這里是佳奧<br><br>有疑問(wèn)歡迎email或yuque平臺(tái)<br><br>專注多組學(xué)挖掘基因，以及非模式植物的下游注釋以及可視化工作
IP屬地：湖南
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lncRNA,miRNA,mRNA互作通過(guò)lncRNA獲得結(jié)合的miRNA（3個(gè)miRNA預(yù)測(cè)數(shù)據(jù)庫(kù)中都存在），再獲得miRNA作用的靶基因mRNA妆档，靶基因mRNA與任一腫瘤差異mRNA取交集，交集mRNA與其相...
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跟著NC學(xué)作圖 | 差異比較小提琴+柱狀組合圖關(guān)于小提琴圖和柱狀圖的繪制教程很多，在我們前面的教程中也推送過(guò)敦捧，大家感興趣的可以去看一下须板。今天，我們繼續(xù)小提琴+柱狀圖的組合圖兢卵，且繪制出差異標(biāo)識(shí)习瑰。 繪圖 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 數(shù)據(jù)根據(jù)自...
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一文帶你讀懂單細(xì)胞測(cè)序本文首發(fā)于“生信大碗”公眾號(hào)，轉(zhuǎn)載請(qǐng)注明出處 單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)自2009年湯富酬老師發(fā)表單細(xì)胞文獻(xiàn)后被廣泛了解济蝉，2013年被Nature Methods評(píng)為年度技術(shù)杰刽，至此越來(lái)越...
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Meta分析怎么做？手把手教你7步學(xué)會(huì)Meta分析滓鸠！Meta分析一對(duì)一指導(dǎo)雁乡，符合學(xué)術(shù)規(guī)范，結(jié)課直接投稿糜俗，+tjzgBL喲踱稍！ 醫(yī)學(xué)不做實(shí)驗(yàn)也能輕輕松松發(fā)SCI ，是不是覺(jué)得很神奇悠抹！學(xué)姐今天就把“秘訣”傳授給大家珠月！想必很多科研小白...
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專注于醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)啤挎、臨床研究等優(yōu)質(zhì)科研課程的輸出及一對(duì)一培訓(xùn)。免費(fèi)加入統(tǒng)計(jì)之光VIP卵凑，每年預(yù)計(jì)免費(fèi)學(xué)習(xí)60+精品筑基科研課程庆聘！
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森林圖可視化Cox回歸的結(jié)果今天畫(huà)森林圖我之前明明學(xué)會(huì)了來(lái)著胜臊，但是一年沒(méi)用現(xiàn)在又忘記了，人老了伙判，唉象对！還是寫(xiě)個(gè)筆記好。這里以一篇文獻(xiàn)里面的森林圖為例(PMID: 34285580）宴抚。 1. 首先準(zhǔn)備以上文...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘（四）使用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行PPI分析首先準(zhǔn)備好前面分析的差異基因勒魔，進(jìn)入STRING數(shù)據(jù)庫(kù)分析頁(yè)面：https://cn.string-db.org/[https://cn.string-db.org/] 第一步...
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生信小白一枚冠绢，我不是牛人，我只是一頭開(kāi)荒牛羊娃，希望大家能在我的學(xué)習(xí)基礎(chǔ)上更進(jìn)一步唐全，共同提高！
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maftools包分析突變數(shù)據(jù)蕊玷，繪制瀑布圖前面給大家介紹了MAF文件格式 ? MAF格式（mutation annotation format）[https://link.zhihu.com/?target=http...
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R語(yǔ)言~高級(jí)PCA分析主成分分析邮利，不只需要找到幾個(gè)虛擬但不知具體為何物的主成分因子，還需要知道我們提供的變量在各個(gè)主成分因子上的載荷（有正有負(fù)）和貢獻(xiàn)度垃帅，以及具體保留多少個(gè)主成分因子才能既盡量保留...
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生信常用分析圖形繪制02 -- 解鎖火山圖真諦延届！有了R語(yǔ)言的基礎(chǔ)，以及ggplot2繪圖基礎(chǔ)贸诚，我們的生信常用分析圖形的繪制就可以提上日程了方庭！本系列，師兄就開(kāi)始帶著大家一起學(xué)習(xí)如何用R語(yǔ)言繪制我們自己的各種分析圖吧酱固！ 由于本...
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R可視化——Mantel test分析及可視化????此前我們已經(jīng)講過(guò)了如何使用R語(yǔ)言計(jì)算兩列數(shù)據(jù)相關(guān)性的分析方法械念，今天，我們來(lái)看一種檢驗(yàn)兩個(gè)矩陣相關(guān)關(guān)系的方法——Mantel test方法运悲，這種分析方法可用在植物微生物...
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RNA-seq： 用perl進(jìn)行基因ID轉(zhuǎn)換RNAseq上游分析得到的矩陣通常是如下的基因id龄减，這對(duì)于我們找差異基因不夠直觀，所以做差異分析之前一般會(huì)進(jìn)行一個(gè)基因id轉(zhuǎn)換班眯。 輸入文件 即轉(zhuǎn)換為這種格式希停，方法如下。 輸出...
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2022新版TCGA數(shù)據(jù)下載與整理2022年4月份TCGA進(jìn)行了更新署隘，測(cè)序數(shù)據(jù)變成了STAR-count文件宠能。以往count文件是htseq.counts.gz格式，現(xiàn)在變成star_gene_counts....
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R-論文三線表快速實(shí)現(xiàn)-update經(jīng)常在報(bào)道基線資料時(shí)候磁餐，會(huì)設(shè)計(jì)表格违崇，需要摘錄統(tǒng)計(jì)結(jié)果，非常麻煩的調(diào)整表格。今天本文章利用compareGroups就解決這樣的問(wèn)題亦歉。 今天就來(lái)介紹一個(gè)簡(jiǎn)單有效的數(shù)據(jù)整理成表格...
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一網(wǎng)打盡GEO數(shù)據(jù)集全目錄信息1 GEO菜單初覽 1.1 GDS目錄 1.2 GPL目錄 1.3 GSE目錄 1.4 GSM目錄 2 使用R包rvest下載GEO菜單 2.1 以GPL數(shù)據(jù)的一個(gè)頁(yè)面為例 ...
