yyds妈倔，永遠(yuǎn)的神班眯，下面這句話寫得太關(guān)鍵了。
作者推薦使用在RNA assay上做差異表達(dá)分析炭晒，而不是 SCTransform。
切換到RNA assay绩鸣，對(duì)原始的基因counts矩陣進(jìn)行NormalizeData和ScaleData鼎文，獲取歸一化的seurat_obj[['RNA']]@data后，進(jìn)行差異基因分析贬墩。
即使用data數(shù)據(jù)榴嗅，進(jìn)行差異表達(dá)分析。
seurat-FindAllMarkers()源碼解析現(xiàn)在回想單細(xì)胞項(xiàng)目的一些常規(guī)分析陶舞，clusters/groups間的差異表達(dá)分析（differential expression analysis）幾乎是分析必備項(xiàng)嗽测，F(xiàn)ind...
現(xiàn)在回想單細(xì)胞項(xiàng)目的一些常規(guī)分析，clusters/groups間的差異表達(dá)分析（differential expression analysis）幾乎是分析必備項(xiàng)肿孵，F(xiàn)ind...
hello唠粥，大家好，今天我們來分享一個(gè)做細(xì)胞通訊的分析軟件NicheNet停做，這個(gè)軟件最大特點(diǎn)就是預(yù)測(cè)配體活性晤愧，所以很多文章里都將NicheNet和cellphoneDB聯(lián)合使...
作者，Evil Genius 慢慢的也要把空間的分析升級(jí)到高精度平臺(tái)了蛉腌。 群里有人分享自己發(fā)表的文章官份，說實(shí)話，我真心的羨慕烙丛，做科研這條路舅巷，文章是硬通貨，把自己說的天花亂墜河咽，什...
在多篇高分文章中都出現(xiàn)了評(píng)估細(xì)胞亞群純度的內(nèi)容钠右，用到的是張澤民團(tuán)隊(duì)的ROGEU包。提出了一個(gè)基于熵的統(tǒng)計(jì)量(ROGUE)來準(zhǔn)確地定量鑒定的細(xì)胞團(tuán)的純度库北，可應(yīng)用于所有測(cè)試的sc...
作者坪仇，Evil Genius 什么是空間軌跡？ 以一個(gè)空間位置為起點(diǎn)（例如上圖的交界區(qū)域）垃你，沿著固定方向上的細(xì)胞椅文、基因表達(dá)的變化。 還有如下的分析結(jié)果惜颇，沿著相同方向皆刺、以相同的...
雖然我是生信人員，但是我研究生階段做的內(nèi)容跟蛋白結(jié)晶有關(guān)凌摄，蛋白的三維結(jié)構(gòu)非常重要羡蛾，只可惜當(dāng)時(shí)的我能力有限，僅僅是用swissmodel模擬一下就算了锨亏，下面的圖是我當(dāng)年碩士畢業(yè)...
其實(shí)我平時(shí)很少分享代碼痴怨，因?yàn)槲矣X得代碼其實(shí)都是抄別人的，沒什么意思器予，理解最重要浪藻，但是現(xiàn)實(shí)的情況是，大家需要代碼作為參考 今天我們來分享的是乾翔，對(duì)細(xì)胞類型在空間距離上的分析爱葵，也就...
細(xì)胞通訊根據(jù)不同細(xì)胞群、不同空間區(qū)域基因表達(dá)的特征反浓，分析兩者之間特異的配受體對(duì)萌丈，以此來代表細(xì)胞類型或者空間區(qū)域之間的通訊」聪埃空間轉(zhuǎn)錄組配受體（Spatial Transcrip...
在我們生物學(xué)的世界里，細(xì)胞類型無論是交流還是位置都是在不斷的變化之中巧婶，當(dāng)形成一個(gè)成熟的組織之后，細(xì)胞類型的位置才會(huì)相對(duì)固定涂乌，但真正意義上也是一種動(dòng)態(tài)平衡艺栈，當(dāng)發(fā)生疾病之后，免疫...
10X空間轉(zhuǎn)錄組這項(xiàng)技術(shù)出現(xiàn)的時(shí)間也有了1年多之久湾盒，很多分析的思路也已經(jīng)有了比較深的認(rèn)識(shí)湿右，但是對(duì)于細(xì)胞通訊而言，無論是發(fā)表的文章罚勾，還是個(gè)人分析毅人，都還是需要很多的探索吭狡，今天我們...
我們做過單細(xì)胞的童鞋們來說，軌跡分析并不陌生丈莺，然而如果將單細(xì)胞的軌跡分析結(jié)果運(yùn)用到空間轉(zhuǎn)錄組上划煮，就可以幫助我們了解到細(xì)胞隨著時(shí)間進(jìn)行的過程中，細(xì)胞位置的遷移缔俄。其中最常用的方式...
RNA速率分析是一個(gè)非常重要的分析內(nèi)容弛秋，我們這里來深入解析一下這個(gè)分析內(nèi)容（python版本，個(gè)人喜歡python）俐载，參考網(wǎng)址在Velocyto[https://velocy...
_init_() 所有類的超類object蟹略，有一個(gè)默認(rèn)包含pass的init()實(shí)現(xiàn)，這個(gè)函數(shù)會(huì)在對(duì)象初始化的時(shí)候調(diào)用遏佣，我們可以選擇實(shí)現(xiàn)挖炬，也可以選擇不實(shí)現(xiàn)，一般建議是實(shí)現(xiàn)的状婶，...
（3）刪除部分spot
這部分寫得挺好的意敛，獲益匪淺，點(diǎn)贊太抓。??
空間轉(zhuǎn)錄組-多樣本數(shù)據(jù)合并分析1. 讀入單個(gè)樣本 2. 合并數(shù)據(jù) 這里補(bǔ)充一點(diǎn)更新：合并空間數(shù)據(jù)后hvg怎么處理空闲？從github上參考作者回復(fù)，有個(gè)函數(shù)來生成整體的hvg Yes, we do recom...
1. 讀入單個(gè)樣本 2. 合并數(shù)據(jù) 這里補(bǔ)充一點(diǎn)更新：合并空間數(shù)據(jù)后hvg怎么處理走敌？從github上參考作者回復(fù)碴倾，有個(gè)函數(shù)來生成整體的hvg Yes, we do recom...
作者，Evil Genius 本來兒童節(jié)的推文不打算寫了掉丽，但是有粉絲問了個(gè)問題跌榔，我也發(fā)現(xiàn)了一個(gè)很有意思的分析，所以寫出來和大家交流一下吧捶障。 有粉絲問僧须，像生信培訓(xùn)班有必要花幾千...
作者，Evil Genius 關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組的整合分析已經(jīng)是非常常見了项炼，昨天分享的是python版本担平，隨著數(shù)據(jù)量不斷地增大，R版本的計(jì)算效率明顯下降锭部，但是作為一種更加具有接受...
講解的很透徹
Cellrank：細(xì)胞分化軌跡的新秀說在前面 說到細(xì)胞分化軌跡的推斷暂论，想必很多小伙伴第一會(huì)想到的是monocle2這個(gè)軟件，但是它只能做到oneshot拌禾，不能捕捉到細(xì)胞分化的動(dòng)態(tài)過程取胎。另一種高階的算法是RNA速...
