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發(fā)簡信
IP屬地：北京
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生物信息學(xué)的本質(zhì)是挖掘大數(shù)據(jù)信息以獲取有用信息莱睁，對(duì)我們科研工作者來說嘿期，需要更為直接的將生物信息學(xué)融入科研過程中掂铐，并加入我們的對(duì)生信結(jié)果的思考罕拂，最終獲取想要的信息。
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生物信息學(xué)（Bioinformatics）是一門交叉科學(xué)，它包含了生物信息的獲取烤镐、加工蛋济、存儲(chǔ)棍鳖、分配炮叶、分析、解釋等在內(nèi)的所有方面渡处，它綜合運(yùn)用數(shù)學(xué)镜悉、計(jì)算機(jī)科學(xué)和生物學(xué)的各種工具，來闡明和理解大量生物數(shù)據(jù)所包含的生物學(xué)意義医瘫。它隨1990年人類基因組計(jì)劃（HGP）的實(shí)施和信息技術(shù)的發(fā)展而誕生侣肄，現(xiàn)已迅速發(fā)展成為當(dāng)今生命科學(xué)最具吸引力和重大的前沿領(lǐng)域，為生物學(xué)醇份、計(jì)算機(jī)科學(xué)稼锅、數(shù)學(xué)吼具、信息科學(xué)等專業(yè)的高素質(zhì)人才提供了更廣闊的發(fā)展天地
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個(gè)人學(xué)習(xí)生信的一點(diǎn)心得 歡迎討論指摘
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一些生物信息學(xué)用到的軟件锥债，工具陡蝇，介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章 ?? 測序組裝使用的Spades、canu等等 ?? 序列比對(duì)比如blast哮肚、bowtie登夫、diamond等 ?? 多序列比對(duì)比如mega、clustalW允趟、matff等 ?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools恼策、bedtools等等 ?? 可變剪接分析的rMATS、MISO ?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等 ?? call peak的工具macs2 ?? 文獻(xiàn)下載工具Sci-hub桌面版 ?? 進(jìn)化樹構(gòu)建工具IQtree潮剪、ggtree等 ?? 同源基因查找工具OrthoMCL戏蔑、OrthoFinder等 ?? 尋找測序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK、bcftools等 ?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o鲁纠、QIMME ?? 測序質(zhì)量評(píng)估的FastQC总棵、BUSCO、QUAST ?? 可視化工具比如IGV改含、3D Genome ?? 測序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit情龄、ascp等 ?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos 等等
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作為生信菜鳥骤视，雖然之前用 R 畫了不少圖，但經(jīng)常是現(xiàn)用現(xiàn)學(xué)鹃觉，感覺 R 的知識(shí)不系統(tǒng)专酗，之后系統(tǒng)的學(xué)習(xí)一下 R 語言。在這里把讀書筆記整理出來盗扇，入門書籍包括《R 語言編程藝術(shù)》祷肯、《ggplot2：數(shù)據(jù)分析與圖形藝術(shù)》、《R 語言實(shí)戰(zhàn)》疗隶、《R 語言與 Bioconductor 生物信息學(xué)應(yīng)用》佑笋。
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記錄學(xué)習(xí)生信的點(diǎn)滴
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生信學(xué)習(xí)筆記关摇、腳本編程、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)碾阁、數(shù)據(jù)分析 ～～～ 生物信息領(lǐng)域的大雜燴～ 好大一鍋亂燉拒垃，快到我的額碗里來～ 好好學(xué)習(xí)，天天學(xué)生信～
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生物信息學(xué)軟件，perl艰猬、python横堡、R、shell腳本交流分享
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收集一些生物信息學(xué)的分析流程的文章。感謝這些簡友整理的生信分析流程食听！ 如果簡友投稿沒有被我收入專題胸蛛，可能是我沒看到或者收入到其他針對(duì)性更強(qiáng)的專題中了。望見諒樱报！ ???????????????????????? 文章的收錄是有順序的葬项，查看的時(shí)候請(qǐng)點(diǎn)擊“最新收錄”然后進(jìn)行查看。 ?? 全基因組測序(WGS)分析 ?? 轉(zhuǎn)錄組分析RNA-seq的分析流程 ?? 染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)ATAC-Seq迹蛤、ChIP-Seq分析 ?? 單細(xì)胞scRNA-seq分析 ?? 癌癥的預(yù)后標(biāo)志物查找 ?? 系統(tǒng)發(fā)育演化進(jìn)化樹構(gòu)建與分析 ?? 群體遺傳學(xué)分析 ?? 全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS) ?? 基因家族的分析 ?? 甲基化測序與分析 ?? KEGG/GO功能富集分析 ?? 圖形繪制具體細(xì)節(jié)的比如熱圖民珍、曼哈頓圖的繪制等 ?? python、perl盗飒、R的包的使用過程 ?? 具體工具的使用嚷量，比如GATK的使用過程 ?? 數(shù)據(jù)庫的挖掘方法，比如TCGA數(shù)據(jù)庫的使用 ?? 另外就是整個(gè)文章走下來的流程 ?? ?? ??
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生信技能樹：https://vip.biotrainee.com/ Openbiox： https://community.openbiox.org/ 公眾號(hào)：優(yōu)雅R 生物數(shù)據(jù)分析QA，技術(shù)文檔與博客宣渗，需要你的參與抖所。 ……………………………… 歡迎在簡書創(chuàng)作和做筆記的生信學(xué)習(xí)者、愛好者以及相關(guān)編程人員加入本專題落包，貢獻(xiàn)你的文字部蛇，無論是原創(chuàng)還是筆記，我們需要你咐蝇，將本專題打造為生信知識(shí)寶庫、交流平臺(tái)。 內(nèi)容可以是對(duì)生物信息學(xué)與算法知識(shí)相關(guān)資源的收集有序、整理抹腿，以及原創(chuàng)筆記： * R * Python * Perl * Linux 工具與編程 * 繪圖 * 統(tǒng)計(jì) * 計(jì)算生物學(xué) * 各類算法 * 機(jī)器學(xué)習(xí)
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公眾號(hào)：信息學(xué)競賽從入門到巔峰
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微信公眾號(hào)：生物信息學(xué)習(xí)盅称。<br>微信:tuantuan3634（請(qǐng)備注一下姓名和院校）<br>歡迎交流
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