寫在前面參考1[https://cloud.tencent.com/developer/article/1625193]參考2[http://www.reibang.com...
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使用trim_galore對數(shù)據進行質量控制-過濾 -
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RNA-seq數(shù)據的上游處理及工具HISAT2; STAR; RSEM; featureCounts; Htseq-count; kallisto; salmon
歡迎批評指正 一入热、上游處理流程 上游處理步驟包括質量檢測、質量控制凛虽、比對、定量[2]，每一步處理數(shù)據的目的都是不同干发，也有相關的軟件與之對應。通過質量檢測史翘，原始數(shù)據的各種問題將...
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monocle單樣本擬時序分析0.背景知識 做擬時序分析是為了探索自己感興趣的幾種細胞之間的發(fā)育關系术唬，一般不是用全部類型的細胞來做的。例如本例中選擇了CD14和CD16單核細胞滚澜。 如果讓ai來說擬時序的目...
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R語言繪圖包02--熱圖pheatmapR語言繪圖包系列： R語言繪圖包01--優(yōu)秀的拼圖包patchwork[http://www.reibang.com/p/e57555d48c91] 熱圖輸入的數(shù)據是數(shù)值型...
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CellRanger原理0. 概述 Cell Ranger 是 10X genomics 官方提供的一套針對單細胞 RNA 測序輸出結果進行比對、定量萝招、聚類及基因表達分析的分析流程蚂斤，它包含有與單細胞...
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推薦幾個細胞注釋網站細胞注釋是單細胞分析中很關鍵的環(huán)節(jié)曙蒸，初期會比較痛苦，做多了才會悟出一些規(guī)律岗钩。 我公眾號早期寫過幾篇細胞注釋相關的帖子： 單細胞分析實錄(7): 差異表達分析/細胞類型注釋 S...
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