SFS的基本理解索烹、介紹的一篇文章:https://theg-cat.com/tag/joint-sfs/[https://theg-cat.com/tag/joint-sfs...
您好望蜡,請問這個(gè)地方您是如何使其名稱對應(yīng)上的:最終找到原因:.bed文件和.cds文件前綴要一樣唤崭,ortholog命令會(huì)從.cds文件中找.bed文件里的序列名,所以兩個(gè)文件的序列名字要一樣脖律,要不然就會(huì)報(bào)錯(cuò)谢肾。
jcvi畫兩物種的共線性圖參考:https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)[https://github.com/t...
參考:https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)[https://github.com/t...
一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 首先兢交,選取不同物種的Protein數(shù)據(jù)集:Arabidopsis_thaliana.fa薪捍;Citrus_grandis.fa;Dimocarpus_longan...
環(huán)境準(zhǔn)備 安裝軟件: 參考「基因組學(xué)」使用OrthoFinder進(jìn)行直系同源基因分析 安裝OrthoFinder,然后再安裝CAFE 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備: 一共會(huì)分析mouse, r...
前言:因?yàn)樽罱戧懤m(xù)續(xù)接手了幾個(gè)物種的基因組項(xiàng)目晴裹,這也是生信分析中很大的一塊被济。其中最基礎(chǔ)的是組裝和注釋(當(dāng)然我們實(shí)驗(yàn)室也做組裝方法學(xué)的研究)。現(xiàn)在隨著很多物種基因組的發(fā)表涧团,純...