用clusterProfiler做其實(shí)夠用了合呐，網(wǎng)頁在線做沒多大必要暮的，能夠起起對(duì)照作用吧。網(wǎng)頁在線做淌实，后續(xù)挑出自己想要的模塊冻辩，會(huì)方便一些，但自己用包做手動(dòng)挑也還好拆祈。記錄這篇恨闪，...
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041 | 生信SCI-生信分析后，實(shí)驗(yàn)該如何驗(yàn)證放坏？
常規(guī)3個(gè)驗(yàn)證思路： 1）高通量的生信數(shù)據(jù)挖掘的結(jié)果咙咽，用低通量的實(shí)驗(yàn)技術(shù)去驗(yàn)證，也就是我們常規(guī)說的淤年，qCPR,WB/IHC簡單驗(yàn)證下篩選出hub gene或者單基因的表達(dá)水平（...
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STRING數(shù)據(jù)庫的蛋白質(zhì)相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò)分析在轉(zhuǎn)錄調(diào)控相關(guān)的文獻(xiàn)中钧敞，我們經(jīng)常能夠看到這樣的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)（protein protein interaction network蜡豹，PPI network）。具體而言犁享，...
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WGCNA分析教程五 | [更新版]一邊學(xué)習(xí)余素，一邊總結(jié)，一邊分享炊昆！ 往期WGCNA分析教程 WGCNA分析 | 全流程分析代碼 | 代碼一[https://mp.weixin.qq.com/s/M0LAlE-6...
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轉(zhuǎn)載：GPL平臺(tái)注釋桨吊，如何從gene_assinment中挖出gene symbolGPL平臺(tái)注釋，如何從gene_assinment中挖出gene symbol 原文出處[https://www.bioinfo.info/?/question/6112] ...
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getGEO exprs讀取 行名缺失【已解決】【問題】 library(GEOquery) Gset = getGEO('GSE2034',destdir = ".", GSEMatrix =TRUE)#文件夾中有會(huì)直接...
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如何成功getGEO通過加載GEOquery包凤巨，使用getGEO函數(shù)可以得到對(duì)應(yīng)GEO號(hào)的表達(dá)矩陣视乐，注釋信息，樣本信息等敢茁。以GSE76275為例佑淀。 然而由于網(wǎng)絡(luò)等問題，getGEO函數(shù)可能會(huì)出錯(cuò)...
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GEO數(shù)據(jù)集中有不同平臺(tái)的數(shù)據(jù)該怎么處理2021-01-28
這樣的代碼是不是很熟悉彰檬？沒錯(cuò)就是下載GEO數(shù)據(jù)集伸刃，那如果一個(gè)GEO數(shù)據(jù)集里面有2個(gè)平臺(tái)或者更多呢？開始沒想明白逢倍，其實(shí)很簡單啊捧颅，eSet 里面包含的是列表啊，通常只有一個(gè)數(shù)據(jù)集...
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一個(gè)GSE有兩個(gè)GPL該怎么辦莎莎寫于2020.5.7?今天上午10點(diǎn)鐘準(zhǔn)時(shí)就醒了较雕，然后和室友磨嘰半天去實(shí)驗(yàn)室打掃衛(wèi)生碉哑，然后簽了字就偷偷溜了??然后回到中校區(qū)買了超級(jí)甜的哈密瓜??還有火龍果，沃柑亮蒋，一共是30...
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下載bioconductor的包掉坑總結(jié)
下載bioconductor的包一直用的是三部曲策略扣典，但是最近問題不斷，才知道人家已經(jīng)更新?lián)Q代了慎玖，現(xiàn)在只需要兩步就可以了贮尖，而且在這個(gè)出坑的同時(shí)也發(fā)現(xiàn)在bioconductor...
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通過5步，學(xué)會(huì)處理從GEO數(shù)據(jù)庫下載的數(shù)據(jù)集趁怔，做出精美結(jié)果圖往期文章鏈接 如何從GEO數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù)[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTcxMTkwOA==&mid=2247496648&id...
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985醫(yī)學(xué)博士姐妹花 專注醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)分析 課題方案設(shè)計(jì) SCI組稿編譯痕钢。全網(wǎng)同名
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臨床預(yù)后信息是在哪呢
十一步帶你解構(gòu)GEO分析常規(guī)流程（一）
PDAC數(shù)據(jù)分析-GSE16515-GPL570 致讀者語：本人接下來的九篇GEO解析文章將基于此，不斷進(jìn)行迭代序六，嘗試讓核心步驟任连、讓圖文與讓結(jié)構(gòu)更加美觀,讓讀者與自身更能直擊...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘（一）--簡單快速下載GEO數(shù)據(jù)搜尋數(shù)據(jù)集及下載數(shù)據(jù) 差異分析--->差異表達(dá)基因 --->五大數(shù)據(jù)庫注釋--->蛋白互作等網(wǎng)絡(luò)和通路注釋 今天先為大家分享第一步“數(shù)據(jù)下載”随抠，以便后續(xù)挖掘感興趣的基因及構(gòu)建...
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十一步帶你解構(gòu)GEO分析常規(guī)流程（一）PDAC數(shù)據(jù)分析-GSE16515-GPL570 致讀者語：本人接下來的九篇GEO解析文章將基于此裁着，不斷進(jìn)行迭代，嘗試讓核心步驟拱她、讓圖文與讓結(jié)構(gòu)更加美觀,讓讀者與自身更能直擊...
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