動動發(fā)財(cái)?shù)男∈郑c(diǎn)個(gè)贊吧项郊！ 1. 基因集檢測 轉(zhuǎn)錄因子或表觀遺傳標(biāo)記可能作用于按共同生物學(xué)特征（共享生物學(xué)功能馅扣、RNAseq 實(shí)驗(yàn)中的共同調(diào)控等）分組的特定基因組。 ChIP...
發(fā)簡信
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ChIP-seq 分析：基因集富集（11） -
跟著Nature學(xué)作圖：R語言ggplot2箱線圖/堆積柱形圖完整示例論文 Graph pangenome captures missing heritability and empowers tomato breeding https://w...
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ATAC-seq分析：差異分析（10）在下部分中着降，我們將研究如何使用 R/Bioconductor 識別開放區(qū)域中的變化差油。 在這里，我們將采用類似于 Diffbind 中的方法任洞，并在 ATACseq 分析中合理建...
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重測序分析（17）GWAS分析實(shí)操（3）gwas_tassel_glmTASSEL利用固定效應(yīng)線性模型來測試分離位點(diǎn)和表型之間的關(guān)聯(lián)蓄喇。該分析可以選擇使用指示基礎(chǔ)總體成員程度的協(xié)變量來考慮總?cè)航Y(jié)構(gòu)食绿。僅主效應(yīng)模型是使用輸入數(shù)據(jù)中的所有變量自動構(gòu)建的...
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WGCNA：選擇某個(gè)模塊繪制共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)前面的教程已經(jīng)進(jìn)行了WGCNA分析并將各個(gè)模塊的網(wǎng)絡(luò)圖繪制文件導(dǎo)出器紧，接下來將進(jìn)行共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的繪制，本次教程依舊根據(jù)PlantTech的Cytoscape課程[https://...
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Lasso + Cox 生存分析模式一楼眷、為什么需要用 Lasso + Cox 生存分析模式 一般我們在篩選影響患者預(yù)后的變量時(shí)铲汪，通常先進(jìn)行單因素Cox分析篩選出關(guān)聯(lián)的變量，然后構(gòu)建多因素模型進(jìn)一步確認(rèn)變量與生存...
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最近7.7分SCI罐柳，單細(xì)胞分析+WGCNA+實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證掌腰，有實(shí)驗(yàn)條件者可輕易模仿，腫瘤非腫瘤均適合张吉！發(fā)表雜志：Biological Procedures Online 影響因子：7.71 生信分析咨詢 請關(guān)注“生信小課堂”全網(wǎng)同名 研究背景： 結(jié)直腸癌(CRC)是全球癌癥相...
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14分肮蛹，最熱復(fù)合物NLRP3炎癥小體泛癌純生信分析勺择！ 想發(fā)高分純生信不容錯過
大家好，今天要和大家分享的是2021年7月online的一篇文章：“Pan-cancer analysis of NLRP3 inflammasome with potent...
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Cellrank：細(xì)胞分化軌跡的新秀說在前面 說到細(xì)胞分化軌跡的推斷伦忠，想必很多小伙伴第一會想到的是monocle2這個(gè)軟件省核，但是它只能做到oneshot，不能捕捉到細(xì)胞分化的動態(tài)過程昆码。另一種高階的算法是RNA速...
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感興趣的參考bed文件怎么獲取啊
用deeptools的computematrix/plotprofile/plotheatmap繪制基因組上一系列位置的信息气忠，例如測序覆蓋度等
以ChIPseq為例我們想要看某一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子在所有TSS附近的信號的平均，看在一個(gè)TSS附近直接用igv打開就行赋咽，但當(dāng)我們看所有TSS或者給定一個(gè)bed文件的時(shí)候旧噪，就需要借用...
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RNAvelocity系列教程2：使用 Seurat 和 scVelo 估計(jì) RNA 速率此教程展示了使用 scVelo 分析存儲在 Seurat 對象中的 RNA 速率值。如果您在工作中使用 scVelo脓匿，請引用下文： Generalizing RNA velo...
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MACS2 進(jìn)行peak calling整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時(shí)用到的工具淘钟。本文只對使用的工具用法進(jìn)行簡單介紹。 MACS2 是一款常用的peak calling軟件亦镶，可以鑒定ChIP-...
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CHIP-Seq處理流程
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我試了0.05，calling peak之后也只有兩個(gè)
ChIP-seq基礎(chǔ)入門
理解ChIP-Seq 到了目前這個(gè)水平燎斩，我學(xué)習(xí)新的高通量數(shù)據(jù)分析流程時(shí)已經(jīng)不再考慮代碼應(yīng)該如何寫的問題了虱歪。我更多要去考慮一個(gè)技術(shù)的目的和意義蜂绎。 轉(zhuǎn)錄組主要研究的問題是基因在不...
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一開始只用RYBP和IgG來test代碼，結(jié)果peak calling之后發(fā)現(xiàn)是0笋鄙，原來作者也遇到了师枣，我都之前都不知道是哪兒出錯了??
ChIP-seq基礎(chǔ)入門
理解ChIP-Seq 到了目前這個(gè)水平，我學(xué)習(xí)新的高通量數(shù)據(jù)分析流程時(shí)已經(jīng)不再考慮代碼應(yīng)該如何寫的問題了萧落。我更多要去考慮一個(gè)技術(shù)的目的和意義践美。 轉(zhuǎn)錄組主要研究的問題是基因在不...
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單細(xì)胞細(xì)胞比例分析方法列舉1.利用箱線圖比較兩類樣本的某個(gè)細(xì)胞比例差異 比較直觀，但是缺點(diǎn)在于如果單細(xì)胞樣本個(gè)數(shù)過少且異質(zhì)性大找岖，導(dǎo)致很難有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著意義 2.R o/e 比值 好多文章都有用這個(gè)陨倡，我的...
