一谭羔、安裝gfold Gfold軟件是做沒有生物學重復樣本首選的軟件https://zhanglab.#edu.cn/softwares/GFOLD/index.h...
設置生物學重復這個環(huán)節(jié)也是你實驗設計很重要的一part畏铆,設置的好對你下游分析也有利雷袋,通常我們做轉(zhuǎn)錄組測序,需要的樣本量每組至少為3個生物學重復辞居,這個處理起來就很合理楷怒,并且現(xiàn)在...
前面分享了FPKM數(shù)據(jù)該怎么分析?后來看了一下別人分享的例子瓦灶,應該把FPKM轉(zhuǎn)換為TPM后再進行分析鸠删。為什么說FPKM和RPKM都錯了?簡單小需求:如何將FPKM轉(zhuǎn)換成TPM...
寫在前面 六年前禁添,我著實開發(fā) TBtools 的主要目的之一,即“減輕科研人員數(shù)據(jù)分析負擔”桨踪,而后慢慢變化成現(xiàn)在的“降低甚至拆除部分生物信息學數(shù)據(jù)分析門檻”老翘。基于這三五年的觀...
工作中做數(shù)據(jù)分析的時候叁征,偶爾會需要將一些 Excel 文件導入到R中使用纳账,每次都轉(zhuǎn)換成 csv 文件也不現(xiàn)實,而且不管是保存成 csv 還是 txt 文件捺疼,都只能保存當前活動...
聲明:本文部分內(nèi)容和部分圖片來源于網(wǎng)絡啤呼。本文為生信小白學習筆記卧秘,不能保證專業(yè)名詞和內(nèi)容全部正確或權威。 下圖為某一條RNAseq從數(shù)據(jù)預處理官扣,序列回帖到數(shù)據(jù)可視化...
對RNAsq的read count數(shù)據(jù)進行PCA分析 目的:PCA分析可以得到樣本之間的相關性和離散程度遭顶。 內(nèi)容:1 . 基因表達量數(shù)據(jù)進行標準化,用tpm和fpkm兩種方法...
前面學習怎么做差異分析棒旗,差異分析的R包是需要根據(jù)數(shù)據(jù)進行選擇的,前面我們提到了芯片數(shù)據(jù)一般用limma包做差異撩荣,高通量的二代測序如果是count數(shù)據(jù)(全是整數(shù))铣揉,可以選擇使用...
自然殺傷(NK)細胞由獨特的先天淋巴樣細胞群組成餐曹,具有多種細胞毒性機制和通過細胞因子調(diào)節(jié)免疫反應的能力老速,在抗癌免疫中扮演著關鍵角色[1]。在過去的五十年中凸主,NK細胞的重要性和...
前一段時間跟著孟浩巍大神的視頻學習,在自己的小破筆記本上還是跑完了整個RNAseq差異表達的分析流程( tophat2 + cufflink + cuffdiff )雖然這個...
這個推文已經(jīng)發(fā)布在生信技能樹公眾號: RNAseq數(shù)據(jù)磺樱,下載GEO中的FPKM文件后該怎么下游分析 文獻標題是:Oncogenic lncRNA downregulates ...
中游分析這個詞是我杜撰的纳猫,用來強調(diào)表達矩陣構(gòu)建過程并不簡單。 0 前言 前幾天Jimmy老師發(fā)了一篇 我用這個技能一杯咖啡的功夫就掙了800塊錢竹捉,講了他幫一個粉絲從公共數(shù)據(jù)庫...