動動發(fā)財(cái)?shù)男∈钟髌担c(diǎn)個贊吧禽捆！ 1. 基因集檢測 轉(zhuǎn)錄因子或表觀遺傳標(biāo)記可能作用于按共同生物學(xué)特征（共享生物學(xué)功能配乱、RNAseq 實(shí)驗(yàn)中的共同調(diào)控等）分組的特定基因組醋虏。 ChIP...
發(fā)簡信
IP屬地：浙江
-
ChIP-seq 分析：基因集富集（11） -
跟著Nature學(xué)作圖：R語言ggplot2箱線圖/堆積柱形圖完整示例論文 Graph pangenome captures missing heritability and empowers tomato breeding https://w...
-
ATAC-seq分析：差異分析（10）在下部分中席吴，我們將研究如何使用 R/Bioconductor 識別開放區(qū)域中的變化溅漾。 在這里扩淀，我們將采用類似于 Diffbind 中的方法哎甲，并在 ATACseq 分析中合理建...
-
重測序分析（17）GWAS分析實(shí)操（3）gwas_tassel_glmTASSEL利用固定效應(yīng)線性模型來測試分離位點(diǎn)和表型之間的關(guān)聯(lián)蔫敲。該分析可以選擇使用指示基礎(chǔ)總體成員程度的協(xié)變量來考慮總?cè)航Y(jié)構(gòu)。僅主效應(yīng)模型是使用輸入數(shù)據(jù)中的所有變量自動構(gòu)建的...
-
WGCNA：選擇某個模塊繪制共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)前面的教程已經(jīng)進(jìn)行了WGCNA分析并將各個模塊的網(wǎng)絡(luò)圖繪制文件導(dǎo)出，接下來將進(jìn)行共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的繪制吞加，本次教程依舊根據(jù)PlantTech的Cytoscape課程[https://...
-
Lasso + Cox 生存分析模式一裙犹、為什么需要用 Lasso + Cox 生存分析模式 一般我們在篩選影響患者預(yù)后的變量時，通常先進(jìn)行單因素Cox分析篩選出關(guān)聯(lián)的變量衔憨，然后構(gòu)建多因素模型進(jìn)一步確認(rèn)變量與生存...
-
最近7.7分SCI叶圃，單細(xì)胞分析+WGCNA+實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證，有實(shí)驗(yàn)條件者可輕易模仿践图，腫瘤非腫瘤均適合掺冠！發(fā)表雜志：Biological Procedures Online 影響因子：7.71 生信分析咨詢 請關(guān)注“生信小課堂”全網(wǎng)同名 研究背景： 結(jié)直腸癌(CRC)是全球癌癥相...
-
14分赫舒，最熱復(fù)合物NLRP3炎癥小體泛癌純生信分析！ 想發(fā)高分純生信不容錯過
大家好闽瓢，今天要和大家分享的是2021年7月online的一篇文章：“Pan-cancer analysis of NLRP3 inflammasome with potent...
-
Cellrank：細(xì)胞分化軌跡的新秀說在前面 說到細(xì)胞分化軌跡的推斷接癌，想必很多小伙伴第一會想到的是monocle2這個軟件，但是它只能做到oneshot扣讼，不能捕捉到細(xì)胞分化的動態(tài)過程缺猛。另一種高階的算法是RNA速...
-
感興趣的參考bed文件怎么獲取啊
用deeptools的computematrix/plotprofile/plotheatmap繪制基因組上一系列位置的信息，例如測序覆蓋度等
以ChIPseq為例我們想要看某一個轉(zhuǎn)錄因子在所有TSS附近的信號的平均，看在一個TSS附近直接用igv打開就行荔燎，但當(dāng)我們看所有TSS或者給定一個bed文件的時候耻姥，就需要借用...
-
RNAvelocity系列教程2：使用 Seurat 和 scVelo 估計(jì) RNA 速率此教程展示了使用 scVelo 分析存儲在 Seurat 對象中的 RNA 速率值。如果您在工作中使用 scVelo有咨，請引用下文： Generalizing RNA velo...
-
MACS2 進(jìn)行peak calling整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析時用到的工具琐簇。本文只對使用的工具用法進(jìn)行簡單介紹。 MACS2 是一款常用的peak calling軟件座享，可以鑒定ChIP-...
-
CHIP-Seq處理流程
-
-
-
我試了0.05蘑秽，calling peak之后也只有兩個
ChIP-seq基礎(chǔ)入門
理解ChIP-Seq 到了目前這個水平，我學(xué)習(xí)新的高通量數(shù)據(jù)分析流程時已經(jīng)不再考慮代碼應(yīng)該如何寫的問題了箫攀。我更多要去考慮一個技術(shù)的目的和意義肠牲。 轉(zhuǎn)錄組主要研究的問題是基因在不...
-
一開始只用RYBP和IgG來test代碼，結(jié)果peak calling之后發(fā)現(xiàn)是0靴跛，原來作者也遇到了埂材，我都之前都不知道是哪兒出錯了??
ChIP-seq基礎(chǔ)入門
理解ChIP-Seq 到了目前這個水平，我學(xué)習(xí)新的高通量數(shù)據(jù)分析流程時已經(jīng)不再考慮代碼應(yīng)該如何寫的問題了汤求。我更多要去考慮一個技術(shù)的目的和意義。 轉(zhuǎn)錄組主要研究的問題是基因在不...
-
單細(xì)胞細(xì)胞比例分析方法列舉1.利用箱線圖比較兩類樣本的某個細(xì)胞比例差異 比較直觀严拒，但是缺點(diǎn)在于如果單細(xì)胞樣本個數(shù)過少且異質(zhì)性大扬绪，導(dǎo)致很難有統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著意義 2.R o/e 比值 好多文章都有用這個，我的...
