一些生物信息學用到的軟件,工具柜思,介紹用法安裝以及以及應(yīng)用的文章
?? 測序組裝使用的Spades岩调、canu等等
?? 序列比對比如blast、bowtie酝蜒、diamond等
?? 多序列比對比如mega誊辉、clustalW、matff等
?? 序列格式轉(zhuǎn)化的samtools亡脑、bedtools等等
?? 可變剪接分析的rMATS堕澄、MISO
?? 微衛(wèi)星序列查找工具misa等
?? call peak的工具macs2
?? 文獻下載工具Sci-hub桌面版
?? 進化樹構(gòu)建工具IQtree、ggtree等
?? 同源基因查找工具OrthoMCL霉咨、OrthoFinder等
?? 尋找測序中的結(jié)構(gòu)變異或者SNP序列GATK蛙紫、bcftools等
?? 宏基因組組裝與分析的anvi'o、QIMME
?? 測序質(zhì)量評估的FastQC途戒、BUSCO坑傅、QUAST
?? 可視化工具比如IGV、3D Genome
?? 測序數(shù)據(jù)下載工具SRA Toolkit喷斋、ascp等
?? 數(shù)據(jù)可視化的工具circos
等等