傳統(tǒng)轉錄組的分析想必大家已經非常熟悉朗儒，無非是質控 -> 比對 -> 組裝 ->定量 -> 差異分析 -> 差異表達基因功能富集分析這個套路拾稳。目前公司用的流程主要也有兩個門派吮炕，...
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【轉錄組學】如何進行一步到位的fastq到差異分析，kallisto拯救你(一) -
表觀組學：call peak概念和MACS2算法原理，最簡明清晰的call peak一文通在諸如：ChIP-seq访得、ATAC-seq龙亲、MeRIP-seq(m6A)、Cut&Tag中我們常常聽到一個詞Call Peak悍抑。Call Peak究竟是什么東西鳄炉，得到的結果又...
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生信實用工具：快速的多線程分割bam文件工具
前言 如果對較大的bam文件進行操作時，往往相當耗時搜骡，所以將一個很大的bam文件分割為幾個較小的bam文件迎膜，在并行進行分析可以大大縮短所需要的時間。通常來說分割的方法是用ba...
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文獻分享：從原始數(shù)據(jù)開始一步一步分析ATAC-seq
最近在編寫全新的ATAC-seq流程浆兰，看到一個非常好的文獻《From reads to insight: a hitchhiker’s guide to ATAC-seq d...
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生信筆記01：Locus tag轉換為Entrez Gene ID
最近在做KEGG富集時遇到一個問題：phytozome上的數(shù)據(jù)采用的注釋為Locus tag，但是kobas3.0并不支持這一類型珊豹，如此需要進行轉換簸呈。如果是常見的模式物種還好...
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非常實用，謝謝大佬分享店茶。
【生信實用工具】通過GTF進行Ensembl gene ID蜕便、transcript ID和symbol等互換
在生信分析中常常需要對各類ID進行轉換，常見的比如Ensembl的 gene_id "ENSG00000187634" 贩幻， transcript_id "ENST000003...
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【生信實用工具】通過GTF進行Ensembl gene ID轿腺、transcript ID和symbol等互換
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