scVelo于2020年發(fā)表在Nature Biotechnology[https://www.nature.com/articles/s41587-020-0591-3]崇呵，...
IP屬地：北京
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使用scVelo進(jìn)行RNA velocity分析-01 -
這個(gè)世界流行離開，但我們卻不擅長告別
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）RNA速率分析之scVelo今天我們測試一下軟件scVelo觅廓，這個(gè)軟件應(yīng)該很多人都用過了漓柑，但是玩的好的人竟宋，應(yīng)該沒幾個(gè)膳帕。 加載 讀取數(shù)據(jù)（loom, h5ad, csv）, 我的數(shù)據(jù)是根據(jù)velocyto...
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R語言批量爬取NCBI基因注釋數(shù)據(jù)網(wǎng)絡(luò)爬蟲（web crawler）危彩，也叫網(wǎng)絡(luò)蜘蛛（spider），是一種用來自動(dòng)瀏覽萬維網(wǎng)的網(wǎng)絡(luò)機(jī)器人泳桦。其目的一般為編纂網(wǎng)絡(luò)索引汤徽。各大搜索引擎都可以被看做爬蟲，根據(jù)爬取的內(nèi)容...
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R-loop數(shù)據(jù)分析之R-ChIP(樣本間BAM比較和可視化)樣本間相關(guān)性評估 上一步得到各個(gè)樣本的BAM文件之后浮毯，就可以在全基因組范圍上看看這幾個(gè)樣本之間是否有差異完疫。也就是先將基因組分成N個(gè)區(qū)間，然后用統(tǒng)計(jì)每個(gè)區(qū)間上比對上的read數(shù)...
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ggplot2畫圖：legend整理(title/position/order...)修改一組legend债蓝，導(dǎo)入iris數(shù)據(jù)集壳鹤，默認(rèn)畫圖： 修改legend的題目 (title) 修改legend的位置 (position) 修改位置有兩種方式，一種是直接給出...
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這種標(biāo)題除了營造一種焦慮感，并無甚用赠制！
篩個(gè)差異基因?yàn)槭裁淳?分了赂摆？
今天跟大家分享的是2019年3月發(fā)表在J.Crohns.Colitis （IF：7.827）雜志上的一篇文章High-Throughput Identification of...
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matplotlib可視化之如何給圖形添加數(shù)據(jù)標(biāo)簽？當(dāng)我們獲取完數(shù)據(jù)之后钟些，一般來說數(shù)據(jù)可視化呈現(xiàn)的最基礎(chǔ)圖形就是：柱狀圖库正、水平條形圖、折線圖等等厘唾，在python的matplotlib庫中分別可用bar褥符、barh、plot函數(shù)來...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial同系列文章： sc-RAN-seq 數(shù)據(jù)分析||Seurat新版教程:Guided Clustering Tutorial[http://www.reibang.com/p...
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你到底想要什么樣的umap/tsne圖叽讳？隨著生物學(xué)背景知識(shí)的增加，單細(xì)胞圖譜的可視化直接用10X的Loup或者seurat的Dimplot函數(shù)直接繪制的umap/tsne圖往往很難達(dá)到要求了坟募，這就要求我們提高繪圖技...
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Ubuntu完全教程岛蚤，讓你成為Ubuntu高手！
Ubuntu的發(fā)音 Ubuntu懈糯，源于非洲祖魯人和科薩人的語言涤妒，發(fā)作 oo-boon-too 的音。了解發(fā)音是有意義的赚哗，您不是第一個(gè)為此困惑的人她紫，當(dāng)然，也不會(huì)是最后一個(gè)：）大...
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2019-08-06用ggplot2繪制兩側(cè)柱狀圖1屿储、首先構(gòu)建一個(gè)虛擬的數(shù)據(jù) 2贿讹、繪制基本圖形 3、不好看??够掠，調(diào)整一下坐標(biāo)軸 4围详、好多了，再改改排列順序 5祖屏、還差點(diǎn)什么助赞，對了，把數(shù)字標(biāo)注到柱子上 6袁勺、最后用ggtheme美顏...
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單細(xì)胞測序?qū)崙?zhàn)（第一部分）這次要練習(xí)的文章數(shù)據(jù)出自：Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated...
