富集分析是一種大家常用分析方法；msigdb數(shù)據(jù)庫(kù)中有定義好的基因集，但其中絕大多數(shù)數(shù)據(jù)都是人類(lèi)的像鸡；老鼠和其它物種的基因集有的粱哼，但是比較少，無(wú)法滿(mǎn)足大眾的需求赫粥。msigdbr...
IP屬地：四川
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msigdbr 包提供多個(gè)物種的MSigDB數(shù)據(jù)
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問(wèn)題 在安裝包時(shí)warning顯示該包基于R 4.3.2建立谎亩，warning太多看著煩于是想要進(jìn)行更新看網(wǎng)上教程可用installr包的updateR函數(shù) 直接打開(kāi)R（不是R...
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生物信息學(xué)學(xué)習(xí)中
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ComplexHeatmap復(fù)雜熱圖繪制學(xué)習(xí)——2.單個(gè)熱圖（二）2.7 熱圖分割 ComplexHeatmap包的一個(gè)主要優(yōu)點(diǎn)是它支持按行和列拆分熱圖尝哆，以便更好地對(duì)按照數(shù)據(jù)特征進(jìn)行分組，便于突出顯示各組的信息甜攀。 控制拆分的參數(shù)有：row_...
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性豁達(dá)规阀，擅言談恒序，闊家子也
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WGCNA分析，簡(jiǎn)單全面的最新教程本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程谁撼，參考了最新的文檔歧胁。第一全的還在路上，會(huì)出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號(hào)組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析實(shí)戰(zhàn)班上厉碟，歡迎點(diǎn)擊鏈接了解更多喊巍。 WGC...
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GDSC數(shù)據(jù)庫(kù)使用（分析基因表達(dá)量與藥物敏感性影響）
數(shù)據(jù)下載：不要下載raw data細(xì)胞系注釋文件： Cell-line-annotation[ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/project/cance...
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這個(gè)世界流行離開(kāi)袄秩，但我們卻不擅長(zhǎng)告別
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CCLE：求任意基因的相關(guān)性進(jìn)行腫瘤的研究阵翎，求兩個(gè)或多個(gè)基因的相關(guān)性，可以用GEPIA2或者直接下載數(shù)據(jù)用R語(yǔ)言處理之剧，如果能再加上細(xì)胞系的相關(guān)性就能完美了郭卫。下面就分享下，手動(dòng)下載CCLE測(cè)序數(shù)據(jù)背稼，求任意...
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單細(xì)胞分析入門(mén)——一套經(jīng)典的Seurat分析流程前幾天看到周運(yùn)來(lái)老師的一句話贰军，放在這兒，與諸君共勉： 看到才能想到蟹肘，想到才能做到词疼，做到才能得到，得到才能失去帘腹，只有失去了才知道適不適合自己 好了贰盗，切入正題，今天想給大家分享的...
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公眾號(hào)：TOP生物信息<br>B站：TOP菌<br>WeChat：TOPJUN996<br><br>top2讀研陋率，學(xué)習(xí)方向：癌癥基因組、腫瘤免疫秽晚、單細(xì)胞組學(xué)
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學(xué)習(xí)一篇NC的單細(xì)胞文章（三）：復(fù)雜熱圖我們這次直接拿GSE118390上已經(jīng)normalized 的數(shù)據(jù)進(jìn)行下游分析瓦糟。首先我們先看看文獻(xiàn)的這張復(fù)雜熱圖，哈哈赴蝇，這張熱圖畫(huà)得真是好看菩浙。左邊是不同的markers基因?qū)?..
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學(xué)習(xí)一篇NC的單細(xì)胞文章（一）：質(zhì)控很開(kāi)心能在2020年加入“單細(xì)胞天地”這個(gè)團(tuán)隊(duì)，作為單細(xì)胞新手句伶，我希望未來(lái)能學(xué)會(huì)更多的單細(xì)胞測(cè)序知識(shí)劲蜻，寫(xiě)更多的筆記，擼起袖子干唄熄阻！最近看到了2018年NC的一篇乳腺癌單細(xì)胞文...
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用GDSC數(shù)據(jù)庫(kù)的結(jié)腸癌細(xì)胞系數(shù)據(jù)來(lái)計(jì)算基因與IC50的相關(guān)性目的是重復(fù)上圖斋竞。 背景知識(shí) 氟尿嘧啶：5-氟尿嘧啶在體內(nèi)轉(zhuǎn)化成氟脫氧尿嘧啶（ FdUMP ）是dUMP的類(lèi)似物倔约，與胸苷酸合酶發(fā)生不可逆的結(jié)合秃殉，抑制其活性。另外5-FU還可以轉(zhuǎn)...
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復(fù)旦師兄，wx公眾號(hào)【生信師兄】
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基因芯片與基因測(cè)序的差異？1.檢測(cè)原理 基因芯片的測(cè)序原理是雜交測(cè)序方法蝇更，即通過(guò)與一組已知序列的核酸探針雜交進(jìn)行核酸序列測(cè)定的方法沪编。由于探針序列是根據(jù)目標(biāo)序列進(jìn)行設(shè)計(jì)，是確定的年扩，因此蚁廓，芯片是個(gè)相對(duì)封閉...
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TCGA 拷貝數(shù)變異（CNV）數(shù)據(jù)整理（一）
zhuang_gj 3月-09-2021 從TCGA下載Masked Copy Number Segment 數(shù)據(jù)-----解壓后進(jìn)行處理 marker file數(shù)據(jù)下載和處...
