用clusterProfiler做其實夠用了励烦，網頁在線做沒多大必要歼争，能夠起起對照作用吧捂襟。網頁在線做蛀序，后續(xù)挑出自己想要的模塊，會方便一些拴事，但自己用包做手動挑也還好践剂。記錄這篇，...
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041 | 生信SCI-生信分析后陨瘩，實驗該如何驗證腕够？
常規(guī)3個驗證思路： 1）高通量的生信數(shù)據(jù)挖掘的結果，用低通量的實驗技術去驗證舌劳，也就是我們常規(guī)說的帚湘，qCPR,WB/IHC簡單驗證下篩選出hub gene或者單基因的表達水平（...
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STRING數(shù)據(jù)庫的蛋白質相互作用（PPI）網絡分析在轉錄調控相關的文獻中，我們經常能夠看到這樣的蛋白質相互作用網絡（protein protein interaction network甚淡，PPI network）大诸。具體而言，...
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WGCNA分析教程五 | [更新版]一邊學習贯卦，一邊總結资柔，一邊分享！ 往期WGCNA分析教程 WGCNA分析 | 全流程分析代碼 | 代碼一[https://mp.weixin.qq.com/s/M0LAlE-6...
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轉載：GPL平臺注釋脸侥，如何從gene_assinment中挖出gene symbolGPL平臺注釋建邓，如何從gene_assinment中挖出gene symbol 原文出處[https://www.bioinfo.info/?/question/6112] ...
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getGEO exprs讀取 行名缺失【已解決】【問題】 library(GEOquery) Gset = getGEO('GSE2034',destdir = ".", GSEMatrix =TRUE)#文件夾中有會直接...
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如何成功getGEO通過加載GEOquery包，使用getGEO函數(shù)可以得到對應GEO號的表達矩陣睁枕，注釋信息官边，樣本信息等沸手。以GSE76275為例。 然而由于網絡等問題注簿，getGEO函數(shù)可能會出錯...
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GEO數(shù)據(jù)集中有不同平臺的數(shù)據(jù)該怎么處理2021-01-28
這樣的代碼是不是很熟悉契吉？沒錯就是下載GEO數(shù)據(jù)集，那如果一個GEO數(shù)據(jù)集里面有2個平臺或者更多呢诡渴？開始沒想明白捐晶，其實很簡單啊，eSet 里面包含的是列表啊妄辩，通常只有一個數(shù)據(jù)集...
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一個GSE有兩個GPL該怎么辦莎莎寫于2020.5.7?今天上午10點鐘準時就醒了惑灵，然后和室友磨嘰半天去實驗室打掃衛(wèi)生，然后簽了字就偷偷溜了??然后回到中校區(qū)買了超級甜的哈密瓜??還有火龍果眼耀，沃柑英支，一共是30...
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下載bioconductor的包掉坑總結
下載bioconductor的包一直用的是三部曲策略，但是最近問題不斷哮伟，才知道人家已經更新?lián)Q代了干花，現(xiàn)在只需要兩步就可以了，而且在這個出坑的同時也發(fā)現(xiàn)在bioconductor...
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通過5步楞黄，學會處理從GEO數(shù)據(jù)庫下載的數(shù)據(jù)集池凄，做出精美結果圖往期文章鏈接 如何從GEO數(shù)據(jù)庫下載數(shù)據(jù)[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTcxMTkwOA==&mid=2247496648&id...
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985醫(yī)學博士姐妹花 專注醫(yī)學數(shù)據(jù)分析 課題方案設計 SCI組稿編譯肿仑。全網同名
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臨床預后信息是在哪呢
十一步帶你解構GEO分析常規(guī)流程（一）
PDAC數(shù)據(jù)分析-GSE16515-GPL570 致讀者語：本人接下來的九篇GEO解析文章將基于此，不斷進行迭代桑阶，嘗試讓核心步驟柏副、讓圖文與讓結構更加美觀,讓讀者與自身更能直擊...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘（一）--簡單快速下載GEO數(shù)據(jù)搜尋數(shù)據(jù)集及下載數(shù)據(jù) 差異分析--->差異表達基因 --->五大數(shù)據(jù)庫注釋--->蛋白互作等網絡和通路注釋 今天先為大家分享第一步“數(shù)據(jù)下載”，以便后續(xù)挖掘感興趣的基因及構建...
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十一步帶你解構GEO分析常規(guī)流程（一）PDAC數(shù)據(jù)分析-GSE16515-GPL570 致讀者語：本人接下來的九篇GEO解析文章將基于此眷篇，不斷進行迭代萎河，嘗試讓核心步驟、讓圖文與讓結構更加美觀,讓讀者與自身更能直擊...
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