經(jīng)典的GWAS原理圖愚战，補一個在這里 GWAS是找與當前性狀相關的snppheWAS是找與當前snp相關的性狀 那么這樣看姆坚，GWAS可以通過單個研究來做嘶炭，pheWAS基本上就是...
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IP屬地：重慶
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【MR】pheWAS -
單細胞RNAseq常規(guī)分析流程（10X）降維聚類置逻，類型鑒定辖源，差異分析 近年來竭缝，單細胞測序的成本逐漸降低鞍恢，使得大眾研究從組織水平轉(zhuǎn)移到單個細胞水平的分析成為可能傻粘。本文主要是簡單介紹一下SingleCellRNAseq...
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孟德爾隨機化發(fā)高分SCI必備的一些基本概念及計算-MAF
大家好，孟德爾隨機化很多人都是從TwoSampleMR包入手學習的帮掉，很多GWAS的概念如果不搞清楚弦悉，寫SCI的時候容易犯一些概念性的錯誤，低分的雜志可能大家都很水蟆炊，可能也就一...
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拯救你那些富集不到結(jié)果的基因數(shù)據(jù)整理 因為這個是我學生的真實數(shù)據(jù)稽莉，所以就不方便放出來給大家做示例文件了，可以只看代碼涩搓，或者拿自己的數(shù)據(jù)練練手污秆。 975個基因做不出GO富集，我的第一反應是孩子學藝不精昧甘，然...
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VCF文件參數(shù)解讀VCF (variant callformat) 文件記錄了所有樣品基因組中所有位置變異（主要包括SNP和InDel）信息良拼。后續(xù)幾乎所有分析內(nèi)容都是基于此文件，如進化樹分析疾层、...
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多組學水平的孟德爾隨機化分析+three-step SMR 應用實操
多組學分析：在基因表達、表觀遺傳予弧、蛋白刮吧、單細胞及微生物組學等水平上，利用組學數(shù)據(jù)比較不同組學水平的疾病和健康對照掖蛤，從而鑒定潛在的致病機制杀捻。 藥物靶點孟德爾隨機化分析：探究是其...
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生信數(shù)據(jù)庫ID大總結(jié)&ID轉(zhuǎn)換方法
首先介紹下各個ID的轉(zhuǎn)換，比較便捷的有： 1.在線的：Uniprot ： ID mapping 工具蚓庭，可以批量轉(zhuǎn)換和下載https://www.uniprot.org/id-...
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論孟德爾隨機化與單細胞聯(lián)合研究的可能性因為我自己研究的領域跨單細胞致讥、QTL、以及孟德爾隨機化器赞，所以就一直在思考這個問題：單細胞能不能和孟德爾隨機化聯(lián)合起來研究垢袱？ 這方面的文章或者研究比較少。兩個組學能夠聯(lián)合我能想...
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GWAS分析-P值和beta值的愛恨相殺 (六)前面已經(jīng)簡單介紹過GWAS的概念，GWAS分析中所用到的文件以及分析流程夏醉，我們在GWAS分析結(jié)果文件中經(jīng)常會看到beta值和P值爽锥，他們分別代表什么意思？這兩個值又有什么關系呢...
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R 數(shù)據(jù)可視化 —— ggforce（形狀）前言 ggforce 是 ggplot2 的一個擴展包畔柔，提供了許多自定義的工具函數(shù)氯夷，可以更方便地為圖形添加不同的形狀、線條等注釋靶擦，更靈活的分面圖形繪制 使用 安裝使用 1. ...
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基因芯片數(shù)據(jù)分析-2: Quantile normalization
分位數(shù)歸一化就是將多種分布映射到同一種分布腮考。可以指定一個參考分布玄捕，將其映射到其它的統(tǒng)計分布秸仙；或者從需要處理的這些不同數(shù)據(jù)中計算出一個參考分布。 原理實現(xiàn)： 存在一個原始數(shù)組如...
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R程序執(zhí)行結(jié)果的輸出sink()內(nèi)容來自：《R語言數(shù)據(jù)挖掘》第2版 薛薇 編著 R程序的執(zhí)行結(jié)果默認輸出到控制臺上桩盲。當處理的數(shù)據(jù)量較大寂纪，計算結(jié)果較多時，往往希望在計算結(jié)果輸出到控制臺的同時赌结，將其保存到一個指...
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孟德爾隨機化法（Mendelian randomization method）寫在前面：知識真是越看越多捞蛋，聰明的人類總能想出各種辦法來尋找這世界萬物中的各種聯(lián)系。文獻中讀到Mendelian randomization method and a Men...
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生信筆記5-GWAS與eQTL引言 GWAS與eQTL都是用于研究基因位點與表型之間關系的手段柬姚，彼此之間存在很多的區(qū)別與聯(lián)系拟杉。 GWAS 全基因組關聯(lián)分析（Genome Wide Association ...
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eQTL就那樣～（2）前言 我還未想到這個專題叫什么...... 暫定“XXX就那樣”？ 6.GTEx數(shù)據(jù)庫是什么拿穴？ “人類GWAS-轉(zhuǎn)錄組-疾病表型補完計劃”泣洞，噢不，基因型-組織表達計劃（G...
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一個暴露對應所有結(jié)局-孟德爾隨機化研究發(fā)nature communications大家好默色，好久不見球凰。休息了一段時間，同時去找工作去啦腿宰！今天我們來看一篇難度不高呕诉，但是工作量不算小的文章，同時學習一下怎么提升自己孟德爾隨機化研究的level吃度。文章：Geneti...
