單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序--閑言碎語 時代發(fā)展的步伐總是毫不留情的將你甩在身后坯苹，連車尾燈都看不見。當(dāng)你還在沉迷于普通轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘時龄广，已經(jīng)有人悄悄的搞上單細(xì)胞了。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序蕴侧，顧...
發(fā)簡信
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序分析--初探Seurat -
淺淺的學(xué)習(xí)歷程<br>生信新手净宵，打工人敲才，搬運(yùn)工。<br>像王子文一樣財務(wù)自由择葡，才可實現(xiàn)生育自由<br>像李子柒一樣把一件事情做到極致紧武，才可實現(xiàn)職業(yè)自由
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2019 年度總結(jié)
2019 年過去了阻星，我把自己的 GitHub 倉庫清理了一遍，總結(jié)過去一年自己的收獲和思考已添。 參與發(fā)表的文獻(xiàn) 2019 年我參與發(fā)表了 5 篇科學(xué)文獻(xiàn)妥箕，其中 4 篇 SCI，...
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R語言基礎(chǔ)快速入門入門目錄： 一更舞、對象(class) 1畦幢、向量(vector) 2、矩陣(matrix) 3缆蝉、數(shù)據(jù)框(data.frame) 4宇葱、列表(list) 5瘦真、因子(factor) 二...
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2019-10-22 R語言Seurat包下游分析-1下游分析 cellranger count 計算的結(jié)果只能作為錯略觀測的結(jié)果，如果需要進(jìn)一步分析聚類細(xì)胞黍瞧，還需要進(jìn)行下游分析吗氏，這里使用官方推薦 R 包（Seurat 3.0）...
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為什么學(xué)R語言那么難雷逆？先放一張自己畫的美圖鎮(zhèn)樓 1. 因為壓根就沒辦法開始呀弦讽！ 你有看過R語言相關(guān)書籍嗎？我很想看膀哲，可是字都認(rèn)識往产，卻不知道ta在講什么。那沒看書某宪，有看過教學(xué)視頻嗎仿村？打開了教學(xué)視頻，...
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老板親自傳授的文獻(xiàn)閱讀方法前言 論一個氣場合適的導(dǎo)師的重要性兴喂。想起一個微信朋友前截圖 A：導(dǎo)師牛不牛蔼囊，師兄師姐牛不牛，跟你牛不牛沒有關(guān)系 B：你錯啦衣迷，導(dǎo)師牛不牛畏鼓，師兄師姐牛不牛，很大程度上決定我牛不牛...
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熬夜學(xué)習(xí)不好壶谒，我建議你通宵其實年后的我已經(jīng)不怎么熬夜了云矫，但是每到周一開組會要做文獻(xiàn)匯報的時候，每周日晚上的爆肝必不可少汗菜。 不管是full presentation還是short presentatio...
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今天師妹問了我一個關(guān)于GSExxx的“蠢問題”這是一個簡單的問題解答過程分享让禀，已經(jīng)證明這樣的講解思路可以幫助完全沒有任何背景的初學(xué)者快速了解GSExxx是什么。 1. 想挖但不知從何挖起 師妹是一個勤奮的好孩子陨界，在業(yè)余還...
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盲人摸象--single cell sequencing的Seurat學(xué)習(xí)--詳細(xì)版只有下水才會學(xué)會游泳菌瘪，今天我想下水了腮敌。首先本人對單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)的處理一無所知，但看過一些單細(xì)胞測序的文章麻车，有一些R語言基礎(chǔ)和跑過一些RNA-seq上游分析的經(jīng)驗缀皱，流程是跑過但...
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寫的很好，從開始一點都看不懂动猬，到最后看你的收尾有了同感，真的是收獲滿滿啊表箭，來自一位小白的感謝Ａ蘖！
盲人摸象--single cell sequencing的Seurat學(xué)習(xí)--詳細(xì)版
只有下水才會學(xué)會游泳，今天我想下水了彼水。首先本人對單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)的處理一無所知崔拥，但看過一些單細(xì)胞測序的文章，有一些R語言基礎(chǔ)和跑過一些RNA-seq上游分析的經(jīng)驗凤覆，流程是跑過但...
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寫的很好链瓦！
單細(xì)胞數(shù)據(jù)的導(dǎo)入與質(zhì)控 - Seurat
###################################### 題目：單細(xì)胞數(shù)據(jù)的導(dǎo)入與質(zhì)控 - Seurat 語言：R Author: YQ#########...
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@不叫小紅 已經(jīng)解決！
單細(xì)胞數(shù)據(jù)的導(dǎo)入與質(zhì)控 - Seurat
###################################### 題目：單細(xì)胞數(shù)據(jù)的導(dǎo)入與質(zhì)控 - Seurat 語言：R Author: YQ#########...
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小白請教盯桦！
> barcode.path <- paste0(matrix_dir,"GSM3832978_sample1_barcodes.tsv.gz")
> genes.path <- paste0(matrix_dir,"GSM3832978_sample1_genes.tsv.gz")
> matrix.path <- paste0(matrix_dir,"GSM3832978_sample1_matrix.mtx.gz")
然后readMM函數(shù)讀取之后慈俯，報錯file is not a MatrixMarket,
??單細(xì)胞數(shù)據(jù)的導(dǎo)入與質(zhì)控 - Seurat
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)的導(dǎo)入與質(zhì)控 - Seurat
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實驗記錄5：.h5文件解析為.tsv和.mtx格式這篇主要針對Seurat包裝不上hdf5r包的bug而無法使用Read10X_h5這個函數(shù)的讀者。 在使用Seurat包讀取10Xgenomics測序數(shù)據(jù)時拥峦，我發(fā)現(xiàn)githu...
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寫的很好贴膘，贊！
RPKM略号、FPKM刑峡、TPM詳解
簡寫 RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千個堿基的轉(zhuǎn)錄每百萬映射讀取的rea...
