)標(biāo)準(zhǔn)。LTR講解[http://www.reibang.com/p/a93cdbc36339]部分轉(zhuǎn)載自https://www.ji...
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您好胯努，用LTR-Retriever運(yùn)行生成的個(gè)別物種LAI值大部分都聚在了0牢裳，請(qǐng)問(wèn)是什么問(wèn)題？是只有極少的轉(zhuǎn)座子叶沛，還是測(cè)序的問(wèn)題蒲讯，或是其他？ @wo_monic
https://wx1.sinaimg.cn/bmiddle/840c8f80gy1h1drt65k7vj20ig0iggm3.jpg
https://wx2.sinaimg.cn/mw2000/840c8f80gy1h1drtaafy8j20ig0igq3f.jpgLTR-RTs的鑒定,LAI值的計(jì)算
LAI是一種新的評(píng)估基因組組裝質(zhì)量的評(píng)價(jià)標(biāo)準(zhǔn)灰署。LTR講解[http://www.reibang.com/p/a93cdbc36339]部分轉(zhuǎn)載自https://www.ji...
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我也想問(wèn)呢判帮。做數(shù)據(jù)庫(kù)分析好多芯片數(shù)據(jù)涉及基因有限局嘁？是不是分析的意義也有限呢？
基因芯片 尋找探針?biāo)鶎?duì)應(yīng)的基因ID
最近在學(xué)習(xí)處理芯片數(shù)據(jù)晦墙，遇到一個(gè)問(wèn)題就是芯片數(shù)據(jù)和基因ID之間的對(duì)應(yīng)問(wèn)題悦昵。不然感覺(jué)自己做出的東西沒(méi)有辦法分析。 先來(lái)看一下芯片探針與基因直接的關(guān)系： ·探針組與基因關(guān)系：...
