發(fā)簡信
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葉綠體注釋工具CPGAVAS2今天分享一篇葉綠體注釋工具CPGAVAS2的教程龙屉，該教程來自公眾號(hào)“生信藥丸”，原文教程鏈接：零基礎(chǔ)教程 | CPGAVAS2 快速固该，準(zhǔn)確的葉綠體注釋工具（附保姆級(jí)教程）[h...
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Mafft--用于多序列比對(duì)最近由于要做phylogenetic tree.所以涉及到了N多軟件，包括很多步驟都要重新熟悉。理論上廉白，你有了reads,其實(shí)直接用mega就可以滿足你的需求个初，但是有時(shí)候上帝...
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用MEGA軟件構(gòu)建NJ樹（Neighbor-Joining）MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)— 分子演化遺傳分析 MEGA是一款操作簡單的系統(tǒng)發(fā)育分析軟件。 NJ法構(gòu)建的樹...
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測(cè)序數(shù)據(jù)基本信息統(tǒng)計(jì) | reads,coverage,depth
00 寫在前面 測(cè)序后公司交付數(shù)據(jù)時(shí)，一般會(huì)提供質(zhì)控后的clean data和后續(xù)的基礎(chǔ)分析結(jié)果型雳。因?yàn)榭赡苄枰约簛磉M(jìn)行數(shù)據(jù)的預(yù)處理当凡，記得一定要拿回raw data，同時(shí)弄清...
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生信小工具專題：BBTools/BBMap Suite 的使用 (1)
不會(huì)編程的小白通常會(huì)煩惱怎樣去處理一些簡單的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)纠俭，不要緊其實(shí)日常我們用到百分之80以上的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析沿量，都已經(jīng)有人幫我們將輪子造好了，只要我們學(xué)會(huì)怎樣利用好這些工具冤荆，很多事...
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MEGA 構(gòu)建進(jìn)化樹步驟
【轉(zhuǎn)載】 分子進(jìn)化的研究對(duì)象是核酸和蛋白質(zhì)序列朴则。研究某個(gè)基因的進(jìn)化，是用它的DNA序列钓简，還是翻譯后的蛋白質(zhì)序列呢乌妒？序列的選取要遵循以下原則：1）如果DNA序列的兩兩間的一致度...
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R語言讀入比對(duì)好的fasta文件然后做NJ樹并做boostrap檢驗(yàn)今天的推文內(nèi)容主要參考 https://www.rpubs.com/michelleprem/683962[https://www.rpubs.com/michellepre...
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跟著Nature Genetics學(xué)數(shù)據(jù)分析~SNP數(shù)據(jù)計(jì)算距離矩陣然后構(gòu)建NJ樹最近在看論文 Phased diploid genome assemblies and pan-genomes provide insights into the genet...
