傳統(tǒng)轉(zhuǎn)錄組的分析想必大家已經(jīng)非常熟悉柄延，無非是質(zhì)控 -> 比對(duì) -> 組裝 ->定量 -> 差異分析 -> 差異表達(dá)基因功能富集分析這個(gè)套路昌跌。目前公司用的流程主要也有兩個(gè)門派去件，...
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【轉(zhuǎn)錄組學(xué)】如何進(jìn)行一步到位的fastq到差異分析，kallisto拯救你(一) -
表觀組學(xué)：call peak概念和MACS2算法原理鹃锈，最簡(jiǎn)明清晰的call peak一文通在諸如：ChIP-seq比勉、ATAC-seq清钥、MeRIP-seq(m6A)蚯根、Cut&Tag中我們常常聽到一個(gè)詞Call Peak后众。Call Peak究竟是什么東西，得到的結(jié)果又...
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生信實(shí)用工具：快速的多線程分割bam文件工具
前言 如果對(duì)較大的bam文件進(jìn)行操作時(shí)，往往相當(dāng)耗時(shí)蒂誉，所以將一個(gè)很大的bam文件分割為幾個(gè)較小的bam文件教藻，在并行進(jìn)行分析可以大大縮短所需要的時(shí)間。通常來說分割的方法是用ba...
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文獻(xiàn)分享：從原始數(shù)據(jù)開始一步一步分析ATAC-seq
最近在編寫全新的ATAC-seq流程拗盒，看到一個(gè)非常好的文獻(xiàn)《From reads to insight: a hitchhiker’s guide to ATAC-seq d...
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生信筆記01：Locus tag轉(zhuǎn)換為Entrez Gene ID
最近在做KEGG富集時(shí)遇到一個(gè)問題：phytozome上的數(shù)據(jù)采用的注釋為L(zhǎng)ocus tag怖竭，但是kobas3.0并不支持這一類型，如此需要進(jìn)行轉(zhuǎn)換陡蝇。如果是常見的模式物種還好...
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非常實(shí)用痊臭，謝謝大佬分享。
【生信實(shí)用工具】通過GTF進(jìn)行Ensembl gene ID登夫、transcript ID和symbol等互換
在生信分析中常常需要對(duì)各類ID進(jìn)行轉(zhuǎn)換广匙，常見的比如Ensembl的 gene_id "ENSG00000187634" ， transcript_id "ENST000003...
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【生信實(shí)用工具】通過GTF進(jìn)行Ensembl gene ID恼策、transcript ID和symbol等互換
在生信分析中常常需要對(duì)各類ID進(jìn)行轉(zhuǎn)換鸦致，常見的比如Ensembl的 gene_id "ENSG00000187634" ， transcript_id "ENST000003...
