主要分享一些自己的學習過程跪呈，以菜鳥干貨為主侥锦，大家有問題可以在我的博客交流(打賞也是)<br><br>
IP屬地：廣東
-
利用Juicer v2.0掛載染色體
最近在搞基因組躲株，前面contig的組裝難度不大片部，用wtdbg2镣衡、raven、mecat2档悠、flye等組裝就可以了廊鸥。 組裝完畢后，contig掛載成染色體辖所，可以采用高密度遺傳連...
-
不加也能得到
利用Juicer v2.0掛載染色體
最近在搞基因組惰说，前面contig的組裝難度不大，用wtdbg2缘回、raven吆视、mecat2、flye等組裝就可以了酥宴。 組裝完畢后啦吧，contig掛載成染色體，可以采用高密度遺傳連...
-
@c5dfd8fa3016 幾分鐘就可以了
RagTag, 快速錨定config
RagTag, Reference-guided genome assembly correction and scaffolding. 是Ragoo的一個升級拙寡，可對cont...
-
注意基因名稱里不能有. 特殊字符盡量替換成_ 否則很容易報錯
jcvi作圖二（共線性）
一：數(shù)據(jù)準備 還是用到上一步生成的ath.aly.anchors和ath.aly.anchors.new文件 1. 創(chuàng)建如下三個文件 seqids: 需要展現(xiàn)哪些序列 lay...
-
大神可以寫的詳細一些授滓，正要學習分子鐘計算?
比較基因組從入門到放棄（4）
今兒來講一哈利用Paml計算收到正選擇的基因因為很多的基因 Ka/Ks 都要小于1 我們用P值來定義是否受到正選擇 軟件用到的是singularity 的paml 容器 之后...
-
膜拜大神，正要進行wes分析
ilus: 這是我寫的一個輕量級全基因組（WGS）和全外顯子（WES）最佳實踐分析流程生成器
不知覺間肆糕，距離我寫下第一篇關于 WGS 數(shù)據(jù)分析系列的文章已經(jīng)過去了三年多（WGS 系列文章[https://mp.weixin.qq.com/mp/homepage?__b...
-
ilus: 這是我寫的一個輕量級全基因組（WGS）和全外顯子（WES）最佳實踐分析流程生成器不知覺間般堆，距離我寫下第一篇關于 WGS 數(shù)據(jù)分析系列的文章已經(jīng)過去了三年多（WGS 系列文章[https://mp.weixin.qq.com/mp/homepage?__b...
-
寫的真好淮摔，請問大神，這些腳本哪里可以下載到始赎？
比較基因組從入門到放棄（1）
記錄一下比較基因組一部分內容和橙。 下載相關物種的ref_fa及gff 提取其對應的cds和pep文件 對兩個文件進行處理及過濾 運行orthofinder
-
-
不設置染色體
利用3D-DNA掛載基因組
使用二代數(shù)據(jù)或三代數(shù)據(jù)得到contig后筋搏，下一步就是將contig提升到染色體水平仆百。對于二倍體物種而言，目前3D-DNA應該是組裝效果最好的一個軟件奔脐。 一：工作流程 使用3D...
-
大佬俄周，3d-dna組裝的染色體數(shù)目（n=15）和物種數(shù)目（n=24）不一致怎么辦吁讨？
利用3D-DNA掛載基因組
使用二代數(shù)據(jù)或三代數(shù)據(jù)得到contig后，下一步就是將contig提升到染色體水平峦朗。對于二倍體物種而言建丧，目前3D-DNA應該是組裝效果最好的一個軟件。 一：工作流程 使用3D...
-
RagTag作為RaGOO的繼任者，已經(jīng)發(fā)布了凛忿，更新真快
使用RaGOO進行基因組輔助組裝
將染色體從contig/scaffold水平提升到chromosome水平是組裝的最終目標澈灼。我們通常使用遺傳圖譜，光學圖譜店溢，HiC這些技術提供的信息將contig進行排序連接...
-
正需要這個軟件叁熔，太及時了
使用RaGOO進行基因組輔助組裝
將染色體從contig/scaffold水平提升到chromosome水平是組裝的最終目標。我們通常使用遺傳圖譜床牧，光學圖譜荣回，HiC這些技術提供的信息將contig進行排序連接...
-
從fastq數(shù)據(jù)到SNV | GATK
00 寫在前面 僅針對人類WGS或WES數(shù)據(jù)，供參考叠赦。時間管理某一點：能自動化的工作盡量自動化驹马，不要時間用在毫無意義的重復上。腦袋好比肌肉除秀，需要不斷提高負重的鍛煉才能達到“有...
