Front Immunol 復(fù)現(xiàn)|1. GEO數(shù)據(jù)下載及sva批次校正(PCA可視化) 前幾天有同學(xué)問(wèn)了一篇文章里的一個(gè)方法的實(shí)現(xiàn)胎挎，看了一下這篇文章除了qPCR驗(yàn)證基本都是純...
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Front Immunol 復(fù)現(xiàn)|1. GEO數(shù)據(jù)下載及sva批次校正(PCA可視化) -
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廈大本科署尤，清華生科院博士生在讀耙替，對(duì)表觀遺傳，計(jì)算生物學(xué)曹体，發(fā)育生物學(xué)領(lǐng)域感興趣
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scRNAseq R包公共單細(xì)胞數(shù)據(jù)獲取
介紹 scRNAseq R 包提供了一個(gè)方便的方式來(lái)直接獲取公共的單細(xì)胞數(shù)據(jù)清寇。獲取的單細(xì)胞數(shù)據(jù)以SingleCellExperiment 對(duì)象儲(chǔ)存喘漏。 安裝 使用 scRNAs...
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RNA-seq分析（STAR-RSEM-DESeq2）
一、準(zhǔn)備RNA-seq數(shù)據(jù) 需要參考基因組文件颗管，注釋文件陷遮，樣本的fastq.gz文件 檢查fastq.gz是否完整 二、fastqc生成質(zhì)量報(bào)告（multiqc 提高查看效率...
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轉(zhuǎn)錄組RNA-SEQ上游分析2020安裝配置conda 使用清華源下載sh腳本并安裝 下載完成后直接運(yùn)行腳本文件bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh。需要輸入yes然后等...
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mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemRNA-seq上中游分析需要用到Linux系統(tǒng)的terminal！ 盡管TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中已經(jīng)提供了大量的處理好的表達(dá)矩陣數(shù)據(jù)吧慢，但是無(wú)論是自身實(shí)驗(yàn)需要涛漂，還是從NCBI的GEO...
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1.轉(zhuǎn)錄組 | 上游分析（數(shù)據(jù)下載匈仗，比對(duì)，計(jì)數(shù)）參考：轉(zhuǎn)錄組分析記錄逢慌； 轉(zhuǎn)錄組入門和進(jìn)階以下內(nèi)容為轉(zhuǎn)錄組全部的上游分析悠轩，包括下載數(shù)據(jù)、比對(duì)攻泼、計(jì)數(shù)得到表達(dá)矩陣火架。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo...
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生信步驟|轉(zhuǎn)錄組測(cè)序上游分析：hisat2+samtools+stringtie
轉(zhuǎn)錄組分析在當(dāng)下研究功能基因組領(lǐng)域十分常用。相關(guān)軟件組合種類也十分豐富忙菠，本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略從轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中挖掘差異表達(dá)基因何鸡。在這里...
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經(jīng)常忘記的linux操作技巧
1、ctrl+l 清空屏幕2牛欢、vim q骡男！ 不保存退出3、vim x=wq 保存退出4傍睹、在>>>下刪除命令 ctrl+backspace5洞翩、安裝中斷：core dum...
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FPKM-UQ虑椎，F(xiàn)PKM震鹉，TPM，count基本計(jì)算
FPKM-UQ（Fragments Per Kilobase Million - Upper Quartile）是一種用于量化基因表達(dá)的方法捆姜，主要用于RNA-seq數(shù)據(jù)的分析...
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RNA-seq轉(zhuǎn)錄組差異分析及可視化關(guān)于RNAseq Nature重磅綜述 |關(guān)于RNA-seq传趾，你想知道的都在這[https://app.yinxiang.com/fx/f8c7f63c-a05e-4ebf-...
