前情提要 ggplot2不能截?cái)嗫v坐標(biāo)腫么辦講了幾種截?cái)喾椒婧郑饔虚L短雏蛮,我在這篇文章發(fā)出去后收到兩個(gè)反饋束析,特來與大家分享? 新方法1.拼圖 出處:https://huifan...
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森嚴(yán)森語: 生活中很多時(shí)候我都習(xí)慣于不知所以而為之鄙煤,其結(jié)果通常壞离唬。原因在于經(jīng)常的盲目自信和偶爾不愿承認(rèn)自己的無知凿歼。 上篇推文介紹了利用Origin繪制熱圖的方法,推文一經(jīng)發(fā)出...
什么是K-mer? mer : 分子生物學(xué)領(lǐng)域中意義為:monomeric unit ( mer) :單體單元食磕,相當(dāng)于nt或者bp尽棕。通常用于雙鏈核酸中的單位,100 mer ...
免疫組庫(Immune Repertoire彬伦,IR)是指個(gè)體在某個(gè)特定時(shí)間其循環(huán)系統(tǒng)中所有多樣性的T細(xì)胞和B細(xì)胞的總和滔悉,即V(D)J序列多樣性的集合。免疫組庫分析是指運(yùn)用高通...
背景 T細(xì)胞介導(dǎo)的抗原識別主要是依靠T細(xì)胞受體(TCR)和主要組織相容性復(fù)合體MHC的相互作用单绑。如下圖a:TCR是一群具有高度多樣性的二聚體回官,由α鏈和β鏈構(gòu)成,或者由γ鏈和δ...
Permutation test 可以稱作是置換檢驗(yàn)区转,F(xiàn)isher于20世紀(jì)30年代提出的一種基于大量計(jì)算(computationally intensive)苔巨,利用樣本數(shù)據(jù)...
自從入了生信的坑侄泽,就無時(shí)不刻不被導(dǎo)師吐槽統(tǒng)計(jì)學(xué)知識和思想的匱乏。思想一時(shí)半會是夠嗆建立了蜻韭,先把知識學(xué)一下吧悼尾。搜集各方資料柿扣,出圖一張! 另外诀豁,特別喜歡這個(gè)博主的生物統(tǒng)計(jì)專題:分...
pheatmap參數(shù): 網(wǎng)上有針對熱圖繪制的粗略講解窄刘,但是都是參數(shù)不完整,可能不能滿足所有人需求舷胜,于是手動整理了熱圖的全參數(shù)介紹。 mat 數(shù)組矩陣(要繪制熱圖的數(shù)據(jù)源活翩,保證...
R語言基礎(chǔ)系列: R語言基礎(chǔ)1--R數(shù)據(jù)格式:.rds和.rda的區(qū)別[http://www.reibang.com/p/6a824548887b] R語言基礎(chǔ)2--數(shù)據(jù)排...
9:00-9:40 昨天在小郭老師講述了關(guān)于logfc和p值的含義沮焕,差不多有點(diǎn)理解的框架。差異倍數(shù)(fold change)拉宗,fold change翻譯過來就是倍數(shù)變化峦树。li...
這篇文章是單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組(scRNAseq)和TCRseq聯(lián)合分析的一個(gè)綜述肾扰,介紹了目前關(guān)于這兩種數(shù)據(jù)聯(lián)合分析的最新進(jìn)展(2022年)。 1. 介紹 1.1 T細(xì)胞受體的作用 ...
免疫組庫重疊分析 免疫組庫重疊(Repertoire overlap)是度量不同樣本之間TCR或BCR庫相似性的最常用方法。它是通過計(jì)算在給定的Repertoire之間共享的...
1.編一個(gè)數(shù)據(jù) 需要一個(gè)行為樣本沉颂,列為變量(例如基因)的矩陣条摸。 2.完成tsne分析并畫圖 畫圖搞起 3.神奇參數(shù)perplexity perplexity的默認(rèn)值是30。樣...
16. PCA圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 加載示例數(shù)據(jù) 使用prcomp函數(shù)進(jìn)行PCA分析 使用基礎(chǔ)plot函數(shù)繪制PCA圖 使用ggplot2包繪制PCA圖...