與傳統(tǒng)的Over Representation Analysis: the up- or down-regulated DEGs和Gene Set Enrichment An...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：山西
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數(shù)據(jù)分析：基于GSVA的通路富集分析 -
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eQTL歸納幾篇eQTL相關(guān)文章快骗。 1.轉(zhuǎn)自https://www.cnblogs.com/Acceptyly/p/3904108.html 首先QTL是數(shù)量性狀位點(diǎn)，比如身高是一個(gè)...
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表達(dá)數(shù)量性狀位點(diǎn)（eQTL）的概念及其相關(guān)分析
表達(dá)數(shù)量性狀位點(diǎn)（expression quantitative trait locus, eQTL）是一類能夠影響基因表達(dá)量的遺傳位點(diǎn)（大部分都是單核苷酸多態(tài)性痢毒，SNP），...
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生信筆記5-GWAS與eQTL引言 GWAS與eQTL都是用于研究基因位點(diǎn)與表型之間關(guān)系的手段，彼此之間存在很多的區(qū)別與聯(lián)系九孩。 GWAS 全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome Wide Association ...
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網(wǎng)頁(yè)在線做富集分析用clusterProfiler做其實(shí)夠用了，網(wǎng)頁(yè)在線做沒(méi)多大必要发框，能夠起起對(duì)照作用吧躺彬。網(wǎng)頁(yè)在線做，后續(xù)挑出自己想要的模塊梅惯，會(huì)方便一些宪拥，但自己用包做手動(dòng)挑也還好。記錄這篇铣减，...
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041 | 生信SCI-生信分析后她君，實(shí)驗(yàn)該如何驗(yàn)證？
常規(guī)3個(gè)驗(yàn)證思路： 1）高通量的生信數(shù)據(jù)挖掘的結(jié)果葫哗，用低通量的實(shí)驗(yàn)技術(shù)去驗(yàn)證缔刹，也就是我們常規(guī)說(shuō)的，qCPR,WB/IHC簡(jiǎn)單驗(yàn)證下篩選出hub gene或者單基因的表達(dá)水平（...
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STRING數(shù)據(jù)庫(kù)的蛋白質(zhì)相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò)分析在轉(zhuǎn)錄調(diào)控相關(guān)的文獻(xiàn)中劣针，我們經(jīng)常能夠看到這樣的蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)（protein protein interaction network校镐，PPI network）。具體而言捺典，...
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WGCNA分析教程五 | [更新版]一邊學(xué)習(xí)鸟廓，一邊總結(jié)，一邊分享辣苏！ 往期WGCNA分析教程 WGCNA分析 | 全流程分析代碼 | 代碼一[https://mp.weixin.qq.com/s/M0LAlE-6...
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轉(zhuǎn)載：GPL平臺(tái)注釋肝箱，如何從gene_assinment中挖出gene symbolGPL平臺(tái)注釋，如何從gene_assinment中挖出gene symbol 原文出處[https://www.bioinfo.info/?/question/6112] ...
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getGEO exprs讀取 行名缺失【已解決】【問(wèn)題】 library(GEOquery) Gset = getGEO('GSE2034',destdir = ".", GSEMatrix =TRUE)#文件夾中有會(huì)直接...
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如何成功getGEO通過(guò)加載GEOquery包稀蟋，使用getGEO函數(shù)可以得到對(duì)應(yīng)GEO號(hào)的表達(dá)矩陣煌张，注釋信息，樣本信息等退客。以GSE76275為例骏融。 然而由于網(wǎng)絡(luò)等問(wèn)題链嘀，getGEO函數(shù)可能會(huì)出錯(cuò)...
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GEO數(shù)據(jù)集中有不同平臺(tái)的數(shù)據(jù)該怎么處理2021-01-28
這樣的代碼是不是很熟悉？沒(méi)錯(cuò)就是下載GEO數(shù)據(jù)集档玻，那如果一個(gè)GEO數(shù)據(jù)集里面有2個(gè)平臺(tái)或者更多呢怀泊？開(kāi)始沒(méi)想明白，其實(shí)很簡(jiǎn)單啊误趴，eSet 里面包含的是列表啊霹琼，通常只有一個(gè)數(shù)據(jù)集...
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一個(gè)GSE有兩個(gè)GPL該怎么辦莎莎寫(xiě)于2020.5.7?今天上午10點(diǎn)鐘準(zhǔn)時(shí)就醒了，然后和室友磨嘰半天去實(shí)驗(yàn)室打掃衛(wèi)生凉当，然后簽了字就偷偷溜了??然后回到中校區(qū)買(mǎi)了超級(jí)甜的哈密瓜??還有火龍果枣申，沃柑，一共是30...
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下載bioconductor的包掉坑總結(jié)
下載bioconductor的包一直用的是三部曲策略看杭，但是最近問(wèn)題不斷忠藤，才知道人家已經(jīng)更新?lián)Q代了，現(xiàn)在只需要兩步就可以了楼雹，而且在這個(gè)出坑的同時(shí)也發(fā)現(xiàn)在bioconductor...
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通過(guò)5步模孩，學(xué)會(huì)處理從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載的數(shù)據(jù)集，做出精美結(jié)果圖往期文章鏈接 如何從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載數(shù)據(jù)[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTcxMTkwOA==&mid=2247496648&id...
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985醫(yī)學(xué)博士姐妹花 專注醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)分析 課題方案設(shè)計(jì) SCI組稿編譯。全網(wǎng)同名
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臨床預(yù)后信息是在哪呢
十一步帶你解構(gòu)GEO分析常規(guī)流程（一）
PDAC數(shù)據(jù)分析-GSE16515-GPL570 致讀者語(yǔ)：本人接下來(lái)的九篇GEO解析文章將基于此携悯，不斷進(jìn)行迭代祭芦，嘗試讓核心步驟、讓圖文與讓結(jié)構(gòu)更加美觀,讓讀者與自身更能直擊...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘（一）--簡(jiǎn)單快速下載GEO數(shù)據(jù)搜尋數(shù)據(jù)集及下載數(shù)據(jù) 差異分析--->差異表達(dá)基因 --->五大數(shù)據(jù)庫(kù)注釋--->蛋白互作等網(wǎng)絡(luò)和通路注釋 今天先為大家分享第一步“數(shù)據(jù)下載”，以便后續(xù)挖掘感興趣的基因及構(gòu)建...
