主要分享一些自己的學(xué)習(xí)過程蕾各，以菜鳥干貨為主度帮，大家有問題可以在我的博客交流(打賞也是)<br><br>
IP屬地：廣東
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利用Juicer v2.0掛載染色體
最近在搞基因組，前面contig的組裝難度不大临谱，用wtdbg2璃俗、raven、mecat2悉默、flye等組裝就可以了城豁。 組裝完畢后，contig掛載成染色體麦牺，可以采用高密度遺傳連...
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不加也能得到
利用Juicer v2.0掛載染色體
最近在搞基因組钮蛛，前面contig的組裝難度不大，用wtdbg2剖膳、raven魏颓、mecat2、flye等組裝就可以了吱晒。 組裝完畢后甸饱，contig掛載成染色體，可以采用高密度遺傳連...
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@c5dfd8fa3016 幾分鐘就可以了
RagTag, 快速錨定config
RagTag, Reference-guided genome assembly correction and scaffolding. 是Ragoo的一個(gè)升級(jí)仑濒，可對(duì)cont...
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注意基因名稱里不能有. 特殊字符盡量替換成_ 否則很容易報(bào)錯(cuò)
jcvi作圖二（共線性）
一：數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 還是用到上一步生成的ath.aly.anchors和ath.aly.anchors.new文件 1. 創(chuàng)建如下三個(gè)文件 seqids: 需要展現(xiàn)哪些序列 lay...
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大神可以寫的詳細(xì)一些叹话，正要學(xué)習(xí)分子鐘計(jì)算?
比較基因組從入門到放棄（4）
今兒來講一哈利用Paml計(jì)算收到正選擇的基因因?yàn)楹芏嗟幕?Ka/Ks 都要小于1 我們用P值來定義是否受到正選擇 軟件用到的是singularity 的paml 容器 之后...
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膜拜大神，正要進(jìn)行wes分析
ilus: 這是我寫的一個(gè)輕量級(jí)全基因組（WGS）和全外顯子（WES）最佳實(shí)踐分析流程生成器
不知覺間墩瞳，距離我寫下第一篇關(guān)于 WGS 數(shù)據(jù)分析系列的文章已經(jīng)過去了三年多（WGS 系列文章[https://mp.weixin.qq.com/mp/homepage?__b...
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ilus: 這是我寫的一個(gè)輕量級(jí)全基因組（WGS）和全外顯子（WES）最佳實(shí)踐分析流程生成器不知覺間驼壶，距離我寫下第一篇關(guān)于 WGS 數(shù)據(jù)分析系列的文章已經(jīng)過去了三年多（WGS 系列文章[https://mp.weixin.qq.com/mp/homepage?__b...
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寫的真好热凹，請(qǐng)問大神，這些腳本哪里可以下載到泪电？
比較基因組從入門到放棄（1）
記錄一下比較基因組一部分內(nèi)容般妙。 下載相關(guān)物種的ref_fa及gff 提取其對(duì)應(yīng)的cds和pep文件 對(duì)兩個(gè)文件進(jìn)行處理及過濾 運(yùn)行orthofinder
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不設(shè)置染色體
利用3D-DNA掛載基因組
使用二代數(shù)據(jù)或三代數(shù)據(jù)得到contig后突诬，下一步就是將contig提升到染色體水平苫拍。對(duì)于二倍體物種而言，目前3D-DNA應(yīng)該是組裝效果最好的一個(gè)軟件旺隙。 一：工作流程 使用3D...
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大佬绒极，3d-dna組裝的染色體數(shù)目（n=15）和物種數(shù)目（n=24）不一致怎么辦？
利用3D-DNA掛載基因組
使用二代數(shù)據(jù)或三代數(shù)據(jù)得到contig后催束，下一步就是將contig提升到染色體水平。對(duì)于二倍體物種而言伏社，目前3D-DNA應(yīng)該是組裝效果最好的一個(gè)軟件抠刺。 一：工作流程 使用3D...
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RagTag作為RaGOO的繼任者罕容，已經(jīng)發(fā)布了备恤，更新真快
使用RaGOO進(jìn)行基因組輔助組裝
將染色體從contig/scaffold水平提升到chromosome水平是組裝的最終目標(biāo)。我們通常使用遺傳圖譜锦秒，光學(xué)圖譜露泊，HiC這些技術(shù)提供的信息將contig進(jìn)行排序連接...
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正需要這個(gè)軟件，太及時(shí)了
使用RaGOO進(jìn)行基因組輔助組裝
將染色體從contig/scaffold水平提升到chromosome水平是組裝的最終目標(biāo)旅择。我們通常使用遺傳圖譜惭笑，光學(xué)圖譜，HiC這些技術(shù)提供的信息將contig進(jìn)行排序連接...
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從fastq數(shù)據(jù)到SNV | GATK
00 寫在前面 僅針對(duì)人類WGS或WES數(shù)據(jù)生真，供參考沉噩。時(shí)間管理某一點(diǎn)：能自動(dòng)化的工作盡量自動(dòng)化，不要時(shí)間用在毫無意義的重復(fù)上柱蟀。腦袋好比肌肉川蒙，需要不斷提高負(fù)重的鍛煉才能達(dá)到“有...
