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葉綠體注釋工具CPGAVAS2今天分享一篇葉綠體注釋工具CPGAVAS2的教程抢野，該教程來自公眾號“生信藥丸”团赁，原文教程鏈接：零基礎(chǔ)教程 | CPGAVAS2 快速届慈，準(zhǔn)確的葉綠體注釋工具（附保姆級教程）[h...
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Mafft--用于多序列比對最近由于要做phylogenetic tree.所以涉及到了N多軟件逛钻，包括很多步驟都要重新熟悉。理論上锰提，你有了reads,其實直接用mega就可以滿足你的需求曙痘，但是有時候上帝...
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用MEGA軟件構(gòu)建NJ樹（Neighbor-Joining）MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)— 分子演化遺傳分析 MEGA是一款操作簡單的系統(tǒng)發(fā)育分析軟件。 NJ法構(gòu)建的樹...
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測序數(shù)據(jù)基本信息統(tǒng)計 | reads,coverage,depth
00 寫在前面 測序后公司交付數(shù)據(jù)時裙盾，一般會提供質(zhì)控后的clean data和后續(xù)的基礎(chǔ)分析結(jié)果鸠姨。因為可能需要自己來進(jìn)行數(shù)據(jù)的預(yù)處理，記得一定要拿回raw data撞秋，同時弄清...
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生信小工具專題：BBTools/BBMap Suite 的使用 (1)
不會編程的小白通常會煩惱怎樣去處理一些簡單的數(shù)據(jù)統(tǒng)計为障，不要緊其實日常我們用到百分之80以上的數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析晦闰，都已經(jīng)有人幫我們將輪子造好了放祟，只要我們學(xué)會怎樣利用好這些工具，很多事...
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MEGA 構(gòu)建進(jìn)化樹步驟
【轉(zhuǎn)載】 分子進(jìn)化的研究對象是核酸和蛋白質(zhì)序列呻右。研究某個基因的進(jìn)化跪妥，是用它的DNA序列，還是翻譯后的蛋白質(zhì)序列呢声滥？序列的選取要遵循以下原則：1）如果DNA序列的兩兩間的一致度...
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R語言讀入比對好的fasta文件然后做NJ樹并做boostrap檢驗今天的推文內(nèi)容主要參考 https://www.rpubs.com/michelleprem/683962[https://www.rpubs.com/michellepre...
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跟著Nature Genetics學(xué)數(shù)據(jù)分析~SNP數(shù)據(jù)計算距離矩陣然后構(gòu)建NJ樹最近在看論文 Phased diploid genome assemblies and pan-genomes provide insights into the genet...
