yyds，永遠的神肿孵，下面這句話寫得太關(guān)鍵了。
作者推薦使用在RNA assay上做差異表達分析疏魏，而不是 SCTransform。
切換到RNA assay蠢护，對原始的基因counts矩陣進行NormalizeData和ScaleData，獲取歸一化的seurat_obj[['RNA']]@data后养涮，進行差異基因分析。
即使用data數(shù)據(jù)贯吓，進行差異表達分析懈凹。
seurat-FindAllMarkers()源碼解析現(xiàn)在回想單細胞項目的一些常規(guī)分析悄谐，clusters/groups間的差異表達分析（differential expression analysis）幾乎是分析必備項介评，F(xiàn)ind...
現(xiàn)在回想單細胞項目的一些常規(guī)分析，clusters/groups間的差異表達分析（differential expression analysis）幾乎是分析必備項们陆，F(xiàn)ind...
hello，大家好坪仇，今天我們來分享一個做細胞通訊的分析軟件NicheNet，這個軟件最大特點就是預(yù)測配體活性椅文，所以很多文章里都將NicheNet和cellphoneDB聯(lián)合使...
作者，Evil Genius 慢慢的也要把空間的分析升級到高精度平臺了皆刺。 群里有人分享自己發(fā)表的文章少辣，說實話羡蛾，我真心的羨慕漓帅，做科研這條路，文章是硬通貨林说，把自己說的天花亂墜煎殷，什...
在多篇高分文章中都出現(xiàn)了評估細胞亞群純度的內(nèi)容腿箩，用到的是張澤民團隊的ROGEU包。提出了一個基于熵的統(tǒng)計量(ROGUE)來準(zhǔn)確地定量鑒定的細胞團的純度珠移，可應(yīng)用于所有測試的sc...
作者懈玻，Evil Genius 什么是空間軌跡乾颁？ 以一個空間位置為起點（例如上圖的交界區(qū)域）涂乌，沿著固定方向上的細胞、基因表達的變化英岭。 還有如下的分析結(jié)果，沿著相同方向诅妹、以相同的...
雖然我是生信人員，但是我研究生階段做的內(nèi)容跟蛋白結(jié)晶有關(guān)，蛋白的三維結(jié)構(gòu)非常重要尖殃，只可惜當(dāng)時的我能力有限，僅僅是用swissmodel模擬一下就算了分衫，下面的圖是我當(dāng)年碩士畢業(yè)...
其實我平時很少分享代碼，因為我覺得代碼其實都是抄別人的蚪战，沒什么意思牵现，理解最重要，但是現(xiàn)實的情況是邀桑，大家需要代碼作為參考 今天我們來分享的是，對細胞類型在空間距離上的分析壁畸，也就...
細胞通訊根據(jù)不同細胞群、不同空間區(qū)域基因表達的特征捏萍，分析兩者之間特異的配受體對太抓，以此來代表細胞類型或者空間區(qū)域之間的通訊∽叩校空間轉(zhuǎn)錄組配受體（Spatial Transcrip...
在我們生物學(xué)的世界里掉丽，細胞類型無論是交流還是位置都是在不斷的變化之中，當(dāng)形成一個成熟的組織之后异雁，細胞類型的位置才會相對固定捶障，但真正意義上也是一種動態(tài)平衡纲刀，當(dāng)發(fā)生疾病之后项炼，免疫...
10X空間轉(zhuǎn)錄組這項技術(shù)出現(xiàn)的時間也有了1年多之久示绊，很多分析的思路也已經(jīng)有了比較深的認識芥挣，但是對于細胞通訊而言，無論是發(fā)表的文章耻台，還是個人分析空另，都還是需要很多的探索盆耽，今天我們...
我們做過單細胞的童鞋們來說，軌跡分析并不陌生摄杂，然而如果將單細胞的軌跡分析結(jié)果運用到空間轉(zhuǎn)錄組上坝咐，就可以幫助我們了解到細胞隨著時間進行的過程中，細胞位置的遷移析恢。其中最常用的方式...
RNA速率分析是一個非常重要的分析內(nèi)容，我們這里來深入解析一下這個分析內(nèi)容（python版本映挂，個人喜歡python），參考網(wǎng)址在Velocyto[https://velocy...
_init_() 所有類的超類object柑船，有一個默認包含pass的init()實現(xiàn)，這個函數(shù)會在對象初始化的時候調(diào)用鞍时，我們可以選擇實現(xiàn)亏拉，也可以選擇不實現(xiàn)，一般建議是實現(xiàn)的逆巍，...
（3）刪除部分spot
這部分寫得挺好的，獲益匪淺锐极，點贊笙僚。??
空間轉(zhuǎn)錄組-多樣本數(shù)據(jù)合并分析1. 讀入單個樣本 2. 合并數(shù)據(jù) 這里補充一點更新：合并空間數(shù)據(jù)后hvg怎么處理？從github上參考作者回復(fù)溪烤，有個函數(shù)來生成整體的hvg Yes, we do recom...
1. 讀入單個樣本 2. 合并數(shù)據(jù) 這里補充一點更新：合并空間數(shù)據(jù)后hvg怎么處理？從github上參考作者回復(fù)檬嘀，有個函數(shù)來生成整體的hvg Yes, we do recom...
作者，Evil Genius 本來兒童節(jié)的推文不打算寫了鸳兽，但是有粉絲問了個問題，我也發(fā)現(xiàn)了一個很有意思的分析揍异，所以寫出來和大家交流一下吧全陨。 有粉絲問，像生信培訓(xùn)班有必要花幾千...
作者衷掷，Evil Genius 關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組的整合分析已經(jīng)是非常常見了，昨天分享的是python版本戚嗅，隨著數(shù)據(jù)量不斷地增大雨涛，R版本的計算效率明顯下降枢舶，但是作為一種更加具有接受...
講解的很透徹
Cellrank：細胞分化軌跡的新秀說在前面 說到細胞分化軌跡的推斷，想必很多小伙伴第一會想到的是monocle2這個軟件凉泄，但是它只能做到oneshot，不能捕捉到細胞分化的動態(tài)過程蚯根。另一種高階的算法是RNA速...
