簡介 scCustomize是一個單細胞轉錄組數據可視化的R包，里面集合了一些常用的數據可視化方法，可以與Seurat包進行很好的聯用，支持Seurat欧啤，LIGER和SCE等...
IP屬地：廣西
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scCustomize：自定義可視化你的單細胞數據（一） -
scType進行細胞注釋（一）最近看到很多關于scType的推文，聽說注釋的效果還不錯，對于我這種生物學背景薄弱的人來說簡直是及時雨末盔，特地學一下。scType相關文件下載地址：https://github...
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單細胞之富集分析-7：Pseudobulk?differential expression analysis單細胞富集分析系列： 單細胞之富集分析-1：單細胞GSEA分析流程[http://www.reibang.com/p/00f069cb239c] 單細胞之富集分析-2：批量...
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使用Windows系統(tǒng)高速下載SRA數據庫中原始數據
官方推薦使用SRATOOLKIT座慰，那義無反顧的就用它吧 準備篇 首先：打開官網 NCBI SRA Tool Kit下載最新的SRA版本軟件陨舱，有四種平臺軟件可選。注意自己下的版...
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2022-11-02 單細胞數據整合自用學習 整合后的assay有兩個 一個是RNA 有29738個基因版仔，一個是integrated 有2000個基因 默認的assay（activate.assay）是aint...
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NCS質感圖表：Seurat單細胞DotPlot函數基因表達氣泡圖修飾關于單細胞氣泡圖的做法游盲，我們寫過很多很多误墓，但是這些圖基本上都是利用Seurat提取了數據，然后在ggplot2中完成的益缎。因為Seurat包中的DotPlot函數的底層就是gg...
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專治療懶裁栈拧：GO、KEGG富集分析一體函數
之前我們寫過GO莺奔、KEGG的富集分析欣范，,演示了差異基因KEGG或者GO的分析流程。其實差異基因的富集分析輸入的文件只需要一組基因就可以了令哟。所以我們發(fā)揮了專治懶病的優(yōu)良傳統(tǒng)恼琼，將...
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R語言保存單細胞矩陣的四種方法 2023-05-18
背景介紹 最近，一位師兄問我有哪些輸出單細胞大數據矩陣的方法屏富，于是趁機整理了一下我平時遇到的保存單細胞矩陣的有關腳本晴竞，總共有四個方法，分別保存為csv.gz狠半、loom噩死、h5和...
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一篇數據挖掘文章的圖表復現-10.文章 文章標題：Characterization of an endoplasmic reticulum stress‐related signature to eval...
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DownRatio UpRatio 如何計算呢 謝謝
【R畫圖學習11.3】富集圈圖---circlize
這幾年，我也陸陸續(xù)續(xù)在paper中看到一些環(huán)形的富集圖神年，有時候也挺好的已维，今天我們也來學習一下畫法，繼續(xù)練習circlize的技巧瘤袖。 這次衣摩，我找了一個經常做的GO富集的結果拿來...
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真的行 謝謝
解決R中安裝xml2報錯方法
本錯誤是在ubuntu20.04中安裝devtools的時候發(fā)現的艾扮。其他linux版本可能有差異。 報錯內容： mv: cannot move '/usr/local/lib...
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解決R中安裝xml2報錯方法
本錯誤是在ubuntu20.04中安裝devtools的時候發(fā)現的占婉。其他linux版本可能有差異泡嘴。 報錯內容： mv: cannot move '/usr/local/lib...
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老師好 interactions_groups.txt 文件從哪里產生的呢 新版結果文件里面好像沒有 謝謝
ktplots（二）：個性化繪制通路信號聯系
前言 在ktplots包系列的前一期推文：ktplots（一）：繪制個性化氣泡圖[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5ODI1N...
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官網上就有腳本
cellphoneDB嘔心瀝血下載安裝教程
我安裝了一天之后快哭了，然后去100塊買了個老師指導生信自學要么哭要么花錢逆济，就是我這個垃圾1酌予、安裝https://github.com/ventolab/CellphoneD...
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Error in go_enrich_tree(go_anno, go_deg_fc, padjust_method = "fdr", pvalue_cutoff = 0.5, :
could not find function "go_enrich_tree"全解TOmicsVis完美應用于轉錄組可視化R包
1. TOmicsVis R包簡介 TOmicsVis v1.2.2Title: Transcriptomics VisualizationWebsite:https://b...
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Ph.D in Xiamen University.<br>Hiplot: <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fhiplot.cn" target="_blank">https://hiplot.cn</a><br>OmicsSuite: <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fgithub.com%2Fomicssuite" target="_blank">https://github.com/omicssuite</a><br>Github: <a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fgithub.com%2Fbenben-miao" target="_blank">https://github.com/benben-miao</a>
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