單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序--閑言碎語(yǔ) 時(shí)代發(fā)展的步伐總是毫不留情的將你甩在身后不撑，連車尾燈都看不見(jiàn)。當(dāng)你還在沉迷于普通轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘時(shí)玄帕，已經(jīng)有人悄悄的搞上單細(xì)胞了歹叮。單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序寓涨，顧...
發(fā)簡(jiǎn)信
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析--初探Seurat -
淺淺的學(xué)習(xí)歷程<br>生信新手躏鱼，打工人采缚，搬運(yùn)工。<br>像王子文一樣財(cái)務(wù)自由挠他，才可實(shí)現(xiàn)生育自由<br>像李子柒一樣把一件事情做到極致扳抽，才可實(shí)現(xiàn)職業(yè)自由
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2019 年度總結(jié)
2019 年過(guò)去了贸呢，我把自己的 GitHub 倉(cāng)庫(kù)清理了一遍，總結(jié)過(guò)去一年自己的收獲和思考拢军。 參與發(fā)表的文獻(xiàn) 2019 年我參與發(fā)表了 5 篇科學(xué)文獻(xiàn)楞陷，其中 4 篇 SCI，...
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R語(yǔ)言基礎(chǔ)快速入門入門目錄： 一茉唉、對(duì)象(class) 1固蛾、向量(vector) 2、矩陣(matrix) 3度陆、數(shù)據(jù)框(data.frame) 4艾凯、列表(list) 5、因子(factor) 二...
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2019-10-22 R語(yǔ)言Seurat包下游分析-1下游分析 cellranger count 計(jì)算的結(jié)果只能作為錯(cuò)略觀測(cè)的結(jié)果懂傀，如果需要進(jìn)一步分析聚類細(xì)胞趾诗，還需要進(jìn)行下游分析，這里使用官方推薦 R 包（Seurat 3.0）...
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為什么學(xué)R語(yǔ)言那么難恃泪？先放一張自己畫的美圖鎮(zhèn)樓 1. 因?yàn)閴焊蜎](méi)辦法開始呀郑兴！ 你有看過(guò)R語(yǔ)言相關(guān)書籍嗎？我很想看贝乎，可是字都認(rèn)識(shí)情连，卻不知道ta在講什么。那沒(méi)看書览效，有看過(guò)教學(xué)視頻嗎却舀？打開了教學(xué)視頻，...
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老板親自傳授的文獻(xiàn)閱讀方法前言 論一個(gè)氣場(chǎng)合適的導(dǎo)師的重要性朽肥。想起一個(gè)微信朋友前截圖 A：導(dǎo)師牛不牛禁筏，師兄師姐牛不牛持钉，跟你牛不牛沒(méi)有關(guān)系 B：你錯(cuò)啦衡招，導(dǎo)師牛不牛，師兄師姐牛不牛每强，很大程度上決定我牛不牛...
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熬夜學(xué)習(xí)不好始腾，我建議你通宵其實(shí)年后的我已經(jīng)不怎么熬夜了，但是每到周一開組會(huì)要做文獻(xiàn)匯報(bào)的時(shí)候空执，每周日晚上的爆肝必不可少浪箭。 不管是full presentation還是short presentatio...
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今天師妹問(wèn)了我一個(gè)關(guān)于GSExxx的“蠢問(wèn)題”這是一個(gè)簡(jiǎn)單的問(wèn)題解答過(guò)程分享，已經(jīng)證明這樣的講解思路可以幫助完全沒(méi)有任何背景的初學(xué)者快速了解GSExxx是什么辨绊。 1. 想挖但不知從何挖起 師妹是一個(gè)勤奮的好孩子奶栖，在業(yè)余還...
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盲人摸象--single cell sequencing的Seurat學(xué)習(xí)--詳細(xì)版只有下水才會(huì)學(xué)會(huì)游泳宣鄙，今天我想下水了。首先本人對(duì)單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)的處理一無(wú)所知默蚌，但看過(guò)一些單細(xì)胞測(cè)序的文章冻晤，有一些R語(yǔ)言基礎(chǔ)和跑過(guò)一些RNA-seq上游分析的經(jīng)驗(yàn)，流程是跑過(guò)但...
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寫的很好绸吸，從開始一點(diǎn)都看不懂鼻弧，到最后看你的收尾有了同感，真的是收獲滿滿啊锦茁，來(lái)自一位小白的感謝Ｈ列！
盲人摸象--single cell sequencing的Seurat學(xué)習(xí)--詳細(xì)版
只有下水才會(huì)學(xué)會(huì)游泳码俩，今天我想下水了撑刺。首先本人對(duì)單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)的處理一無(wú)所知，但看過(guò)一些單細(xì)胞測(cè)序的文章握玛，有一些R語(yǔ)言基礎(chǔ)和跑過(guò)一些RNA-seq上游分析的經(jīng)驗(yàn)够傍，流程是跑過(guò)但...
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寫的很好甫菠！
單細(xì)胞數(shù)據(jù)的導(dǎo)入與質(zhì)控 - Seurat
###################################### 題目：?jiǎn)渭?xì)胞數(shù)據(jù)的導(dǎo)入與質(zhì)控 - Seurat 語(yǔ)言：R Author: YQ#########...
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@不叫小紅 已經(jīng)解決！
單細(xì)胞數(shù)據(jù)的導(dǎo)入與質(zhì)控 - Seurat
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小白請(qǐng)教冕屯！
> barcode.path <- paste0(matrix_dir,"GSM3832978_sample1_barcodes.tsv.gz")
> genes.path <- paste0(matrix_dir,"GSM3832978_sample1_genes.tsv.gz")
> matrix.path <- paste0(matrix_dir,"GSM3832978_sample1_matrix.mtx.gz")
然后readMM函數(shù)讀取之后寂诱，報(bào)錯(cuò)file is not a MatrixMarket,
??單細(xì)胞數(shù)據(jù)的導(dǎo)入與質(zhì)控 - Seurat
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)的導(dǎo)入與質(zhì)控 - Seurat
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實(shí)驗(yàn)記錄5：.h5文件解析為.tsv和.mtx格式這篇主要針對(duì)Seurat包裝不上hdf5r包的bug而無(wú)法使用Read10X_h5這個(gè)函數(shù)的讀者。 在使用Seurat包讀取10Xgenomics測(cè)序數(shù)據(jù)時(shí)安聘，我發(fā)現(xiàn)githu...
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寫的很好痰洒，贊！
RPKM浴韭、FPKM丘喻、TPM詳解
簡(jiǎn)寫 RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千個(gè)堿基的轉(zhuǎn)錄每百萬(wàn)映射讀取的rea...
