240 發(fā)簡(jiǎn)信
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    Smartseq2 scRNA小鼠發(fā)育學(xué)習(xí)筆記-4-差異分析及功能注釋

    劉小澤寫于19.10.24筆記目的:根據(jù)生信技能樹(shù)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組課程探索Smartseq2技術(shù)及發(fā)育相關(guān)的分析課程鏈接在:http://jm.grazy.cn/index/m...

  • 是做了kmeans聚類

    單細(xì)胞分析實(shí)錄(12): 如何推斷腫瘤細(xì)胞

    公眾號(hào)后臺(tái)回復(fù)20210418乐埠,獲取本文的測(cè)試數(shù)據(jù) 1. 回顧 前面我已經(jīng)講解了inferCNV的基本用法[http://www.reibang.com/p/c01f56b...

  • 感覺(jué)應(yīng)該不止是ER(-)PR(-)HER2(-),還有ER(-)PR(-)HER2(2+)&HER2-FISH(-)的病人,大概150幾個(gè)徒像,但是已發(fā)表的文章都沒(méi)算后一部分患者黍特。

    找出TCGA里面的三陰性乳腺癌樣本

    0.需求 從乳腺癌樣本中篩選出TNBC樣本。 三陰性乳腺癌(TNBC)是指癌組織免疫組織化學(xué)檢查結(jié)果為雌激素受體(ER)锯蛀、孕激素受體(PR)和人表皮生長(zhǎng)因子受體-2(Her-...

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    劉小澤學(xué)習(xí)組合多個(gè)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)

    劉小澤寫于19.10.8前幾天單細(xì)胞天地推送了一篇整合scRNA數(shù)據(jù)的文章:使用seurat3的merge功能整合8個(gè)10X單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組樣本這次根據(jù)推送算凿,再結(jié)合自己的理解寫一...

  • @王詩(shī)翔 最近發(fā)現(xiàn)12位同一個(gè)病人卻有不同的年齡鞭光,好奇怪啊掏,比如病人ID是
    TCGA-3C-AALI,生存隨訪都是不同衰猛,年齡是50迟蜜,62,難道意思是這個(gè)病人在50歲和62歲都被采樣了嗎啡省?

    【r<-方案】TCGA barcode(樣本ID)以及重名過(guò)濾

    我之前在簡(jiǎn)書(shū)上轉(zhuǎn)載過(guò)別人寫的TCGA barcode介紹娜睛,這兩天碰到相關(guān)的問(wèn)題,我看了看卦睹,覺(jué)得不是很清晰畦戒,再說(shuō)道說(shuō)道。 接觸和分析過(guò)TCGA數(shù)據(jù)的朋友肯定會(huì)經(jīng)常處理TCGA ...

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