簡介 scCustomize是一個單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)可視化的R包，里面集合了一些常用的數(shù)據(jù)可視化方法州刽，可以與Seurat包進(jìn)行很好的聯(lián)用，支持Seurat改备，LIGER和SCE等...
IP屬地：澳門
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scCustomize：自定義可視化你的單細(xì)胞數(shù)據(jù)（一） -
scType進(jìn)行細(xì)胞注釋（一）最近看到很多關(guān)于scType的推文，聽說注釋的效果還不錯蔓倍，對于我這種生物學(xué)背景薄弱的人來說簡直是及時雨悬钳，特地學(xué)一下盐捷。scType相關(guān)文件下載地址：https://github...
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單細(xì)胞之富集分析-7：Pseudobulk?differential expression analysis單細(xì)胞富集分析系列： 單細(xì)胞之富集分析-1：單細(xì)胞GSEA分析流程[http://www.reibang.com/p/00f069cb239c] 單細(xì)胞之富集分析-2：批量...
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使用Windows系統(tǒng)高速下載SRA數(shù)據(jù)庫中原始數(shù)據(jù)
官方推薦使用SRATOOLKIT，那義無反顧的就用它吧 準(zhǔn)備篇 首先：打開官網(wǎng) NCBI SRA Tool Kit下載最新的SRA版本軟件默勾，有四種平臺軟件可選碉渡。注意自己下的版...
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2022-11-02 單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合自用學(xué)習(xí) 整合后的assay有兩個 一個是RNA 有29738個基因，一個是integrated 有2000個基因 默認(rèn)的assay（activate.assay）是aint...
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NCS質(zhì)感圖表：Seurat單細(xì)胞DotPlot函數(shù)基因表達(dá)氣泡圖修飾關(guān)于單細(xì)胞氣泡圖的做法灾测，我們寫過很多很多爆价，但是這些圖基本上都是利用Seurat提取了數(shù)據(jù)，然后在ggplot2中完成的媳搪。因為Seurat包中的DotPlot函數(shù)的底層就是gg...
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專治療懶裁巍：GO、KEGG富集分析一體函數(shù)
之前我們寫過GO秦爆、KEGG的富集分析序愚，,演示了差異基因KEGG或者GO的分析流程。其實差異基因的富集分析輸入的文件只需要一組基因就可以了等限。所以我們發(fā)揮了專治懶病的優(yōu)良傳統(tǒng)爸吮，將...
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R語言保存單細(xì)胞矩陣的四種方法 2023-05-18
背景介紹 最近，一位師兄問我有哪些輸出單細(xì)胞大數(shù)據(jù)矩陣的方法望门，于是趁機(jī)整理了一下我平時遇到的保存單細(xì)胞矩陣的有關(guān)腳本形娇，總共有四個方法，分別保存為csv.gz筹误、loom桐早、h5和...
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一篇數(shù)據(jù)挖掘文章的圖表復(fù)現(xiàn)-10.文章 文章標(biāo)題：Characterization of an endoplasmic reticulum stress‐related signature to eval...
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DownRatio UpRatio 如何計算呢 謝謝
【R畫圖學(xué)習(xí)11.3】富集圈圖---circlize
這幾年，我也陸陸續(xù)續(xù)在paper中看到一些環(huán)形的富集圖厨剪，有時候也挺好的哄酝，今天我們也來學(xué)習(xí)一下畫法，繼續(xù)練習(xí)circlize的技巧祷膳。 這次陶衅，我找了一個經(jīng)常做的GO富集的結(jié)果拿來...
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真的行 謝謝
解決R中安裝xml2報錯方法
本錯誤是在ubuntu20.04中安裝devtools的時候發(fā)現(xiàn)的搀军。其他linux版本可能有差異。 報錯內(nèi)容： mv: cannot move '/usr/local/lib...
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解決R中安裝xml2報錯方法
本錯誤是在ubuntu20.04中安裝devtools的時候發(fā)現(xiàn)的勇皇。其他linux版本可能有差異奕巍。 報錯內(nèi)容： mv: cannot move '/usr/local/lib...
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老師好 interactions_groups.txt 文件從哪里產(chǎn)生的呢 新版結(jié)果文件里面好像沒有 謝謝
ktplots（二）：個性化繪制通路信號聯(lián)系
前言 在ktplots包系列的前一期推文：ktplots（一）：繪制個性化氣泡圖[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5ODI1N...
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官網(wǎng)上就有腳本
cellphoneDB嘔心瀝血下載安裝教程
我安裝了一天之后快哭了，然后去100塊買了個老師指導(dǎo)生信自學(xué)要么哭要么花錢儒士，就是我這個垃圾1、安裝https://github.com/ventolab/CellphoneD...
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周運(yùn)來诅福，男，長大了才會遇到的帥哥拖叙，穩(wěn)健氓润，瀟灑，大方薯鳍，靠譜咖气。一段生信緣，一棵技能樹挖滤。生信技能樹核心成員崩溪，單細(xì)胞天地供稿人，簡書創(chuàng)作者斩松，單細(xì)胞數(shù)據(jù)科學(xué)家伶唯。
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Error in go_enrich_tree(go_anno, go_deg_fc, padjust_method = "fdr", pvalue_cutoff = 0.5, :
could not find function "go_enrich_tree"全解TOmicsVis完美應(yīng)用于轉(zhuǎn)錄組可視化R包
1. TOmicsVis R包簡介 TOmicsVis v1.2.2Title: Transcriptomics VisualizationWebsite:https://b...
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Ph.D in Xiamen University.<br>Hiplot: <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fhiplot.cn" target="_blank">https://hiplot.cn</a><br>OmicsSuite: <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fgithub.com%2Fomicssuite" target="_blank">https://github.com/omicssuite</a><br>Github: <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fgithub.com%2Fbenben-miao" target="_blank">https://github.com/benben-miao</a>
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