張紅祥，中國科學院植物研究所晴圾。<br>交流，分享蕴侣。
發(fā)簡信
IP屬地：山東
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學習筆記<br>研究方向: 植物群體遺傳學<br>
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您好，我想問一下溉委，在進行GWAS分析時鹃唯，我用的emmax，前面得到了6千萬個SNP薛躬，但在emmax-intel64后僅有前2千萬個應用到了后面的分析俯渤，是什么原因呢？
GWAS基本分析內(nèi)容
之前給大家大致介紹了GWAS在臨床生信分析中的概況型宝，包括一些基本概念八匠，原理和注意事項（出門左手邊—>臨床生物信息學中的GWAS分析）絮爷，這次具體講講GWAS基本分析內(nèi)容及結果解...
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我想問一下，emmax對于snp數(shù)量有沒有要求梨树？前面我是得到了6千萬個SNP位點坑夯，但在emmax-intel64后僅有前2千萬個進行了分析。這是什么原因的抡四？
重測序分析（15）GWAS分析實操（1）gwas_emmax
介紹如何使用SNP數(shù)據(jù)進行GWAS分析柜蜈，軟件選擇為emmax和tassel。 軟件選擇 emmaxplinkqqmanCMplot 數(shù)據(jù)準備 vcf文件：all_snp.vc...
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您好，請問使用之前是不是必須要tabix構建索引藻雪？基因組太大不能構建出.tbi的索引秘噪，只能構建.csi的，但是popgenome不知道為什么不可以識別勉耀。麻煩老師賜教
使用R語言利用vcf格式文件計算核苷酸多樣性簡單小例子
今天推文的主要內(nèi)容參考 鏈接 https://wurmlab.github.io/genomicscourse/2016-SIB/practicals/population_...
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聯(lián)川生物信息云平臺，讓科研更自由
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您好枢纠，我想請問一下像街，用SNP數(shù)據(jù)集建樹的話，應該是哪一步過濾之后的呢晋渺？maf和geno之后的數(shù)據(jù)集宅广？
群體結構——系統(tǒng)發(fā)育樹的構建
最近雜事真的非常的滿，終于找到時間更新一下些举。。俭厚。户魏。 通過上一篇文章的介紹，系統(tǒng)發(fā)育樹的基本概念[http://www.reibang.com/p/4c5a4bf84e57]...
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二樓的小伙伴，PGDspider這個軟件可以用來轉換
群體結構——Structure堆疊圖詳細畫法
基本概念 基迪奧有篇文章寫得非常的簡單明了论寨，我這里就不再贅述星立，大家移步去搞清楚基本知識爽茴。 群體結構圖形——structure堆疊圖[https://www.genedenov...
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為什么很多時候GO富集分析不推薦使用GOslim寫在前面 Emmm... 似乎發(fā)現(xiàn)自己的記憶力大不如前室奏。類似的問題以前我在知識星球寫過，不過現(xiàn)在確實沒有太多去上面寫劲装。TBtools最早期的兩大主要功能胧沫，1）序列提取占业；2）G...
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零基礎-絕對完成GO/KEGG pathway富集分析-和-繪圖寫在前面 約莫一個月前绒怨，不知為何，突然收到好幾個朋友問了一些TBtools的使用問題谦疾。按照我個人的設想南蹂，TBtools的使用應該不會存在使用問題。從開放使用至今餐蔬，幾乎沒有停止...
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您好碎紊，請問GO注釋導入的obo文件指的是什么呢？
點點點 | 真香樊诺！Simple GO GSEA 富集分析 ~
寫在前面 時間撥回去 2015年仗考，那時我接觸生信已有一年，TBtools 開發(fā)尚在萌芽階段词爬。那會秃嗜，我寫了幾款小的軟件，包括 “blast3go”顿膨，為的是應對即將收費的“bla...
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請問箱線圖最上面的點是異常值嗎锅锨？
使用ggplot2畫基因表達樣本的箱線圖
library(ggplot2) library(reshape2) ############################################ #畫箱式圖，這...
