由于層次聚類的問題（數(shù)據(jù)量太大的時候贸营，層次聚類的速度很慢捡偏，同時會報堆錯誤瓤的，出現(xiàn)內存溢出）坏瘩，inferCNV的不能處理大批量的數(shù)據(jù)山林。另外志秃，對于來源于不同病人的樣本怔球，inferC...
IP屬地：山西
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inferCNV相關思考（配對樣本版扩、多樣本問題 ） -
ubtuntu服務器版本不停重啟與英偉達驅動安裝的問題
以下情況針對本服務器的版本安裝dkms后系統(tǒng)出現(xiàn)不停重啟的情況以及顯卡驅動安裝的情況 Linux version 5.4.0-125-generic (buildd@lcy0...
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10X單細胞（10X空間轉錄組）多樣本批次效應去除分析之RCA2hello竟坛，國慶上班了，不知道大家過的怎么樣钧舌，今天我們來分享一個新的多樣本整合批次去除的好方法担汤，RCA2，很好的方法洼冻，文章在RCA2: a scalable supervis...
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R包hdf5r安裝報錯在安裝loomR的時候崭歧，必須要先安裝hdf5r 但是hdf5r 這個包一直安裝有問題，GitHub上有一個issue 專門討論https://github.com/hhoef...
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免疫組庫系列-R包DivE的使用
中文應該只有我寫了這個撞牢。率碾。 “ DivE”估計量是一種啟發(fā)式方法叔营，用于估計種群中的種類數(shù)量或物種數(shù)量(物種豐富度)。 文章 Quantification of HTLV-1 ...
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CLIP所宰、RIP-seq講座視頻筆記系列筆記基于達澈生物講座視頻绒尊，從中初步學習了解生信分析中常遇到的組學分析技術。ChIP-seq和 CUT&Tag仔粥、CUT&RUN講座視頻筆記 - 簡書 [https://w...
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[R] 如何快速生成許多差異明顯的顏色婴谱？這個需求真的太常見了！注意問題強調的幾個關鍵詞：一是快速躯泰，二是大量谭羔，三是差異明顯。在生成大量元素比較圖時要明顯區(qū)分不同樣本麦向，比如宏基因組中的物種分析： 方法一：自定義 自定義...
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R語言 -- customLayout 包 拼圖目標 使用R拼出這樣的一張圖： Let's start 1. 安裝 customLayout 包 簡單介紹一下 customLayout 包： lay_new(mat, wi...
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用R來拼圖和排版口糕，告別AI和PS(三)：添加注釋信息前面我們講了用R來拼圖和排版，告別AI和PS(一)[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s%3F...
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AUCell：計算單細胞轉錄組的每個細胞中特定基因集的活性程度AUC允許在單細胞rna數(shù)據(jù)集中識別具有活性基因集（如gene signature,gene module）的細胞磕蛇。AUCell使用曲線下面積來計算輸入基因集的一個關鍵子集是...
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如何給Seurat對象的基因重命名景描？【基因名轉換】2022-07-27
適用背景 在單細胞分析中，必要的一步是對每個細胞進行注釋秀撇，這相當于給每個細胞打個標簽超棺，或者說起個別名，這些信息都存在@meta.data信息里呵燕，所以不用特意去更改細胞名字棠绘，S...
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scRNA基礎分析-3：鑒定細胞類型scRNA基礎分析-1:安裝包、導入數(shù)據(jù)再扭、過濾質控 - 簡書 scRNA基礎分析-2：降維與聚類 - 簡書 scRNA基礎分析-3：鑒定細胞類型 - 簡書 scRNA基...
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單細胞轉錄組||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial同系列文章： sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[http://www.reibang.com/p...
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單細胞測序分析之PCA后維度的選擇關于“數(shù)據(jù)的維度”(dims參數(shù))的選擇 完成PCA之后氧苍，我們獲得了該數(shù)據(jù)集的所有主成分（PCs）信息，但是如何決定納入多少個主成分進行下游分析呢泛范？ 主要參考以下方法： 熱圖...
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結合Seurat批量去雙胞（DoubletFinder）2022-05-18使用背景 我們一般拿到單細胞矩陣需要做的一個預處理步驟是去雙胞让虐，而常用的一個R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
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多個10x單細胞對象的合并和批次校正--seurat錨點整合+Harmony練習數(shù)據(jù)集的GEO編號：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
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10X單細胞（10X空間轉錄組）scanpy做多樣本整合的智慧（bbknn）hello，大家好罢荡，今天我們來回顧一下赡突，不講新的東西，回顧一下scanpy做10X單細胞（10X空間轉錄組）多樣本整合的方法区赵，這個方法跟Seurat差別比較大惭缰，目前引用sca...
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多個單細胞數(shù)據(jù)集整合方法1. 整合不同數(shù)據(jù)集中同一類細胞方法： 該方法來自一篇21年5月份的Nature：Cross-tissue organization of the fibroblast li...
