黃甫一

背景 做單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析時全释，通過找差異基因可以得到很多基因集橄务，一方面我們需要看這些基因集的相對表達(dá)量是否顯著上/下調(diào)兑徘，但我們往往更關(guān)注這些差異基因（DEGs）涉及的相關(guān)功能是...

黃甫一

相似關(guān)鍵詞 單細(xì)胞數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 空間組與單細(xì)胞數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 空間組數(shù)據(jù)集相關(guān)性分析 適用背景 近年來，單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序異尘按迹火爆臀稚，而與其類似的空間轉(zhuǎn)錄組測序很有可能成為...

黃甫一

適用背景 單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析內(nèi)容的高級分析之一，本文將介紹SCENIC/pySCENIC的流程三痰，具體原理和內(nèi)容不展開吧寺，主要展示代碼復(fù)現(xiàn)流程。R的SCE...

黃甫一

適用背景 之前寫了一篇跨物種同源基因轉(zhuǎn)換[http://www.reibang.com/p/abf5138e3757]的文章散劫，里面用到biomaRt這個包稚机，但是這個包只能對...

倪樺

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一車小面包人

背景：使用seurat包中的DotPlot函數(shù)繪制細(xì)胞類型基因表達(dá)的氣泡圖常熙，此函數(shù)能夠?qū)⒚恳粋€細(xì)胞的基因表達(dá)量統(tǒng)計為每一個細(xì)胞類型的基因表達(dá)量纬乍。 #object是seurat...