動動發(fā)財?shù)男∈郑c個贊吧！ 1. 基因集檢測 轉錄因子或表觀遺傳標記可能作用于按共同生物學特征（共享生物學功能鳄虱、RNAseq 實驗中的共同調(diào)控等）分組的特定基因組。 ChIP...
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ChIP-seq 分析：基因集富集（11） -
跟著Nature學作圖：R語言ggplot2箱線圖/堆積柱形圖完整示例論文 Graph pangenome captures missing heritability and empowers tomato breeding https://w...
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ATAC-seq分析：差異分析（10）在下部分中，我們將研究如何使用 R/Bioconductor 識別開放區(qū)域中的變化。 在這里蕊连，我們將采用類似于 Diffbind 中的方法，并在 ATACseq 分析中合理建...
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重測序分析（17）GWAS分析實操（3）gwas_tassel_glmTASSEL利用固定效應線性模型來測試分離位點和表型之間的關聯(lián)游昼。該分析可以選擇使用指示基礎總體成員程度的協(xié)變量來考慮總群結構甘苍。僅主效應模型是使用輸入數(shù)據(jù)中的所有變量自動構建的...
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WGCNA：選擇某個模塊繪制共表達網(wǎng)絡前面的教程已經(jīng)進行了WGCNA分析并將各個模塊的網(wǎng)絡圖繪制文件導出载庭，接下來將進行共表達網(wǎng)絡的繪制，本次教程依舊根據(jù)PlantTech的Cytoscape課程[https://...
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Lasso + Cox 生存分析模式一扇谣、為什么需要用 Lasso + Cox 生存分析模式 一般我們在篩選影響患者預后的變量時昧捷，通常先進行單因素Cox分析篩選出關聯(lián)的變量闲昭，然后構建多因素模型進一步確認變量與生存...
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最近7.7分SCI罐寨，單細胞分析+WGCNA+實驗驗證，有實驗條件者可輕易模仿序矩，腫瘤非腫瘤均適合鸯绿！發(fā)表雜志：Biological Procedures Online 影響因子：7.71 生信分析咨詢 請關注“生信小課堂”全網(wǎng)同名 研究背景： 結直腸癌(CRC)是全球癌癥相...
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14分瓶蝴，最熱復合物NLRP3炎癥小體泛癌純生信分析！ 想發(fā)高分純生信不容錯過
大家好租幕，今天要和大家分享的是2021年7月online的一篇文章：“Pan-cancer analysis of NLRP3 inflammasome with potent...
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Cellrank：細胞分化軌跡的新秀說在前面 說到細胞分化軌跡的推斷舷手，想必很多小伙伴第一會想到的是monocle2這個軟件，但是它只能做到oneshot劲绪，不能捕捉到細胞分化的動態(tài)過程男窟。另一種高階的算法是RNA速...
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感興趣的參考bed文件怎么獲取啊
用deeptools的computematrix/plotprofile/plotheatmap繪制基因組上一系列位置的信息，例如測序覆蓋度等
以ChIPseq為例我們想要看某一個轉錄因子在所有TSS附近的信號的平均贾富，看在一個TSS附近直接用igv打開就行歉眷，但當我們看所有TSS或者給定一個bed文件的時候，就需要借用...
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RNAvelocity系列教程2：使用 Seurat 和 scVelo 估計 RNA 速率此教程展示了使用 scVelo 分析存儲在 Seurat 對象中的 RNA 速率值颤枪。如果您在工作中使用 scVelo汗捡，請引用下文： Generalizing RNA velo...
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MACS2 進行peak calling整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時用到的工具。本文只對使用的工具用法進行簡單介紹畏纲。 MACS2 是一款常用的peak calling軟件扇住，可以鑒定ChIP-...
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CHIP-Seq處理流程
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我試了0.05咱娶，calling peak之后也只有兩個
ChIP-seq基礎入門
理解ChIP-Seq 到了目前這個水平，我學習新的高通量數(shù)據(jù)分析流程時已經(jīng)不再考慮代碼應該如何寫的問題了强品。我更多要去考慮一個技術的目的和意義膘侮。 轉錄組主要研究的問題是基因在不...
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一開始只用RYBP和IgG來test代碼，結果peak calling之后發(fā)現(xiàn)是0的榛，原來作者也遇到了琼了，我都之前都不知道是哪兒出錯了??
ChIP-seq基礎入門
理解ChIP-Seq 到了目前這個水平，我學習新的高通量數(shù)據(jù)分析流程時已經(jīng)不再考慮代碼應該如何寫的問題了夫晌。我更多要去考慮一個技術的目的和意義雕薪。 轉錄組主要研究的問題是基因在不...
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單細胞細胞比例分析方法列舉1.利用箱線圖比較兩類樣本的某個細胞比例差異 比較直觀，但是缺點在于如果單細胞樣本個數(shù)過少且異質性大晓淀，導致很難有統(tǒng)計學顯著意義 2.R o/e 比值 好多文章都有用這個所袁，我的...
