背景 做單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析時(shí)舍悯，通過(guò)找差異基因可以得到很多基因集萌衬，一方面我們需要看這些基因集的相對(duì)表達(dá)量是否顯著上/下調(diào)它抱，但我們往往更關(guān)注這些差異基因（DEGs）涉及的相關(guān)功能是...
發(fā)簡(jiǎn)信
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使用clusterProfiler進(jìn)行基因集富分析兩個(gè)函數(shù)就夠了 2023-09-12 -
Linux 命令行和集群投遞任務(wù)小技巧匯總 2023-08-29
背景 記錄一下平時(shí)使用Linux命令行和集群投遞任務(wù)的一些小技巧（包括.bashrc的配置）混移，后續(xù)將不斷補(bǔ)充侮穿。 配置命令行的風(fēng)格，可以根據(jù)自己的審美修改 Linux命令行比較...
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空間組數(shù)據(jù)和單細(xì)胞數(shù)據(jù)的相關(guān)性分析（Seurat）2022-05-20相似關(guān)鍵詞 單細(xì)胞數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 空間組與單細(xì)胞數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 空間組數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 適用背景 近年來(lái)，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序異骋鹚啵火爆，而與其類(lèi)似的空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序很有可能成為...
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四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析-SCENIC/pySCENIC-2022-09-06適用背景 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析內(nèi)容的高級(jí)分析之一胚膊，本文將介紹SCENIC/pySCENIC的流程，具體原理和內(nèi)容不展開(kāi)紊婉，主要展示代碼復(fù)現(xiàn)流程。R的SCE...
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biomaRt多個(gè)物種同源基因一步轉(zhuǎn)換 2022-08-30適用背景 之前寫(xiě)了一篇跨物種同源基因轉(zhuǎn)換[http://www.reibang.com/p/abf5138e3757]的文章，里面用到biomaRt這個(gè)包还栓，但是這個(gè)包只能對(duì)...
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跨物種同源基因轉(zhuǎn)換（biomaRt和homologene）2022-06-17
適用背景 當(dāng)我們進(jìn)行跨物種比較分析時(shí)會(huì)發(fā)現(xiàn)基因名對(duì)不上剩盒，或者找不到基因辽聊，這時(shí)候就需要進(jìn)行物種間的同源基因轉(zhuǎn)換。最常用的工具就是Ensembl的biomaRt跟匆，另外還查到NCB...
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使用R 中的Seurat::DotPlot繪制細(xì)胞類(lèi)型基因表達(dá)的氣泡圖背景：使用seurat包中的DotPlot函數(shù)繪制細(xì)胞類(lèi)型基因表達(dá)的氣泡圖垢揩，此函數(shù)能夠?qū)⒚恳粋€(gè)細(xì)胞的基因表達(dá)量統(tǒng)計(jì)為每一個(gè)細(xì)胞類(lèi)型的基因表達(dá)量。 #object是seurat...
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Linux集群下安裝Seurat/SeuratObject/rgeos出現(xiàn)configure: error: geos-config not found or not executable報(bào)錯(cuò)
1.報(bào)錯(cuò) 在安裝Seurat會(huì)出現(xiàn)如下核心報(bào)錯(cuò)： 2.原因 嘗試手動(dòng)下載解壓安裝rgeos锋勺、從Github上安裝Seurat、修改鏡像庶橱，都不解決問(wèn)題，因?yàn)橹静皇窍螺d的錯(cuò)誤...
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markdown語(yǔ)法 2022-06-19
標(biāo)題 段落 換行符 加粗或者斜體 引用 嵌套引用 for example: this a testanother test 有序列表 無(wú)序列表 代碼 testuse `tes...
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酷狗音樂(lè)[kugou music]通過(guò)Crash流量轉(zhuǎn)發(fā)繞開(kāi)公司上網(wǎng)策略組白名單由于公司網(wǎng)絡(luò)IT屏蔽了酷狗音樂(lè)，本文介紹如何通過(guò)Crash的軟件繞開(kāi)公司策略組白名單硼端，使用酷狗音樂(lè)客戶(hù)端的流量轉(zhuǎn)發(fā)功能繼續(xù)愉快聽(tīng)歌并淋。 電腦連接公司的網(wǎng)絡(luò)珍昨，在公司上網(wǎng)策略組白名...
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從Scanpy的Anndata對(duì)象提取信息并轉(zhuǎn)成Seurat對(duì)象（適用于空間組且涉及h5文件讀寫(xiě)）2022-06-14
關(guān)鍵字 Anndata對(duì)象轉(zhuǎn)成Seurat對(duì)象 h5文件讀寫(xiě) 空間組格式轉(zhuǎn)換 已補(bǔ)充快速使用的函數(shù)整理版本[http://www.reibang.com/p/48a6886...
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利用Seurat包Transfer數(shù)據(jù)集（FindTransferAnchors和TransferData）2022-6-09關(guān)鍵詞 FindTransferAnchors函數(shù) TransferData函數(shù) 細(xì)胞類(lèi)型注釋 映射數(shù)據(jù)集/Transfer 數(shù)據(jù)集 適用背景 細(xì)胞注釋的標(biāo)準(zhǔn)一直備受爭(zhēng)議澎剥，就...
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@一車(chē)小面包人 麻煩作者多多更新肴裙，我需要??
linux 快捷命令的使用 2022-06-06
使用sed命令去掉第一個(gè)字符前的所有空格 保留除第一列外的所有列 使用cut命令獲取第一列外的所有列
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R 語(yǔ)言基礎(chǔ) 2022-06-13
R中的變量可以有數(shù)字、字母夕晓、下劃線(xiàn)和點(diǎn)；只能以點(diǎn)或者字母開(kāi)頭查看已經(jīng)定義的變量可以用ls()rm(list=ls()) >cat("a","的大寫(xiě)是","A","\n")>a...
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JS 模塊化開(kāi)發(fā) 2022-06-09
在ES5中使用傳統(tǒng)的閉包等方法實(shí)現(xiàn)模塊模式 擴(kuò)展模塊 注意使用這種方法擴(kuò)展模塊時(shí)谆奥，擴(kuò)展的模塊內(nèi)部的變量與原始的變量不共享作用域，各自享有作用域 使用AMD定義模塊 使用def...
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Linux R語(yǔ)言打開(kāi).h5文件異常
6月10日從GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載了作者上傳的表達(dá)矩陣h5格式文件宰译，需用從中提取出表達(dá)矩陣然后重構(gòu)Seurat分析對(duì)象；該exp_matrix.hdf5文件在我的Window系統(tǒng)上...
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R加載包SeuratData出現(xiàn)invalid multibyte string, element 1報(bào)錯(cuò)
在加載包SeuratData是遇到了以下報(bào)錯(cuò)： 重裝還是不解決問(wèn)題，之前使用也沒(méi)有出現(xiàn)過(guò)報(bào)錯(cuò)市栗。 檢測(cè).libPaths()路徑也是沒(méi)有問(wèn)題的，所以有可能為內(nèi)碼沖突問(wèn)題 在操作...
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