wilcoxauc()找的差異基因和FindAllMarkers有什么區(qū)別嗎
單細(xì)胞之富集分析-1：?jiǎn)渭?xì)胞GSEA分析流程單細(xì)胞GSEA分析需要的文件有兩個(gè)：1. 單細(xì)胞基因表達(dá)變化數(shù)據(jù)（兩列，一列是geneid/gene symbol，一列是logFC）（文件格式：.rnk）2. 目標(biāo)基因集（...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：北京
-
-
R語言富集分析clusterProfiler
介紹 y叔的包诀蓉，支持GO,KEGG,GSEA等富集分析衔统。同時(shí)還整合了gene id轉(zhuǎn)換嚎朽，富集結(jié)果可視化等等功能羽峰。 代碼 首先當(dāng)我們通過差異基因或者其他方式獲得一個(gè)基因子集之后...
-
熱圖在單細(xì)胞數(shù)據(jù)分析中的應(yīng)用什么是熱圖踊赠？ 熱圖是一個(gè)以顏色變化來顯示數(shù)據(jù)的可視化矩陣肺魁，Toussaint Loua在1873年就曾使用過熱圖來繪制對(duì)巴黎各區(qū)的社會(huì)學(xué)統(tǒng)計(jì)电湘。我們就拿這張簡(jiǎn)單樸素的熱圖來講一...
-
Seurat包學(xué)習(xí)筆記（二）：Integration and Label Transfer
Seurat3引入了用于多個(gè)單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)集進(jìn)行整合分析的新方法。這些方法可以對(duì)來自不同的個(gè)體鹅经、實(shí)驗(yàn)條件寂呛、測(cè)序技術(shù)甚至物種中收集來的數(shù)據(jù)進(jìn)行整合，旨在識(shí)別出不同數(shù)據(jù)集之間的共...
-
周運(yùn)來，男酗捌，長大了才會(huì)遇到的帥哥呢诬，穩(wěn)健，瀟灑胖缤，大方尚镰，靠譜。一段生信緣哪廓，一棵技能樹狗唉。生信技能樹核心成員，單細(xì)胞天地供稿人涡真，簡(jiǎn)書創(chuàng)作者分俯，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家。
-
-
生信阿拉丁杏节，為實(shí)用而生
-
單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組亞群分析
作者：堯小飛審稿：童蒙編輯：angelica 引言 在上一篇文章單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組(Single cell RNA)概述，我們對(duì)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行了簡(jiǎn)單的介紹及其分析必備所需矩陣的獲...
-
seurat對(duì)象結(jié)構(gòu)
Seurat slot 對(duì)象信息使用標(biāo)準(zhǔn)R函數(shù)可以快速輕松地獲得有關(guān)Seurat對(duì)象的摘要信息》苡妫可以使用dim镊逝，ncol和nrow函數(shù)找到對(duì)象的形狀/尺寸明垢。細(xì)胞和特征名稱可以...
-
scRNA基礎(chǔ)分析-3：鑒定細(xì)胞類型scRNA基礎(chǔ)分析-1:安裝包检碗、導(dǎo)入數(shù)據(jù)赡译、過濾質(zhì)控 - 簡(jiǎn)書 scRNA基礎(chǔ)分析-2：降維與聚類 - 簡(jiǎn)書 scRNA基礎(chǔ)分析-3：鑒定細(xì)胞類型 - 簡(jiǎn)書 scRNA基...
-
scRNA基礎(chǔ)分析-4：細(xì)胞亞類再聚類太防、注釋scRNA基礎(chǔ)分析-1:安裝包冈闭、導(dǎo)入數(shù)據(jù)碉咆、過濾質(zhì)控 - 簡(jiǎn)書 scRNA基礎(chǔ)分析-2：降維與聚類 - 簡(jiǎn)書 scRNA基礎(chǔ)分析-3：鑒定細(xì)胞類型 - 簡(jiǎn)書 scRNA基...
-
努力努力再努力~<br>個(gè)人博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Flishensuo.github.io%2F" target="_blank">https://lishensuo.github.io/</a>
-
單細(xì)胞聚類圖形填充單細(xì)胞填坑快2年了捻爷，雖說經(jīng)常遇到一些薅頭發(fā)的時(shí)候辈灼，但卻總是割舍不掉。嗨也榄，打啥感情牌呀巡莹，進(jìn)入主題。在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析中甜紫，目前使用的最廣的軟件是基于R的Seurat降宅，具體安裝方式...
-
R語言數(shù)據(jù)合并-cbind(),rbind
rbind/cbind對(duì)數(shù)據(jù)合并的要求比較嚴(yán)格：合并的變量名必須一致；數(shù)據(jù)等長 cbind是根據(jù)列進(jìn)行合并囚霸，合并的前提是所有數(shù)據(jù)行數(shù)相等腰根。 rbind是根據(jù)行進(jìn)行合并，就是自...
-
首頁推薦簡(jiǎn)直堪稱最俗拓型，都不好意思說自己用簡(jiǎn)書
發(fā)現(xiàn)頁熱門文章使用指南
熱門文章來源是什么 發(fā)現(xiàn)頁熱門文章為：所有被加入首頁投稿或者今日看點(diǎn)專題的文章 熱門文章的個(gè)性化 1额嘿、熱門文章的個(gè)性化推薦是由你關(guān)注的專題決定的2、因此不同的人所看到的熱門文...
-
親如果方便的話能不能給一下你重復(fù)的代碼劣挫？我也下載作者的代碼了但是不知道是不是版本問題很多代碼走不通
10X scRNA免疫治療學(xué)習(xí)筆記-1-前言
劉小澤寫于19.10.14筆記目的：根據(jù)生信技能樹的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索10X Genomics技術(shù)相關(guān)的分析課程鏈接在：http://jm.grazy.cn/index/m...
-
單細(xì)胞測(cè)序分析之Monocle2包學(xué)習(xí)筆記前一陣子練習(xí)了幾個(gè)單細(xì)胞測(cè)序分析册养，然而對(duì)于所用的R包并沒有深入的學(xué)習(xí)。作為強(qiáng)迫癥晚期患者压固，想知其然球拦，還想知其所以然，所以打算仔細(xì)的學(xué)習(xí)這些R包的使用帐我。這篇文章將深入的學(xué)習(xí)Mo...
-
> cds26580 <- importCDS(pra26580)
Error in importCDS(pra26580) : could not find function "importCDS"
……后面完全進(jìn)行不下去了（pra26580是前面的seurat對(duì)象坎炼，CreateSeuratObject這一步是沒問題的）使用monocle包進(jìn)行pseudotime分析
歡迎關(guān)注”生信修煉手冊(cè)”! monocle是一個(gè)專門用于分析單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的R包，提供了聚類拦键，pseudotime, 差異分析等多種功能谣光，該項(xiàng)目的網(wǎng)址如下 https://...
