在安裝loomR的時候垮卓，必須要先安裝hdf5r 但是hdf5r 這個包一直安裝有問題衬潦，GitHub上有一個issue 專門討論https://github.com/hhoef...
IP屬地：澳門
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R包hdf5r安裝報錯 -
illumina beadchip 芯片原始數(shù)據(jù)處理需求 和這一篇的需求一致境钟，不同公司的芯片原始數(shù)據(jù)處理方式也不同，最終都是為了得到表達(dá)矩陣，今天介紹的是illumina beadchip 芯片巍虫，用神奇的limma搞定它彭则。找不...
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基因變異的命名規(guī)則
主要轉(zhuǎn)自對看不懂變異的命名規(guī)則怎么辦？以及教你看懂基因檢測中的那些變異的學(xué)習(xí) HGVS占遥，全稱是Human Genome Variation Society，即人類基因組變異協(xié)...
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【冷知識科普】這是一撮了不起的纖毛不了解的小伙伴可能會單純地覺得，細(xì)胞的鞭毛和纖毛就是細(xì)胞的一個單純的運(yùn)動器官尤揣。然而事實上搔啊，鞭毛和纖毛的在人體發(fā)育及各類生理功能中都扮演著重要的角色，可以說比絕大部分人想象的都...
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多個10x單細(xì)胞對象的合并和批次校正--seurat錨點(diǎn)整合+Harmony練習(xí)數(shù)據(jù)集的GEO編號：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
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文獻(xiàn)學(xué)習(xí)021--[sc]單細(xì)胞測序揭示心梗后的心臟免疫動態(tài)變化前幾天剛剛發(fā)在Small Methods（IF: 14.188）上的文章 1. Temporal Immune Composition in the Heart by Sin...
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R語言for循環(huán)01-批量完成相關(guān)系數(shù)計算
在數(shù)據(jù)分析過程中北戏，尤其是在做基因篩選時负芋，常會應(yīng)用到批量篩選，這也是應(yīng)用R語言分析數(shù)據(jù)的優(yōu)勢之一嗜愈。在這一點(diǎn)上往往在線工具不能提供這樣的功能旧蛾。 我們來構(gòu)建一個虛擬數(shù)據(jù)，來完成基因...
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介紹一款單細(xì)胞細(xì)胞類型注釋軟件-scibet
作者：童蒙編輯：amethyst 引言 隨著技術(shù)的進(jìn)步蠕嫁，測序成本的降低锨天，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)呈指數(shù)級的爆發(fā)。許多組織都發(fā)布了關(guān)于詳細(xì)的單細(xì)胞圖譜計劃剃毒，例如小鼠單細(xì)胞開源數(shù)據(jù)庫T...
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10X單細(xì)胞VDJ分析識別具有抗原特異性的TCR motif這一篇繼續(xù)學(xué)習(xí)一些免疫方面的內(nèi)容病袄，參考文獻(xiàn)在Global analysis of shared T cell specificities in human non-small...
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免疫組庫數(shù)據(jù)分析||immunarch教程：Clonotypes annotationimmunarch — Fast and Seamless Exploration of Single-cell and Bulk T-cell/Antibody Immun...
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【單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析-1】認(rèn)識Seurat對象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式及操作一文了解單細(xì)胞對象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)/數(shù)據(jù)格式，單細(xì)胞數(shù)據(jù)操作不迷茫赘阀。本文內(nèi)容包括 單細(xì)胞seurat對象數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)益缠， 內(nèi)容構(gòu)成，對象的調(diào)用基公、操作幅慌，常見函數(shù)的應(yīng)用等。 1. 單細(xì)胞seu...
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安裝R包devtools遇到的報錯及解決
記錄一下酌媒，也許能幫到一些人 今天安裝devtools包時總是報錯欠痴，提示gert包配置錯誤ERROR: configuration failed for package ‘ge...
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Seurat官方教程|CITE-seq, RNA + ADT的WNN分析Compiled: March 18, 2021 原文鏈接：https://satijalab.org/seurat/articles/weighted_nearest_ne...
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Seurat4.0系列教程20：單細(xì)胞對象的格式轉(zhuǎn)換在此教程中，我們演示了在 Seurat 對象秒咨、SingleCellExperiment對象和anndata對象之間轉(zhuǎn)換的方法喇辽。 SingleCellExperiment的轉(zhuǎn)換...
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免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞scRNAseq免疫細(xì)胞注釋： 免疫細(xì)胞注釋-1：T細(xì)胞[http://www.reibang.com/p/0127c9b380c9] 免疫細(xì)胞注釋-2：髓系細(xì)胞[http...
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TCGA學(xué)習(xí)04：建模預(yù)測-lasso回歸TCGA學(xué)習(xí)01：數(shù)據(jù)下載與整理 - 簡書 TCGA學(xué)習(xí)02：差異分析 - 簡書 TCGA學(xué)習(xí)03：生存分析 - 簡書 TCGA學(xué)習(xí)04：建模預(yù)測-cox回歸 - 簡書...
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找不到某些GEO數(shù)據(jù)的表達(dá)矩陣腫么辦舉個栗子菩咨，GSE99410和GSE78200。 代碼看起來沒有問題，怎么就畫不了圖抽米？ 因為它是空數(shù)據(jù)啊特占。 有兩種情況 第一類，不是芯片數(shù)據(jù)云茸，用于后續(xù)分析的文件以其他形式存儲了...
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CIBERSORT 免疫浸潤(2023.1.2更新版)目前主流的免疫浸潤計算方法是CIBERSORT和ssgsea是目，今天介紹CIBERSORT。 1.輸入數(shù)據(jù)要什么 下面這段話摘自CIBERSORT的介紹 Importantly...
