40. 網(wǎng)絡(luò)圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用igraph包繪制網(wǎng)絡(luò)圖 使用ggraph包繪制網(wǎng)絡(luò)圖 使用networkD3包繪制動(dòng)態(tài)網(wǎng)絡(luò)圖
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R語言可視化（四十）：網(wǎng)絡(luò)圖繪制 -
ROGUE：評(píng)估細(xì)胞亞群純度說在前面 我們?cè)谇懊嫱ㄟ^3篇推文介紹了張澤民老師的系列研究成果張澤民老師系列文章解讀(一)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5...
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大數(shù)據(jù)量單細(xì)胞數(shù)據(jù)處理方式
單細(xì)胞數(shù)據(jù)爆發(fā)止剖，現(xiàn)在細(xì)胞數(shù)據(jù)隨便就是萬和百萬級(jí)別箍土，除了有許多專門開發(fā)出來快速處理百萬級(jí)的工具包（例如Cumulus等）和down sample的思想外莹痢，為了減輕個(gè)人PC內(nèi)存有...
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RNA-seq入門實(shí)戰(zhàn)（六）：GO、KEGG富集分析與enrichplot超全可視化攻略本節(jié)概覽：1.獲取DEG結(jié)果的上下調(diào)差異基因2.bitr()函數(shù)轉(zhuǎn)化基因名為entrez ID3.利用clusterProfiler進(jìn)行KEGG與GO富集4.用enrichp...
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Seurat 報(bào)錯(cuò)記錄
bug千千萬麻汰，改完又忘，忘了又出…… 記錄在Seurat分析中各種各樣的花式bug們 1. FindVariableFeatures()報(bào)錯(cuò) 這個(gè)是RNA這個(gè)assays下面...
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【基因組學(xué)】使用IGV可視化查看基因組重測(cè)序比對(duì)結(jié)果寫在前面IGV能夠?qū)⒒蚪M的變異情況可視化，因此廣泛應(yīng)用于基因組學(xué)的研究中彼哼。下面我以windows下的IGV為例，介紹一下IGV在查看基因組變異方面的應(yīng)用湘今。 一.下載 下載鏈...
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比對(duì)軟件STAR的使用
在之前的學(xué)習(xí)和練習(xí)里敢朱，比對(duì)這一步我使用過bowtie2（DNA比對(duì)）和hisat2（RNA-seq比對(duì)），現(xiàn)在學(xué)習(xí)另一個(gè)很火的軟件：STAR摩瞎。STAR能夠發(fā)現(xiàn)非典型拼接和嵌合...
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03 從reads到表達(dá)矩陣3.1 參考基因組及其注釋 Genome Biology | 最細(xì)RNA-seq數(shù)據(jù)分析名詞[https://zhuanlan.zhihu.com/p/609523917] ...
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nature級(jí)別圖表：一個(gè)注釋氣泡熱圖函數(shù)（適用于單細(xì)胞及普通數(shù)據(jù)）之前我們寫過一個(gè)函數(shù)拴签，主要是展示單細(xì)胞比例圖（nature級(jí)別圖表：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞比例統(tǒng)計(jì)可視化函數(shù)[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg...
