由于層次聚類的問題（數(shù)據(jù)量太大的時(shí)候裸燎，層次聚類的速度很慢浊猾，同時(shí)會(huì)報(bào)堆錯(cuò)誤陨界，出現(xiàn)內(nèi)存溢出）帮毁，inferCNV的不能處理大批量的數(shù)據(jù)幌氮。另外眷蜓，對(duì)于來源于不同病人的樣本故俐，inferC...
IP屬地：吉林
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inferCNV相關(guān)思考（配對(duì)樣本柳恐、多樣本問題 ） -
一個(gè)分享生信知識(shí)的人
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ubtuntu服務(wù)器版本不停重啟與英偉達(dá)驅(qū)動(dòng)安裝的問題
以下情況針對(duì)本服務(wù)器的版本安裝dkms后系統(tǒng)出現(xiàn)不停重啟的情況以及顯卡驅(qū)動(dòng)安裝的情況 Linux version 5.4.0-125-generic (buildd@lcy0...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）多樣本批次效應(yīng)去除分析之RCA2hello药版，國(guó)慶上班了辑舷，不知道大家過的怎么樣，今天我們來分享一個(gè)新的多樣本整合批次去除的好方法槽片，RCA2何缓，很好的方法，文章在RCA2: a scalable supervis...
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R包hdf5r安裝報(bào)錯(cuò)在安裝loomR的時(shí)候还栓，必須要先安裝hdf5r 但是hdf5r 這個(gè)包一直安裝有問題碌廓，GitHub上有一個(gè)issue 專門討論https://github.com/hhoef...
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免疫組庫(kù)系列-R包DivE的使用
中文應(yīng)該只有我寫了這個(gè)。剩盒。 “ DivE”估計(jì)量是一種啟發(fā)式方法谷婆，用于估計(jì)種群中的種類數(shù)量或物種數(shù)量(物種豐富度)。 文章 Quantification of HTLV-1 ...
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CLIP辽聊、RIP-seq講座視頻筆記系列筆記基于達(dá)澈生物講座視頻纪挎，從中初步學(xué)習(xí)了解生信分析中常遇到的組學(xué)分析技術(shù)。ChIP-seq和 CUT&Tag跟匆、CUT&RUN講座視頻筆記 - 簡(jiǎn)書 [https://w...
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[R] 如何快速生成許多差異明顯的顏色异袄？這個(gè)需求真的太常見了！注意問題強(qiáng)調(diào)的幾個(gè)關(guān)鍵詞：一是快速玛臂，二是大量烤蜕，三是差異明顯埠帕。在生成大量元素比較圖時(shí)要明顯區(qū)分不同樣本，比如宏基因組中的物種分析： 方法一：自定義 自定義...
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R語(yǔ)言 -- customLayout 包 拼圖目標(biāo) 使用R拼出這樣的一張圖： Let's start 1. 安裝 customLayout 包 簡(jiǎn)單介紹一下 customLayout 包： lay_new(mat, wi...
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用R來拼圖和排版，告別AI和PS(三)：添加注釋信息前面我們講了用R來拼圖和排版硫惕，告別AI和PS(一)[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s%3F...
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AUCell：計(jì)算單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的每個(gè)細(xì)胞中特定基因集的活性程度AUC允許在單細(xì)胞rna數(shù)據(jù)集中識(shí)別具有活性基因集（如gene signature,gene module）的細(xì)胞河哑。AUCell使用曲線下面積來計(jì)算輸入基因集的一個(gè)關(guān)鍵子集是...
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如何給Seurat對(duì)象的基因重命名？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細(xì)胞分析中呐籽，必要的一步是對(duì)每個(gè)細(xì)胞進(jìn)行注釋，這相當(dāng)于給每個(gè)細(xì)胞打個(gè)標(biāo)簽蚀瘸，或者說起個(gè)別名狡蝶，這些信息都存在@meta.data信息里，所以不用特意去更改細(xì)胞名字贮勃，S...
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scRNA基礎(chǔ)分析-3：鑒定細(xì)胞類型scRNA基礎(chǔ)分析-1:安裝包贪惹、導(dǎo)入數(shù)據(jù)、過濾質(zhì)控 - 簡(jiǎn)書 scRNA基礎(chǔ)分析-2：降維與聚類 - 簡(jiǎn)書 scRNA基礎(chǔ)分析-3：鑒定細(xì)胞類型 - 簡(jiǎn)書 scRNA基...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial同系列文章： sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[http://www.reibang.com/p...
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單細(xì)胞測(cè)序分析之PCA后維度的選擇關(guān)于“數(shù)據(jù)的維度”(dims參數(shù))的選擇 完成PCA之后寂嘉，我們獲得了該數(shù)據(jù)集的所有主成分（PCs）信息奏瞬，但是如何決定納入多少個(gè)主成分進(jìn)行下游分析呢？ 主要參考以下方法： 熱圖...
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結(jié)合Seurat批量去雙胞（DoubletFinder）2022-05-18使用背景 我們一般拿到單細(xì)胞矩陣需要做的一個(gè)預(yù)處理步驟是去雙胞泉孩，而常用的一個(gè)R包是DoubletFinder[https://github.com/chris-mcginni...
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多個(gè)10x單細(xì)胞對(duì)象的合并和批次校正--seurat錨點(diǎn)整合+Harmony練習(xí)數(shù)據(jù)集的GEO編號(hào)：GSE139324 (Immune Landscape of Viral- and Carcinogen-Driven Head and Neck C...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）scanpy做多樣本整合的智慧（bbknn）hello硼端，大家好，今天我們來回顧一下寓搬，不講新的東西珍昨，回顧一下scanpy做10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）多樣本整合的方法，這個(gè)方法跟Seurat差別比較大句喷，目前引用sca...
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多個(gè)單細(xì)胞數(shù)據(jù)集整合方法1. 整合不同數(shù)據(jù)集中同一類細(xì)胞方法： 該方法來自一篇21年5月份的Nature：Cross-tissue organization of the fibroblast li...
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