生信新手一枚 文章大部分是學(xué)習(xí)生信技能樹的筆記 也會(huì)不斷記錄自己學(xué)習(xí)路上的收獲和問題~~
發(fā)簡信
IP屬地：香港
-
-
無生物學(xué)重復(fù)的差異分析—Gfold一缨恒、安裝gfold Gfold軟件是做沒有生物學(xué)重復(fù)樣本首選的軟件https://zhanglab.#edu.cn/softwares/GFOLD/index.h...
-
中農(nóng)在讀博士，歡迎關(guān)注個(gè)人公號(hào)【BioparaMeta】一起學(xué)習(xí)、交流
-
沒有生物學(xué)重復(fù)的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)怎么進(jìn)行差異分析蜓耻？設(shè)置生物學(xué)重復(fù)這個(gè)環(huán)節(jié)也是你實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)很重要的一part，設(shè)置的好對你下游分析也有利械巡，通常我們做轉(zhuǎn)錄組測序刹淌，需要的樣本量每組至少為3個(gè)生物學(xué)重復(fù)，這個(gè)處理起來就很合理坟比，并且現(xiàn)在...
-
FPKM數(shù)據(jù)下游分析
前面分享了FPKM數(shù)據(jù)該怎么分析芦鳍？后來看了一下別人分享的例子，應(yīng)該把FPKM轉(zhuǎn)換為TPM后再進(jìn)行分析葛账。為什么說FPKM和RPKM都錯(cuò)了柠衅？簡單小需求：如何將FPKM轉(zhuǎn)換成TPM...
-
-
終止釋放-20210320 - Free菲宴！公益釋放 | 任何人都能分析 RNAseq 原始數(shù)據(jù)了贷祈，只要你用 TBtools ！寫在前面 六年前喝峦，我著實(shí)開發(fā) TBtools 的主要目的之一势誊，即“減輕科研人員數(shù)據(jù)分析負(fù)擔(dān)”，而后慢慢變化成現(xiàn)在的“降低甚至拆除部分生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析門檻”谣蠢∷诔埽基于這三五年的觀...
-
-
R語言獲取數(shù)據(jù)3：導(dǎo)入Excel文件
工作中做數(shù)據(jù)分析的時(shí)候挤忙，偶爾會(huì)需要將一些 Excel 文件導(dǎo)入到R中使用，每次都轉(zhuǎn)換成 csv 文件也不現(xiàn)實(shí)谈喳，而且不管是保存成 csv 還是 txt 文件册烈，都只能保存當(dāng)前活動(dòng)...
-
-
生信分析學(xué)習(xí)筆記 - RNAseq （三） FastQC評估聲明：本文部分內(nèi)容和部分圖片來源于網(wǎng)絡(luò)赏僧。本文為生信小白學(xué)習(xí)筆記，不能保證專業(yè)名詞和內(nèi)容全部正確或權(quán)威扭倾。 下圖為某一條RNAseq從數(shù)據(jù)預(yù)處理淀零，序列回帖到數(shù)據(jù)可視化...
-
科研小白窑滞，努力搞科研琼牧，發(fā)文章中恢筝。這個(gè)平臺(tái)算是我的學(xué)習(xí)筆記吧！
-
RNASEQ（二）: PCA主成分分析對RNAsq的read count數(shù)據(jù)進(jìn)行PCA分析 目的：PCA分析可以得到樣本之間的相關(guān)性和離散程度巨坊。 內(nèi)容：1 . 基因表達(dá)量數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化撬槽，用tpm和fpkm兩種方法...
-
零代碼學(xué)生信第九天-差異分析的可視化有哪些？前面學(xué)習(xí)怎么做差異分析趾撵，差異分析的R包是需要根據(jù)數(shù)據(jù)進(jìn)行選擇的侄柔，前面我們提到了芯片數(shù)據(jù)一般用limma包做差異，高通量的二代測序如果是count數(shù)據(jù)（全是整數(shù)）占调，可以選擇使用...
-
基因編輯改造的NK-92細(xì)胞功能變得如此強(qiáng)大暂题！自然殺傷（NK）細(xì)胞由獨(dú)特的先天淋巴樣細(xì)胞群組成，具有多種細(xì)胞毒性機(jī)制和通過細(xì)胞因子調(diào)節(jié)免疫反應(yīng)的能力究珊，在抗癌免疫中扮演著關(guān)鍵角色[1]薪者。在過去的五十年中，NK細(xì)胞的重要性和...
-
-
完整轉(zhuǎn)錄組RNAseq分析流程（tophat2+cufflink+cuffdiff）前一段時(shí)間跟著孟浩巍大神的視頻學(xué)習(xí)攻人，在自己的小破筆記本上還是跑完了整個(gè)RNAseq差異表達(dá)的分析流程（ tophat2 + cufflink + cuffdiff ）雖然這個(gè)...
-
濕實(shí)驗(yàn)傷手怀吻，干實(shí)驗(yàn)傷腦，干濕結(jié)合可能會(huì)更好初婆。
-
RNAseq數(shù)據(jù)蓬坡，下載GEO中的FPKM文件后該怎么下游分析這個(gè)推文已經(jīng)發(fā)布在生信技能樹公眾號(hào)： RNAseq數(shù)據(jù)，下載GEO中的FPKM文件后該怎么下游分析 文獻(xiàn)標(biāo)題是:Oncogenic lncRNA downregulates ...
-
如何構(gòu)建表達(dá)矩陣——RNAseq中游分析
中游分析這個(gè)詞是我杜撰的磅叛，用來強(qiáng)調(diào)表達(dá)矩陣構(gòu)建過程并不簡單渣窜。 0 前言 前幾天Jimmy老師發(fā)了一篇 我用這個(gè)技能一杯咖啡的功夫就掙了800塊錢，講了他幫一個(gè)粉絲從公共數(shù)據(jù)庫...
