歡迎來GitHub上fork稚茅，一起進(jìn)步： https://github.com/xuzhougeng 比對軟件很多凫岖，首先大家去收集一下，因?yàn)槲覀兪菐Т蠹胰腴T疏虫，請統(tǒng)一用hisa...
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轉(zhuǎn)錄組入門（5）： 序列比對 -
單端測序與雙末端測序問題
問題 Paired-End測序與Mate-Pair測序相對于單端測序有何優(yōu)勢狡忙？ Paired-End中的Read1和Read2到底是啥關(guān)系踊淳？它們是如何參與拼接和比對的呢甚牲？ M...
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<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.cnblogs.com%2Fwangprince2017%2F" target="_blank">https://www.cnblogs.com/wangprince2017/</a> 博客園<br><br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fblog.csdn.net%2Fu010608296" target="_blank">https://blog.csdn.net/u010608296</a> CSDN<br><br>學(xué)者網(wǎng)<a href="https://links.jianshu.com/go?to=http%3A%2F%2Fwww.scholat.com%2Fwangchuang" target="_blank">http://www.scholat.com/wangchuang</a><br><br>研究之門ReseearchGate<br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.researchgate.net%2Fprofile%2FWang_Chuang9" target="_blank">https://www.researchgate.net/profile/Wang_Chuang9</a><br><br><br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=http%3A%2F%2Fbbs.sciencenet.cn%2Fhome.php%3Fmod%3Dspace%26uid%3D944416%26view%3Dwc12436109" target="_blank">http://bbs.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=944416&view=wc12436109</a> 科學(xué)網(wǎng)
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GSEA學(xué)習(xí)筆記春節(jié)后的第一次寫學(xué)習(xí)筆記恰响，還是要提醒大家沒事別聚集、別聚集涌献、別聚集胚宦！重要的事情說三遍！ 前幾天看到公眾號里寫了GSEA的文章洁奈，雖然我之前跟著很多網(wǎng)上的教程走過一遍GSEA分析...
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IGV 導(dǎo)入本地基因組及注釋文件IGV軟件有自帶的基因組文件和注釋文件间唉，使用自帶的還是方便一些。但是利术，其使用的注釋文件和基因組文件可能與我們數(shù)據(jù)分析時(shí)的不一致，這時(shí)候我們可視化bigwig文件或者bam文件...
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karyoploteR：怎么用R來展示你的候選區(qū)域的基因結(jié)構(gòu)以及BigWig信息低矮，活學(xué)活用首先最重要的參考鏈接： [karyoploteR] https://bernatgel.github.io/karyoploter_tutorial/Examples/Enc...
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karyoploteR畫enhancer附近的信號分布效果圖： 感覺就一個不好理解的參數(shù)：r0和r1r0：是起始的高度r1：是結(jié)束的高度r1-r0才是我們想要展示內(nèi)容的高度（想象這個畫布本身就有刻度線） 傳入的增強(qiáng)子文件格式：前...
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2019意猶未盡的基因組可視化IGV（一）劉小澤寫于19.6.8之前最開始學(xué)習(xí)IGV的時(shí)候?qū)戇^兩篇推文，當(dāng)時(shí)簡單做了了解终议，但有朋友說意猶未盡汇竭，嗯我也這么覺得，總覺得還是學(xué)的不夠穴张。推薦閱讀：https://github...
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生存分析（二）-- Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型（Cox proportional-hazards model）翻譯自：http://www.sthda.com/english/wiki/cox-proportional-hazards-model[http://www.sthda.c...
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生存分析你用對了么璧瞬？HR+survival代碼實(shí)現(xiàn)##R實(shí)現(xiàn) library(survival) library(survminer) #for plot setwd("C:/Users/zhaox/Desktop/R_st...
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簡單小需求：如何將FPKM轉(zhuǎn)換成TPM？
劉小澤寫于19.2.21或許這還是個比較常用的需求 我們做轉(zhuǎn)錄組分析渐夸，得到的結(jié)果可能是FPKM嗤锉。但是FPKM確實(shí)存在不準(zhǔn)確性，推薦使用TPM捺萌。 read count和FPKM...
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遺傳學(xué) 博士研究生在讀
