在做monocle的時(shí)候辨绊，我們最糾結(jié)的地方莫過于確定細(xì)胞的起點(diǎn)了痢艺。如果是比較明確的分析知道起點(diǎn)，或者有參考文獻(xiàn)委造，結(jié)合自己的生物學(xué)背景能夠推斷還好凡怎，可是如果自己一篇空白鸳玩，該怎么...
發(fā)簡信
IP屬地：甘肅
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CytoTRACE：推斷擬時(shí)細(xì)胞起點(diǎn)輔助 -
想請問下合并不同的數(shù)據(jù)集喻频，發(fā)現(xiàn)其中有一個(gè)數(shù)據(jù)集的線粒體基因是MT.，其它數(shù)據(jù)集是MT-粘都，這樣怎么修改廓推？感謝回復(fù)
如何給Seurat對象的基因重命名？【基因名轉(zhuǎn)換】2022-07-27
適用背景 在單細(xì)胞分析中翩隧，必要的一步是對每個(gè)細(xì)胞進(jìn)行注釋樊展，這相當(dāng)于給每個(gè)細(xì)胞打個(gè)標(biāo)簽，或者說起個(gè)別名堆生，這些信息都存在@meta.data信息里专缠，所以不用特意去更改細(xì)胞名字，S...
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這個(gè)世界流行離開，但我們卻不擅長告別
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解決啦糯景，感謝感謝，果然是沒有按照包讀取矩陣的格式保存文件
R語言ESTIMATE包報(bào)錯(cuò)
在運(yùn)行ESTIMATE包的時(shí)候省骂，需要先把表達(dá)矩陣輸出成txt蟀淮，然后運(yùn)行filterCommonGenes函數(shù)，轉(zhuǎn)換成gct文件钞澳，在轉(zhuǎn)換這一步總是報(bào)錯(cuò)怠惶，錯(cuò)誤提示是： 排除了變量...
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請問基因坐標(biāo)文件要如何獲得兰吟？
InferCNV推斷腫瘤細(xì)胞CNV及計(jì)算細(xì)胞CNV score
InferCNV是broad出品的一款對單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)推斷CNV的工具包通惫。這里我們對其自帶的數(shù)據(jù)運(yùn)行該工具包看一下效果。 首先需要準(zhǔn)備3個(gè)輸入文件混蔼， 我們來看一下其自帶...
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文件下載好之后運(yùn)行python gtf_to_position_file.py -h履腋，報(bào)錯(cuò) File "inferCNV/gtf_to_position_file.py", line 70
<title>infercnv/gtf_to_position_file.py at master · broadinstitute/infercnv · GitHub</title>
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SyntaxError: invalid character '·' (U+00B7)
是需要我重新修改這個(gè)腳本嗎InferCNV 的 Gene ordering file 輸入文件制作
我們都知道，利用R包infercnv對scRNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行CNV推斷時(shí)，首個(gè)步驟是運(yùn)行CreateInfercnvObject()函數(shù)構(gòu)建infercnv對象遵湖，此處必須...
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我把多個(gè)樣本的運(yùn)行代碼放進(jìn)sh文件中悔政，會(huì)提示創(chuàng)建的Sam文件permission denied，但是單個(gè)樣本運(yùn)行時(shí)可以的
sam轉(zhuǎn)bam文件報(bào)錯(cuò)
在做BWA比對到參考基因組后延旧，得到sam文件谋国，在進(jìn)行sam轉(zhuǎn)bam時(shí)候遇到一個(gè)報(bào)錯(cuò)： [W::sam_read1] parse error at line 1 [main_s...
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非常感謝解答！Ｇ芦瘾！我遇到了同樣的問題，第一個(gè)樣本走流程是直接分步跑的弯洗，成功之后后續(xù)樣本就用了nohup旅急，果然是bam多了一行。
sam轉(zhuǎn)bam文件報(bào)錯(cuò)
在做BWA比對到參考基因組后牡整，得到sam文件藐吮，在進(jìn)行sam轉(zhuǎn)bam時(shí)候遇到一個(gè)報(bào)錯(cuò)： [W::sam_read1] parse error at line 1 [main_s...
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運(yùn)行muti.sh的時(shí)候總是報(bào)錯(cuò) error: Invalid value for '--id <ID>': must contain only letters, digits, underscores, and dashes.
單細(xì)胞測序上游分析-從原始數(shù)據(jù)到cellranger定量
單細(xì)胞系列教程目錄索引,持續(xù)更新...[http://www.reibang.com/p/98fc6c80c216] 為避免造成環(huán)境污染，建議使用conda創(chuàng)建隔離環(huán)境進(jìn)行...
