@abdkxk 因?yàn)槲覜]有構(gòu)建SpatialDimPlot的image對(duì)象勺疼，這部代碼比較多就沒放症杏，你可以手動(dòng)按照Seurat的格式構(gòu)建一下就好（主要是因?yàn)檫@個(gè)函數(shù)可視化不好看僻肖，我們一般都不用
將R環(huán)境下的Seurat RDS格式數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化成為到python環(huán)境下scanpy的anndata格式無論是單細(xì)胞老翘、空間組還是ATAC的數(shù)據(jù)掀亩，有時(shí)由于下游分析的需求或可視化的需求舔哪，同時(shí)由于python的運(yùn)算速度的優(yōu)勢(shì)，目前越來越多單細(xì)胞分析的工具開始在python環(huán)境下開發(fā)（...
一槽棍、數(shù)據(jù)框切片 去掉數(shù)據(jù)框具體某一列一階：切片捉蚤，不要那個(gè)就負(fù)號(hào)去除，例如df[,c(-1,-3,-5)]炼七。顯然如果數(shù)據(jù)框比較大缆巧，又是中間的項(xiàng)，就比較難數(shù)到具體數(shù)字豌拙。而且只有函...
40. 網(wǎng)絡(luò)圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用igraph包繪制網(wǎng)絡(luò)圖 使用ggraph包繪制網(wǎng)絡(luò)圖 使用networkD3包繪制動(dòng)態(tài)網(wǎng)絡(luò)圖
說在前面 我們?cè)谇懊嫱ㄟ^3篇推文介紹了張澤民老師的系列研究成果張澤民老師系列文章解讀(一)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5...
單細(xì)胞數(shù)據(jù)爆發(fā)陕悬，現(xiàn)在細(xì)胞數(shù)據(jù)隨便就是萬和百萬級(jí)別，除了有許多專門開發(fā)出來快速處理百萬級(jí)的工具包（例如Cumulus等）和down sample的思想外按傅，為了減輕個(gè)人PC內(nèi)存有...
本節(jié)概覽：1.獲取DEG結(jié)果的上下調(diào)差異基因2.bitr()函數(shù)轉(zhuǎn)化基因名為entrez ID3.利用clusterProfiler進(jìn)行KEGG與GO富集4.用enrichp...
bug千千萬，改完又忘唯绍，忘了又出…… 記錄在Seurat分析中各種各樣的花式bug們 1. FindVariableFeatures()報(bào)錯(cuò) 這個(gè)是RNA這個(gè)assays下面...
寫在前面IGV能夠?qū)⒒蚪M的變異情況可視化拼岳，因此廣泛應(yīng)用于基因組學(xué)的研究中。下面我以windows下的IGV為例推捐，介紹一下IGV在查看基因組變異方面的應(yīng)用裂问。 一.下載 下載鏈...
在之前的學(xué)習(xí)和練習(xí)里，比對(duì)這一步我使用過bowtie2（DNA比對(duì)）和hisat2（RNA-seq比對(duì)）牛柒，現(xiàn)在學(xué)習(xí)另一個(gè)很火的軟件：STAR堪簿。STAR能夠發(fā)現(xiàn)非典型拼接和嵌合...
3.1 參考基因組及其注釋 Genome Biology | 最細(xì)RNA-seq數(shù)據(jù)分析名詞[https://zhuanlan.zhihu.com/p/609523917] ...
之前我們寫過一個(gè)函數(shù)，主要是展示單細(xì)胞比例圖（nature級(jí)別圖表：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞比例統(tǒng)計(jì)可視化函數(shù)[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
bioconductor-DropletUtils使用教程：Utilities for handling droplet-based single-cell RNA-seq ...
單細(xì)胞系列教程目錄索引,持續(xù)更新...[http://www.reibang.com/p/98fc6c80c216] 為避免造成環(huán)境污染皮壁，建議使用conda創(chuàng)建隔離環(huán)境進(jìn)行...
測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)結(jié)果 BAM 文件用 samtools 進(jìn)行 sort 之后發(fā)現(xiàn)體積變小了...當(dāng)時(shí)懷疑是不是 sort 過程中有一部分 reads 被丟棄了椭更？于是統(tǒng)計(jì)了一下原始...
1）從網(wǎng)上下載模板 用endnote打開下載的ens格式文件然后將它保存為想要的名字 重啟word，從select another style選擇對(duì)應(yīng)格式即可 2）新建end...
二代蛾魄、三代測(cè)序被廣泛應(yīng)用虑瀑，組學(xué)數(shù)據(jù)爆發(fā)，經(jīng)常會(huì)遇到需要可視化比對(duì)效果的情況滴须，常用的可是化工具就是IGV, samtools, tablet等舌狗，但是在本地處理的時(shí)候，經(jīng)常會(huì)由于...
輸入文件有：物種基因組序列文件扔水、物種基因組注釋文件痛侍、轉(zhuǎn)錄本比對(duì)后的BAM文件；以斑胸草雀為例：-基因組注釋文件: GCF_003957565.2_bTaeGut1.4.pri...
作者：童蒙審稿：同塵編輯：amethyst 引言 生信分析離不開各種各樣的流程魔市。一個(gè)好的流程可以幫我們快速的完成各種各樣的分析主届。然而赵哲，如何讓我們的流程有更高的復(fù)用性，可移植性...
在調(diào)用R設(shè)備繪pdf圖時(shí)君丁，經(jīng)常會(huì)遇到輸出的第一頁是空白頁枫夺，使用onefile=FALSE可以解決該問題。 即： 參考：https://stackoverflow.com/qu...
參考：公眾號(hào) 果子學(xué)生信 https://mp.weixin.qq.com/s/rdFnq6jCMIjmrWI8A8fS5g[https://mp.weixin.qq.com...
